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par Mickael Canouil
19 Juin 2019, 08:22
Forum : Questions en cours
Sujet : Sourcer des fichiers dans une app Shiny
Réponses : 5
Vues : 79

Re: Sourcer des fichiers dans une app Shiny

PS : j'avais vu ta première réponse où tu disais que le code R ne devait pas se trouver dans le répertoire "inst", et dans le fond je suis d'accord. Mais j'avais suivi ce que disait cette réponse sur SO : https://stackoverflow.com/a/37833866/11238320 Globalement, cette organisation des fi...
par Mickael Canouil
18 Juin 2019, 14:54
Forum : Questions en cours
Sujet : Sourcer des fichiers dans une app Shiny
Réponses : 5
Vues : 79

Re: Sourcer des fichiers dans une app Shiny

edit: Voici un petit exemple d'un package avec deux fonctions, une interne, et une exportée qui lance une application shiny utilisant une feuille de style css dans le dossier /inst/css: https://gist.github.com/mcanouil/aa49a40c5181119900601d966ce367a8 usethis::create_package(path = "~/mypackage...
par Mickael Canouil
18 Juin 2019, 10:52
Forum : Questions en cours
Sujet : Sourcer des fichiers dans une app Shiny
Réponses : 5
Vues : 79

Re: Sourcer des fichiers dans une app Shiny

Bonjour, Pourquoi vouloir sourcer les fonctions de votre package au sein même de celui-ci ? Toutes les fonctions d'un package ont accès à l'ensemble des fonction du dit package ("/R"), que ces fonctions soient ou non exportées. Les tests unitaire ne sont pas vraiment fonctionnelles (du moi...
par Mickael Canouil
11 Juin 2019, 15:20
Forum : Questions en cours
Sujet : Transformer une liste de taille variable en data.frame
Réponses : 4
Vues : 64

Re: Transformer une liste de taille variable en data.frame

Bonjour, voici ma proposition "pur" tidyverse: library(tidyverse) dn <- data.frame(a = c(1:4, 1), b = c(0, 1, 0, 0, 1), d = c(1, 2, 3, 2, 1)) dn %>% gather() %>% count(key, value) %>% spread(key = "key", value = "n") #> # A tibble: 5 x 4 #> # Groups: value [5] #> value ...
par Mickael Canouil
07 Juin 2019, 10:33
Forum : Questions en cours
Sujet : pairwise.t.test donne des valeurs differentes de p-value par rapport à grouped_ggbetweenstats
Réponses : 1
Vues : 49

Re: pairwise.t.test donne des valeurs differentes de p-value par rapport à grouped_ggbetweenstats

Bonjour, ce n'est pas exactement le même test qui est utilisé. Le package utilise notamment des approches bayésienne selon le nombre de groupe, avec par exemple : ⋅ "Bayesian one-way analysis of variance" => bf_oneway_anova() ⋅ "Bayesian two-samples *t*-test" ...
par Mickael Canouil
07 Juin 2019, 10:16
Forum : Questions en cours
Sujet : Gene Ontology (GO)
Réponses : 6
Vues : 94

Re: Gene Ontology (GO)

Bonjour, le package RDAVIDWebService utilse le service en ligne DAVID pour annoter et effectuer quelques analyses "classiques" sur les données de transcriptomique et plus généralement -omique. Si votre application concerne principalement le RNAseq, je vous suggère de regarder le site inter...
par Mickael Canouil
07 Juin 2019, 09:47
Forum : Questions en cours
Sujet : Représenter graphiquement le min de 4 valeurs en fonction du temps.
Réponses : 3
Vues : 80

Re: Représenter graphiquement le min de 4 valeurs en fonction du temps.

Bonjour Christophe, j'avais la même approche que Maxime, j'ai donc modifié un peu ma proposition. set.seed(20190607) library(tidyverse) .data <- tibble( time = rep(1:10, 4), replicate = rep(LETTERS[1:4], 10), measure = rnorm(10 * 4) ) .data #> # A tibble: 40 x 3 #> time replicate measure #> <int> <c...
par Mickael Canouil
06 Juin 2019, 07:28
Forum : Questions en cours
Sujet : unlist dans un df
Réponses : 1
Vues : 40

Re: unlist dans un df

Bonjour, pour la prochaine fois, pour partager des données: Comment insérer des données dans un message ? La fonction tidyr::unnest() est une solution. .data <- structure( list(ID = 1:3, data = list(LETTERS[1:5], letters[1:6], LETTERS[1:3])), class = "data.frame", row.names = c(NA, -3L) ) ...
par Mickael Canouil
05 Juin 2019, 08:31
Forum : Questions en cours
Sujet : ggplot, large barplot lorsque 1 modalité représentée
Réponses : 2
Vues : 39

Re: ggplot, large barplot lorsque 1 modalité représentée

Bonjour,

argument 'preserve' de la fonction 'position_dodge()'

Cordialement,
par Mickael Canouil
03 Juin 2019, 15:38
Forum : Questions en cours
Sujet : [Résolu] Subset d'intervalle variable
Réponses : 6
Vues : 93

Re: Subset d'intervalle variable

Un jeu de donnée plus "réaliste" library(tidyverse) l2 <- tibble::tibble("id" = rep(c(1, 2, 3, 4, 5, 6), c(3, 2, 4, 5, 1, 8))) %>% group_by(id) %>% mutate( trip = seq(n()) ) %>% ungroup() %>% mutate(file = paste0("file", LETTERS[1:n()])) Le code et le résultat: split() ...
par Mickael Canouil
03 Juin 2019, 15:17
Forum : Questions en cours
Sujet : [Résolu] Subset d'intervalle variable
Réponses : 6
Vues : 93

Re: Subset d'intervalle variable

Pour résumer, vous voulez des trios (maximum) par id ?
par Mickael Canouil
03 Juin 2019, 15:15
Forum : Questions en cours
Sujet : Decalage d'heure entre TZ
Réponses : 4
Vues : 61

Re: Decalage d'heure entre TZ

Bonjour, tu peux aussi utiliser la fonction format avec l'argument '%z' qui te renvoi l'offset en heure par rapport à l'heure UTC : format(ladate, "%z") [1] "+0200" "+0100" Tu as son pendant avec "%Z" qui te donne le time zone et donc tu peux aussi retrouver ...
par Mickael Canouil
03 Juin 2019, 15:10
Forum : Questions en cours
Sujet : ggplot ajout geom_text n effectif d'une moyenne
Réponses : 2
Vues : 48

Re: ggplot ajout geom_text n effectif d'une moyenne

Bonjour, le plus simple reste de changer la variable utilisé dans l'aesthetique de l'absisse. Le 'fill = "red"' dans aes() ne devrait visiblement pas s'y trouver, puisqu'il s'agit d'une constante (sauf cas particulier pour forcer cette aesthetique à apparaitre dans la légende). library(dpl...
par Mickael Canouil
03 Juin 2019, 14:49
Forum : Questions en cours
Sujet : [Résolu] Subset d'intervalle variable
Réponses : 6
Vues : 93

Re: Subset d'intervalle variable

Bonjour, les conditions ne pas vraiment évidentes... "trip.tab" dans votre exemple ne fera absolument jamais plus d'une ligne... Peut-être pouvez-vous indiquer la forme que devrait avoir votre objet final ? J'y vais d'une pure supposition/interprétation de ce que vous voulez : l2 <- data.f...
par Mickael Canouil
03 Juin 2019, 14:40
Forum : Questions en cours
Sujet : Decalage d'heure entre TZ
Réponses : 4
Vues : 61

Re: Decalage d'heure entre TZ

Bonjour Serge, personnellement je récupérerai juste la fonction: https://github.com/dankelley/oce/blob/develop/R/misc.R#L2702 Sinon, sans l'édition "à la main": ## Data are from ## https://www.timeanddate.com/library/abbreviations/timezones/ ## and hand-edited, so there may be errors. Also...

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