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par Yann Labrune
30 Mai 2018, 12:51
Forum : Questions en cours
Sujet : distances génétiques
Réponses : 4
Vues : 1389

Re: distances génétiques

Une solution pour crée la matrice : # J'ai les données en colonnes : > head(dd1) V1 V2 dd 1 1 1 2 1 11 3 1 21 4 1 31 5 1 41 6 1 51 # Je rentre les données "mirroir" DD1 <- rbind(dd1,data.frame(V1=dd1$V2,V2=dd1$V1,dd=dd1$dd)) #Mais du coup j'ai la diagonal en double : DD1 <- DD1[!duplicated...
par Yann Labrune
20 Mar 2013, 13:39
Forum : Questions en cours
Sujet : Box Plot avec une variable temps
Réponses : 4
Vues : 2001

Bonjour, Comme ceci j'ai l'impression que ça marche : donnees = read.table(text = " date_debut; date_fin 01/01/2013 08:32; 01/01/2013 10:57 01/01/2013 09:40; 01/01/2013 11:41 01/01/2013 10:40; 01/01/2013 10:41 01/01/2013 11:20; 01/01/2013 11:47 01/01/2013 12:33; 01/01/2013 18:23 01/01/2013 ...
par Yann Labrune
07 Sep 2012, 12:30
Forum : Questions en cours
Sujet : [RESOLU] packages coxme kinship, fonction lmekin
Réponses : 10
Vues : 5408

Bonjour,

Avec les modifications j’obtiens effectivement les mêmes résultats.
Encore merci pour ton temps.


P.S : L'article en lien correspond exactement à ce que je fais. Encore un package à essayer...

Yann
par Yann Labrune
06 Sep 2012, 07:57
Forum : Questions en cours
Sujet : [RESOLU] packages coxme kinship, fonction lmekin
Réponses : 10
Vues : 5408

Bonjour, Le dernier post répond exactement à ma question. Sinon, j'ai tester le modèle avec lme (ça marche!): Linear mixed-effects model fit by maximum likelihood Data: data1 AIC BIC logLik 11339.44 11411.05 -5655.72 Residual StdDev: 20.53099 Fixed effects: list(formule) Value Std.Error DF t...
par Yann Labrune
05 Sep 2012, 11:59
Forum : Questions en cours
Sujet : [RESOLU] packages coxme kinship, fonction lmekin
Réponses : 10
Vues : 5408

Merci Pierre, Je revient un peu sur mon problème à proprement parler avec un peu plus de détail (sait-on jamais). resultat avec lmekin de coxme : > VV<- "vrfi1" > formule<-as.formula(paste(VV,"~ gener*lignee",sep="")) > ss<-lmekin(formule,random=~1|i...
par Yann Labrune
05 Sep 2012, 11:02
Forum : Questions en cours
Sujet : [RESOLU] packages coxme kinship, fonction lmekin
Réponses : 10
Vues : 5408

Bonjour, Merci pour la réponse. Je vais regarder ce que fait pdIdent avec lme. Cependant il me semble que le type de modèle avec matrice parenté ne peut pas ce faire avec lme ( cf detail de l'aide de la fonction lmekin du package coxme) : Details This routine was originally written as a check for th...
par Yann Labrune
04 Sep 2012, 15:31
Forum : Questions en cours
Sujet : [RESOLU] packages coxme kinship, fonction lmekin
Réponses : 10
Vues : 5408

[RESOLU] packages coxme kinship, fonction lmekin

Bonjour, J'utilise la fonction lmekin pour faire un modèle linéaire mixte (j'ai des données familiales). Quelqu'un connait-il la différence entre les deux fonctions lmekin dans les deux packages suscité? Je n'obtient pas les mêmes résultats... Merci pour votre aide. Yann P.S : lmekin du packages GWA...
par Yann Labrune
24 Avr 2012, 07:45
Forum : Questions en cours
Sujet : Gestion des NA
Réponses : 5
Vues : 3059

Bonjour,

As-tu essayé avec

Code : Tout sélectionner

is.na(INN)


Yann
par Yann Labrune
30 Mai 2011, 09:05
Forum : Questions en cours
Sujet : Recopir le dernier caractère d'une chaine
Réponses : 5
Vues : 2781

A mon avis tu peut t'en sortir avec la fonction nchar et (par exemple) substr:

v<-"characters"
substr(v,nchar(v),nchar(v))

[1] "s"


Yann
par Yann Labrune
18 Mai 2011, 07:37
Forum : Questions en cours
Sujet : Changer la référence dans une regression
Réponses : 5
Vues : 2377

Hu ? Sur mon pc et en reprenant ton code, ca ne marche pas (du tout) :

Effectivement... Désoler. Peut être avec la fonction relevel()

Code : Tout sélectionner

dn$method<-relevel(dn$method, ref="E")



Yann
par Yann Labrune
17 Mai 2011, 14:26
Forum : Questions en cours
Sujet : Changer la référence dans une regression
Réponses : 5
Vues : 2377

Si j'ai bien compris je pense que l'on peut faire comme ça : toto<-summary(lm1 <- lm(val ~ -1+method,data=dn)) PP<-data.frame("methode"=c("A","B","C","D","E"),"pval"=c(toto$coef[,4])) #On ré...
par Yann Labrune
16 Mai 2011, 11:55
Forum : Questions en cours
Sujet : manipulation d'une table
Réponses : 2
Vues : 1356

Bonjour, Je pense avoir une solution ton problème. #Je me suis crée une table : > testtest ID Date type magasin 1 ID1 2008-03-20 essai G 2 ID1 2001-09-11 essai A 3 ID2 2001-09-12 achat A 4 ID3 2002-02-15 essai A 5 ID3 2002-02-16 essai B 6 ID3 2002-02-22 achat C 7 ID4 2005-06-30 essai B 8 ID4 2001-07...
par Yann Labrune
29 Avr 2011, 09:38
Forum : Questions en cours
Sujet : Comment regrouper plusieurs colonnes sous 1 seul nom
Réponses : 5
Vues : 4191

Tellement obnubilé par le write.table() que impossible de penser au save().
En tous cas merci pour la réponse rapide.
Yann
par Yann Labrune
29 Avr 2011, 08:10
Forum : Questions en cours
Sujet : Comment regrouper plusieurs colonnes sous 1 seul nom
Réponses : 5
Vues : 4191

Bonjour, Je reprend le fil de cette discution car mon probléme se rapproche beaucoup de celui-ci. Voila, j'ai crée un jeu de données ressembland à yarn ( data$toto est une matrice donc plusieurs variables). Je souhaite ensuite enregister cette table (write.table) pour la réouvrir plus tard. Or à ce ...
par Yann Labrune
27 Avr 2011, 12:22
Forum : Questions en cours
Sujet : fitdistr et maximum de vraisemblance
Réponses : 2
Vues : 2467

Il semble que les valeurs entre parenthèses soit les écart-type des estimations de la moyenne et de l'écart-type au dessus. ss<-fitdistr(rnorm(1000),"normal") > ss mean sd 0.04043584 0.99934286 (0.03160200) (0.02234599) > names(ss) [1] "estimate...

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