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par Mickael Canouil
27 Juin 2019, 09:53
Forum : Questions en cours
Sujet : Analyse de sensibilité Sobol
Réponses : 1
Vues : 8

Re: Analyse de sensibilité Sobol

Bonjour, pour partager du code, c'est mieux d'utiliser les balises "Code" (outon dans l’éditeur). Votre erreur est run[[2]], il n'y a pas de second élément (si tant est que run soit une liste). x <- list(1, 2) x[[3]] #> Error in x[[3]]: subscript out of bounds Allez donc à la ligne contena...
par Mickael Canouil
24 Juin 2019, 11:44
Forum : Questions en cours
Sujet : Graphique - Heure et Minute
Réponses : 2
Vues : 59

Re: Graphique - Heure et Minute

Bonjour, ggplot2 ne permet pas de gérer des objets de classes "Duration" ou "Period", ce qui se rapproche le plus serait date ou datetime (POSIX). set.seed(20190624) library(tidyverse) fake_data <- expand.grid(sprintf("%02d", 0:23), sprintf("%02d", 0:59)) %>% ...
par Mickael Canouil
19 Juin 2019, 08:22
Forum : Questions en cours
Sujet : Sourcer des fichiers dans une app Shiny
Réponses : 5
Vues : 96

Re: Sourcer des fichiers dans une app Shiny

PS : j'avais vu ta première réponse où tu disais que le code R ne devait pas se trouver dans le répertoire "inst", et dans le fond je suis d'accord. Mais j'avais suivi ce que disait cette réponse sur SO : https://stackoverflow.com/a/37833866/11238320 Globalement, cette organisation des fi...
par Mickael Canouil
18 Juin 2019, 14:54
Forum : Questions en cours
Sujet : Sourcer des fichiers dans une app Shiny
Réponses : 5
Vues : 96

Re: Sourcer des fichiers dans une app Shiny

edit: Voici un petit exemple d'un package avec deux fonctions, une interne, et une exportée qui lance une application shiny utilisant une feuille de style css dans le dossier /inst/css: https://gist.github.com/mcanouil/aa49a40c5181119900601d966ce367a8 usethis::create_package(path = "~/mypackage...
par Mickael Canouil
18 Juin 2019, 10:52
Forum : Questions en cours
Sujet : Sourcer des fichiers dans une app Shiny
Réponses : 5
Vues : 96

Re: Sourcer des fichiers dans une app Shiny

Bonjour, Pourquoi vouloir sourcer les fonctions de votre package au sein même de celui-ci ? Toutes les fonctions d'un package ont accès à l'ensemble des fonction du dit package ("/R"), que ces fonctions soient ou non exportées. Les tests unitaire ne sont pas vraiment fonctionnelles (du moi...
par Mickael Canouil
11 Juin 2019, 15:20
Forum : Questions en cours
Sujet : Transformer une liste de taille variable en data.frame
Réponses : 4
Vues : 89

Re: Transformer une liste de taille variable en data.frame

Bonjour, voici ma proposition "pur" tidyverse: library(tidyverse) dn <- data.frame(a = c(1:4, 1), b = c(0, 1, 0, 0, 1), d = c(1, 2, 3, 2, 1)) dn %>% gather() %>% count(key, value) %>% spread(key = "key", value = "n") #> # A tibble: 5 x 4 #> # Groups: value [5] #> value ...
par Mickael Canouil
07 Juin 2019, 10:33
Forum : Questions en cours
Sujet : pairwise.t.test donne des valeurs differentes de p-value par rapport à grouped_ggbetweenstats
Réponses : 1
Vues : 60

Re: pairwise.t.test donne des valeurs differentes de p-value par rapport à grouped_ggbetweenstats

Bonjour, ce n'est pas exactement le même test qui est utilisé. Le package utilise notamment des approches bayésienne selon le nombre de groupe, avec par exemple : ⋅ "Bayesian one-way analysis of variance" => bf_oneway_anova() ⋅ "Bayesian two-samples *t*-test" ...
par Mickael Canouil
07 Juin 2019, 10:16
Forum : Questions en cours
Sujet : Gene Ontology (GO)
Réponses : 6
Vues : 106

Re: Gene Ontology (GO)

Bonjour, le package RDAVIDWebService utilse le service en ligne DAVID pour annoter et effectuer quelques analyses "classiques" sur les données de transcriptomique et plus généralement -omique. Si votre application concerne principalement le RNAseq, je vous suggère de regarder le site inter...
par Mickael Canouil
07 Juin 2019, 09:47
Forum : Questions en cours
Sujet : Représenter graphiquement le min de 4 valeurs en fonction du temps.
Réponses : 3
Vues : 93

Re: Représenter graphiquement le min de 4 valeurs en fonction du temps.

Bonjour Christophe, j'avais la même approche que Maxime, j'ai donc modifié un peu ma proposition. set.seed(20190607) library(tidyverse) .data <- tibble( time = rep(1:10, 4), replicate = rep(LETTERS[1:4], 10), measure = rnorm(10 * 4) ) .data #> # A tibble: 40 x 3 #> time replicate measure #> <int> <c...
par Mickael Canouil
06 Juin 2019, 07:28
Forum : Questions en cours
Sujet : unlist dans un df
Réponses : 1
Vues : 45

Re: unlist dans un df

Bonjour, pour la prochaine fois, pour partager des données: Comment insérer des données dans un message ? La fonction tidyr::unnest() est une solution. .data <- structure( list(ID = 1:3, data = list(LETTERS[1:5], letters[1:6], LETTERS[1:3])), class = "data.frame", row.names = c(NA, -3L) ) ...
par Mickael Canouil
05 Juin 2019, 08:31
Forum : Questions en cours
Sujet : ggplot, large barplot lorsque 1 modalité représentée
Réponses : 2
Vues : 47

Re: ggplot, large barplot lorsque 1 modalité représentée

Bonjour,

argument 'preserve' de la fonction 'position_dodge()'

Cordialement,
par Mickael Canouil
03 Juin 2019, 15:38
Forum : Questions en cours
Sujet : [Résolu] Subset d'intervalle variable
Réponses : 6
Vues : 108

Re: Subset d'intervalle variable

Un jeu de donnée plus "réaliste" library(tidyverse) l2 <- tibble::tibble("id" = rep(c(1, 2, 3, 4, 5, 6), c(3, 2, 4, 5, 1, 8))) %>% group_by(id) %>% mutate( trip = seq(n()) ) %>% ungroup() %>% mutate(file = paste0("file", LETTERS[1:n()])) Le code et le résultat: split() ...
par Mickael Canouil
03 Juin 2019, 15:17
Forum : Questions en cours
Sujet : [Résolu] Subset d'intervalle variable
Réponses : 6
Vues : 108

Re: Subset d'intervalle variable

Pour résumer, vous voulez des trios (maximum) par id ?
par Mickael Canouil
03 Juin 2019, 15:15
Forum : Questions en cours
Sujet : Decalage d'heure entre TZ
Réponses : 4
Vues : 76

Re: Decalage d'heure entre TZ

Bonjour, tu peux aussi utiliser la fonction format avec l'argument '%z' qui te renvoi l'offset en heure par rapport à l'heure UTC : format(ladate, "%z") [1] "+0200" "+0100" Tu as son pendant avec "%Z" qui te donne le time zone et donc tu peux aussi retrouver ...

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