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par matthieu faron
13 Déc 2019, 09:08
Forum : Questions en cours
Sujet : Créer plusieurs conditions dans un if / est-ce possible d'utiliser un %not in%
Réponses : 5
Vues : 841

Re: Créer plusieurs conditions dans un if / est-ce possible d'utiliser un %not in%

Bonjour,

Il y aussi la fonction case_when() du package dplyr qui permet de faire des conditions if imbriquées.

Personnellement je la trouve un peu plus claire dans ces situations en limitant le recopiage du nom du data_frame etc... mais c'est juste personnel !

Bonne journée
par matthieu faron
31 Oct 2019, 09:45
Forum : Questions en cours
Sujet : Problème pour utiliser coxph en univariée avec de multiples covariables quand une variable est factorisée à 3 facteurs
Réponses : 12
Vues : 1629

Re: Problème pour utiliser coxph en univariée avec de multiples covariables quand une variable est factorisée à 3 facteu

On sort un peu de l'utilisation pure du logiciel, pour basculer sur des stats qui ne sont pas l'objet de ce forum... mais tel que je la comprends, votre question n'a pas vraiment de sens... les IC sont liées au paramètre du model et il y a deux paramètres correspondant chacun à une à comparaison de ...
par matthieu faron
31 Oct 2019, 07:50
Forum : Questions en cours
Sujet : Problème pour utiliser coxph en univariée avec de multiples covariables quand une variable est factorisée à 3 facteurs
Réponses : 12
Vues : 1629

Re: Problème pour utiliser coxph en univariée avec de multiples covariables quand une variable est factorisée à 3 facteu

Bonjour,

La fonction confint s'applique (éventuellement) sur le modèle et non sur le résultat de la fonction drop.

C'est surtout utile pour les modèles logistiques car pour le modèle de Cox

Code : Tout sélectionner

summary(R)


devrait vous donner les IC des paramètres (ou plutôt des exp(paramètres) )....
par matthieu faron
30 Oct 2019, 17:36
Forum : Questions en cours
Sujet : Problème pour utiliser coxph en univariée avec de multiples covariables quand une variable est factorisée à 3 facteurs
Réponses : 12
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Re: Problème pour utiliser coxph en univariée avec de multiples covariables quand une variable est factorisée à 3 facteu

Oui, effectivement il faut supprimer les donnés manquantes, j'aimerais bien que la formule que vous avez proposé fonctionne. Il y a plusieurs façons de le faire évidemment mais je fais le plus souvent R<-coxph(Surv(Duree, Arret) ~ Tabac, data = UST[! is.na(UST$Tabac), ]) drop1(R,test="Chisq&quo...
par matthieu faron
30 Oct 2019, 07:54
Forum : Questions en cours
Sujet : Problème pour utiliser coxph en univariée avec de multiples covariables quand une variable est factorisée à 3 facteurs
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Re: Problème pour utiliser coxph en univariée avec de multiples covariables quand une variable est factorisée à 3 facteu

Re bonjour, Le plus simple (mais très élégant serait peut être de remplacer cette ligne ) res<-c(beta, HR, wald.test, p.value) Par : res <- c( paste(beta, collapse = "/"), paste(HR, collapse = "/"), paste(wald.test, collapse = "/"), paste(p.value, collapse = "/&quo...
par matthieu faron
28 Oct 2019, 09:01
Forum : Questions en cours
Sujet : Problème pour utiliser coxph en univariée avec de multiples covariables quand une variable est factorisée à 3 facteurs
Réponses : 12
Vues : 1629

Re: Problème pour utiliser coxph en univariée avec de multiples covariables quand une variable est factorisée à 3 facteu

Oui bien sur, car effectivement votre variable est vraiment un facteur et pas un numérique. Tout votre code marche bien jusqu'au moment de la conversion en data.frame. Ca depends de ce que vous voulez faire de ce tableau : le coller dans un traitement de texte ? Je dirais qu'il y a au moins de gande...
par matthieu faron
28 Oct 2019, 08:33
Forum : Questions en cours
Sujet : Problème pour utiliser coxph en univariée avec de multiples covariables quand une variable est factorisée à 3 facteurs
Réponses : 12
Vues : 1629

Re: Problème pour utiliser coxph en univariée avec de multiples covariables quand une variable est factorisée à 3 facteu

Bonjour, Le problème vient du fait que la variable tabac est la seule à avoir 3 catégories. Elle est donc codée avec 2 coefficients (et non 1 comme les autres). Le problème ne survient pas si vous ne la mettez pas en facteur car cette variable est importée comme un integer et donc codé en numérique ...
par matthieu faron
22 Aoû 2019, 08:05
Forum : Questions en cours
Sujet : ajouter une colonne à gauche d'un data frame
Réponses : 8
Vues : 4590

Re: ajouter une colonne à gauche d'un data frame

C'est bizarre, sur le miens ça marche. J'avais retenu ça si tu as besoin de réordonner des colonnes de façon plus complexe et pas simplement déplacer au début ou à la fin... > x=data.frame(matrix(1:9,nrow=3,ncol=3)) > x$new=10:12 > x[, c(4, 1:3)] new X1 X2 X3 1 10 1 4 7 2 11 2 5 8 3 12 3 6 9 >
par matthieu faron
22 Aoû 2019, 07:41
Forum : Questions en cours
Sujet : ajouter une colonne à gauche d'un data frame
Réponses : 8
Vues : 4590

Re: ajouter une colonne à gauche d'un data frame

Ou alors :

Code : Tout sélectionner

x[, c(4, 1:3)]

?
par matthieu faron
21 Aoû 2019, 07:30
Forum : Questions en cours
Sujet : Environment R
Réponses : 8
Vues : 1166

Re: Environment R

Bonjour, Par curiosité tu utilises un Windows et un R 32 ou 64 bit ? J'ai Windows 7 64 bit, la version 64 bit de R, 16 GO de mémoire vive, je travaille actuellement avec un fichier qui une fois chargé dans R fais 14 GO et ça marche sans problème. Je croyais que la limite de 2 GO était celle pour les...
par matthieu faron
07 Mai 2019, 05:42
Forum : Questions en cours
Sujet : problème non résolu sur script
Réponses : 4
Vues : 899

Re: problème non résolu sur script

C'est pourquoi je trouve qu'il vaut mieux éviter d'utiliser cette fonction attach car après on ne sait plus sur quel data.frame on fait ces calculs. Ça prend à peine plus de temps de préciser le data.frame et finalement c'est plus "simple" car on est certain du tableau sur lequel se font l...
par matthieu faron
06 Mai 2019, 11:31
Forum : Questions en cours
Sujet : problème non résolu sur script
Réponses : 4
Vues : 899

Re: problème non résolu sur script

Bonjour, Pas très facile de répondre avec si peu d'information... je suppose que si la ligne du cor.test marche c'est que vous avez "attaché" le data.frame dans l'environnement de travail. Pour faire le test sur subset aa cor.test(aa$Densite,aa$Coraux_vivant,method="spearman") Si...
par matthieu faron
11 Mar 2019, 09:48
Forum : Questions en cours
Sujet : problème de mémoire "cannot allocate vector of size n Mb"
Réponses : 8
Vues : 6651

Re: problème de mémoire "cannot allocate vector of size n Mb"

Bonjour à tous, Je prends le sujet en cours... Je ne connais pas l'analyse de ce type de données mais j'ai été confronté à un problème voisin pour des simulations que je faisais : il te faut temporairement plus de RAM / plus de puissance de calcul (sans vouloir investir dans un nouvelle ordinateur /...
par matthieu faron
18 Jan 2019, 08:55
Forum : Questions en cours
Sujet : Nombres de sujets nécessaires
Réponses : 3
Vues : 1460

Re: Nombres de sujets nécessaires

Bonjour,

J'utilise parfois le package TrialSize qui contient pas mal de fonctions pour plein de situations différentes, mais la documentation est on va dire....minimaliste si on ne dispose pas du livre correspondant.
par matthieu faron
08 Jan 2019, 09:11
Forum : Questions en cours
Sujet : Valeur minimum par ligne
Réponses : 11
Vues : 5164

Re: Valeur minimum par ligne

Mais c'est peut être plus facile à transposer ? La dernière fois que j'avais essayé, travailler avec dplyr sur les lignes c'était un peu galère...c'est plutôt fait pour traiter les colonnes Plus d'info ici: https://speakerdeck.com/jennybc/row-oriented-workflows-in-r-with-the-tidyverse?slide=28 J'ai ...

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