Dans ce cas, vous remplacez l'identifiant du seul parent connu par 0 Sinon, il me semble que le package pedigreemm peut calculer des matrices de parenté avec des pedigrees où un seul des parents est connu
Hello Hervé, tu construis ta matrice de distance as.dist(0.5 - coef) parce que le "coef" est un indice de similarité qui doit être égal à 0.5 pour un individu avec lui-même. Donc 0.5-coef est un indice qui est d'autant plus grand que les individus sont similaires, et nul pour un individu a...
Bonjour, pour moi, cette question n'est pas uniquement d'ordre statistique. Les sorties d'anova sont très logiciels-dépendantes, les calculs de sommes de carrés également (les types SAS, qui n'ont pas réellement d'équivalent dans R, même avec Anova); on peut difficilement dissocier ces sorties du lo...
Bonjour, un premier élément de réponse. Votre plan d'expérience n'est pas croisé, mais hiérarchique densité / transect. C'est donc normal que les anova ne soient pas les mêmes selon l'ordre densite*transect ou transect*densité. En particulier, ça n'a pas de sens de faire un modèle transect + densité...
Bonjour, voilà un exemple où on simule 100 valeurs d'une distribution suivant une loi binormale, avec un coefficient de corrélation de 0.8 library(MASS) sigma<-matrix(c(1,.8,.8,1),byrow=TRUE,nrow=2) t100<-mvrnorm(100,mu=c(0,0),Sigma=sigma) et une représentation du nuage de points correspondants, ave...
Bonjour, vous avez la possibilité de faire figurer simultanément observations et variables issues d'une ACP en utilisant la fonction "biplot" (avec les résultats des ACP obtenues avec les fonctions "princomp" ou "prcomp"), ou les fonctions "screeplot" et "...
ou faites
vegan::cca(varespec ~ Ca, varechem) Le souci vient qu'il y a une fonction cca dans ces deux packages, et que, suivant l'ordre d'ouverture, vous utilisez par défaut la fonction ade4
Bonjour, Pour reprendre la terminologie proposée par J Lobry (graphique de Loua), le site très intéressant de Friendly et Denis sur l'histoire des graphiques: http://www.datavis.ca/milestones/index.php?group=1850%2B&mid=ms143%C3%93 Au risque de sombrer dans la franchouillardise la plus éhontée, ...
Bonjour, pour reprendre l'exemple de adegenet data(nancycats) obj <- genind2genpop(nancycats) # obj est un objet genpop. Pour enlever les populations 1 et 3, on fait : x<-obj[ !(obj$pop.names %in% c("1","3")),] Sinon, pour les questions relatives à ce package, le plus simple est ...