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par Maxime Hervé
10 Juil 2020, 13:57
Forum : Questions en cours
Sujet : représentation graphique des corrélations suite à une ACP contrainte
Réponses : 2
Vues : 507

Re: représentation graphique des corrélations suite à une ACP contrainte

Bonjour Augustin,

si ton ACP contrainte (ta RDA, quoi) a été réalisée avec le package vegan ou avec ade4, tu dois pouvoir faire avec le package RVAideMemoire. Quelque chose du genre :

Code : Tout sélectionner

MVA.plot(ta_RDA,"corr",xax=1,yax=NULL)

à peaufiner ensuite.

Cordialement,

Maxime
par Maxime Hervé
19 Juin 2020, 13:57
Forum : Questions en cours
Sujet : ACP distance de hellinger avec factomineR
Réponses : 2
Vues : 603

Re: ACP distance de hellinger avec factomineR

Bonjour Augustin,

tu peux parfaitement faire ton ACP avec la fonction PCA() sur un tableau transformé par decostand(). Le résultat est identique à celui renvoyé par rda(), à la condition que tu ajoutes scale.unit=FALSE en argument de PCA().

Cordialement,

Maxime
par Maxime Hervé
02 Mar 2020, 16:48
Forum : Questions en cours
Sujet : données binaires avec glmer
Réponses : 9
Vues : 1259

Re: données binaires avec glmer

Ok merci Éric, ton explication va bien au-delà de l'idée que j'aurais pu me faire par moi-même. J'en retiens, pour faire court, que cette fonction de lien modifiée est une manière propre de traiter ce genre de cas et qu'il ne faut pas se formaliser des avertissements.

Maxime
par Maxime Hervé
02 Mar 2020, 15:24
Forum : Questions en cours
Sujet : données binaires avec glmer
Réponses : 9
Vues : 1259

Re: données binaires avec glmer

Bonjour, j'en profite pour rebondir sur cette question, car je découvre comment le problème peut être géré via la fonction de lien maison que mentionne Éric (merci Éric !). En repartant de l'exemple donné dans le lien d'Éric, on obtient les avertissements suivants : > elogis <- function (M=1) { + li...
par Maxime Hervé
24 Juil 2019, 12:32
Forum : Questions en cours
Sujet : Méthode d'analyse numérique pour R
Réponses : 7
Vues : 1285

Re: Méthode d'analyse numérique pour R

Auriez-vous réagi différemment si je vous avais répondu comme la fait Maxime Hervé de regarder les codes ? Histoire qu'il n'y ait pas de malentendu : je n'ai pas sous-entendu "démerde-toi et regarde les codes !" Simplement, chaque fois que je suis confronté au même type de questionnement ...
par Maxime Hervé
22 Juil 2019, 07:00
Forum : Questions en cours
Sujet : Méthode d'analyse numérique pour R
Réponses : 7
Vues : 1285

Re: Méthode d'analyse numérique pour R

Bonjour, pour ce qui est de ce que R fait exactement , la meilleure solution reste de décortiquer le code source des fonctions même si ce n'est pas toujours marrant (et pour peu qu'il ne fasse pas appel à du C). En l'occurrence avec les tests de Student (stats:::t.test.default) et de Wilcoxon (stats...
par Maxime Hervé
06 Mai 2019, 14:52
Forum : Questions en cours
Sujet : Quel éditeur/IDE utilisez-vous ?
Réponses : 12
Vues : 2531

Re: Quel éditeur/IDE utilisez-vous ?

Bonjour, à tel point qu'une opinion répandue semble être qu'on ne peut plus faire du R sérieusement sans utiliser Rstudio... J'estime faire du R assez sérieusement, et je suis toujours resté à l'éditeur de script de base ! RStudio a des côtés bien pratiques mais je déteste sa gestion des graphiques ...
par Maxime Hervé
05 Juil 2018, 10:33
Forum : Questions en cours
Sujet : Package emmeans et fonction cld extraction
Réponses : 2
Vues : 1602

Re: Package emmeans et fonction cld extraction

Bonjour, si j'ai bien compris et que vous souhaitez récupérer la dernière colonne du tableau renvoyé par cld() : cld(E)$".group" La colonne emmeans correspond bien aux moyennes (ajustées). Attention dans le cas d'un modèle avec fonction de lien il faut "back-transformer" ces moye...
par Maxime Hervé
18 Mai 2018, 06:40
Forum : Questions en cours
Sujet : comment créer un subset à plusieurs conditions ?
Réponses : 4
Vues : 4185

Re: comment créer un subset à plusieurs conditions ?

Bonjour,
alternativement, pour raccourcir la commande surtout s'il y a plus de deux possibilités :

Code : Tout sélectionner

soucheBC <- subset(data,souche %in% c("B","C"))

Maxime
par Maxime Hervé
19 Mar 2018, 07:41
Forum : Questions en cours
Sujet : équivalent fonction TukeyHSD pour modèle linéaire mixte
Réponses : 3
Vues : 982

Re: équivalent fonction TukeyHSD pour modèle linéaire mixte

Florent Aubry a écrit :Il faut utiliser les packages multcomp (fonction glht puis summary) ou lsmeans (fonction lsmeans)

Plutôt que lsmeans, emmeans (la nouvelle implémentation de lsmeans, qui disparaîtra à terme).
Maxime
par Maxime Hervé
06 Aoû 2017, 06:31
Forum : Questions en cours
Sujet : comparaison post hoc après modèle linéaire mixte
Réponses : 2
Vues : 1302

Re: comparaison post hoc après modèle linéaire mixte

Bonjour,
l'erreur est que vous avez donné votre tableau de données en argument à lsmeans(), alors que la fonction attend un modèle. C'est donc plutôt :

Code : Tout sélectionner

lsmeans(m1,pairwise~Groupe)

Maxime
par Maxime Hervé
23 Juin 2017, 15:50
Forum : Questions en cours
Sujet : Comparaison moyennes suivant un facteur
Réponses : 1
Vues : 851

Re: Comparaison moyennes suivant un facteur

Bonjour,
essayez donc ça :

Code : Tout sélectionner

apply(typo[,2:12],MARGIN=2,function(x) pairwise.perm.t.test(x,typo[,1]))

Maxime
par Maxime Hervé
02 Mar 2017, 14:36
Forum : Questions en cours
Sujet : fonction set.seed()
Réponses : 17
Vues : 44767

Re: fonction set.seed()

Ola j'aurais dû préciser, je ne parlais que de situations simples du type générer une série de données pour un exemple comme plus haut dans le post. Pas d'une véritable étude basée sur une simulation, où l'on génère un grand nombre de séries de données. Dans un cas pareil bien sûr que je ne prendrai...
par Maxime Hervé
02 Mar 2017, 13:27
Forum : Questions en cours
Sujet : fonction set.seed()
Réponses : 17
Vues : 44767

Re: fonction set.seed()

Bonjour,

l'idée est que le résultat soit "aléatoire", donc le choix du nombre doit l'être lui-même. Personnellement je prends toujours l'heure qu'il est, en l'occurrence 14h27 donc 1427.

Maxime
par Maxime Hervé
30 Jan 2017, 15:00
Forum : Questions en cours
Sujet : Modele effets imbriqués
Réponses : 2
Vues : 1073

Re: Modele effets imbriqués

Bonjour,
en utilisant le package lsmeans ça donnerait :

Code : Tout sélectionner

lsm <- lsmeans(model_AC,~Operator|Lab)
contrast(lsm,"pairwise")

La syntaxe Operator|Lab précisant que vous souhaitez faire des comparaisons multiples entre niveaux d'Operator au sein de chaque niveau de Lab.
Maxime

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