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par denis laloe
03 Sep 2018, 14:34
Forum : Questions en cours
Sujet : Problèmes pour utilisation du package kinship2
Réponses : 4
Vues : 759

Re: Problèmes pour utilisation du package kinship2

Dans ce cas, vous remplacez l'identifiant du seul parent connu par 0
Sinon, il me semble que le package pedigreemm peut calculer des matrices de parenté avec des pedigrees où un seul des parents est connu
par denis laloe
30 Aoû 2018, 09:43
Forum : Questions en cours
Sujet : Problèmes pour utilisation du package kinship2
Réponses : 4
Vues : 759

Re: Problèmes pour utilisation du package kinship2

Bonjour,
je pense que les individus doivent avoir :
- soit les deux parents connus
- soit aucun parent connu.

Les individus avec un seul parent connu entraînent le message d'erreur
par denis laloe
31 Mai 2018, 13:05
Forum : Questions en cours
Sujet : distances génétiques
Réponses : 4
Vues : 1386

Re: distances génétiques

Hello Hervé, tu construis ta matrice de distance as.dist(0.5 - coef) parce que le "coef" est un indice de similarité qui doit être égal à 0.5 pour un individu avec lui-même. Donc 0.5-coef est un indice qui est d'autant plus grand que les individus sont similaires, et nul pour un individu a...
par denis laloe
13 Jan 2017, 11:21
Forum : Questions en cours
Sujet : différentes sorties d'anova
Réponses : 9
Vues : 1908

Re: différentes sorties d'anova

Bonjour, pour moi, cette question n'est pas uniquement d'ordre statistique. Les sorties d'anova sont très logiciels-dépendantes, les calculs de sommes de carrés également (les types SAS, qui n'ont pas réellement d'équivalent dans R, même avec Anova); on peut difficilement dissocier ces sorties du lo...
par denis laloe
12 Jan 2017, 13:08
Forum : Questions en cours
Sujet : différentes sorties d'anova
Réponses : 9
Vues : 1908

Re: différentes sorties d'anova

Par définition, un schéma hiérarchique n'est pas complet
par denis laloe
12 Jan 2017, 08:21
Forum : Questions en cours
Sujet : différentes sorties d'anova
Réponses : 9
Vues : 1908

Re: différentes sorties d'anova

Bonjour, un premier élément de réponse. Votre plan d'expérience n'est pas croisé, mais hiérarchique densité / transect. C'est donc normal que les anova ne soient pas les mêmes selon l'ordre densite*transect ou transect*densité. En particulier, ça n'a pas de sens de faire un modèle transect + densité...
par denis laloe
28 Sep 2016, 15:08
Forum : Questions en cours
Sujet : L'analyse Factorielle discriminantes-L'AFD ou ADL
Réponses : 2
Vues : 1422

Re: L'analyse Factorielle discriminantes-L'AFD ou ADL

Bonjour,
concernant l'ACP, allez voir dans la documentation du package ade4 les fonctions dudi.hillsmith et dudi.mix
par denis laloe
30 Nov 2015, 14:57
Forum : Questions en cours
Sujet : Simuler deux variables aléatoires liées par un coef de correlation déterminé.
Réponses : 7
Vues : 2287

Re: Simuler deux variables aléatoires liées par un coef de correlation déterminé.

Bonjour, voilà un exemple où on simule 100 valeurs d'une distribution suivant une loi binormale, avec un coefficient de corrélation de 0.8 library(MASS) sigma<-matrix(c(1,.8,.8,1),byrow=TRUE,nrow=2) t100<-mvrnorm(100,mu=c(0,0),Sigma=sigma) et une représentation du nuage de points correspondants, ave...
par denis laloe
21 Juil 2015, 08:11
Forum : Questions en cours
Sujet : Graphiques et ACP
Réponses : 1
Vues : 1530

Re: Graphiques et ACP

Bonjour, vous avez la possibilité de faire figurer simultanément observations et variables issues d'une ACP en utilisant la fonction "biplot" (avec les résultats des ACP obtenues avec les fonctions "princomp" ou "prcomp"), ou les fonctions "screeplot" et "...
par denis laloe
04 Mar 2015, 08:34
Forum : Questions en cours
Sujet : [Résolu] Quand même l'exemple ne fonctionne pas...
Réponses : 5
Vues : 1798

ou faites
vegan::cca(varespec ~ Ca, varechem)
Le souci vient qu'il y a une fonction cca dans ces deux packages, et que, suivant l'ordre d'ouverture, vous utilisez par défaut la fonction ade4
par denis laloe
04 Mar 2015, 08:31
Forum : Questions en cours
Sujet : [Résolu] Quand même l'exemple ne fonctionne pas...
Réponses : 5
Vues : 1798

Bonjour,
je pense que votre souci vient que vous avez ouvert simultanément les extensions vegan et ade4. Réessayez sans ouvrir ade4
par denis laloe
19 Aoû 2014, 10:16
Forum : Questions en cours
Sujet : heatmap / carte ardente
Réponses : 12
Vues : 4654

Bonjour, Pour reprendre la terminologie proposée par J Lobry (graphique de Loua), le site très intéressant de Friendly et Denis sur l'histoire des graphiques: http://www.datavis.ca/milestones/index.php?group=1850%2B&mid=ms143%C3%93 Au risque de sombrer dans la franchouillardise la plus éhontée, ...
par denis laloe
21 Mai 2014, 09:10
Forum : Questions en cours
Sujet : [Resolu] Adegenet
Réponses : 2
Vues : 2817

Bonjour, pour reprendre l'exemple de adegenet data(nancycats) obj <- genind2genpop(nancycats) # obj est un objet genpop. Pour enlever les populations 1 et 3, on fait : x<-obj[ !(obj$pop.names %in% c("1","3")),] Sinon, pour les questions relatives à ce package, le plus simple est ...
par denis laloe
17 Avr 2014, 08:08
Forum : Questions en cours
Sujet : Interpolation Linéaire NAs
Réponses : 6
Vues : 4573

Bonjour,

je pense que le code correct pour tester si une valeur est manquante est
"is.na". cf exemple suivant


avd<-1
> avd==NA
[1] NA
> is.na(avd)
[1] FALSE

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