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par Matthieu Lesnoff
16 Juin 2020, 05:53
Forum : Questions en cours
Sujet : Accélérer rbind
Réponses : 3
Vues : 256

Re: Accélérer rbind

de manière générale, éviter rbind dès qu'il y a beaucoup d'itérations Préférer "rbindlist" (très rapide) du package data.table (qu'il faut installer) n <- 3 ; p <- 5 ; nrep <- 4 # List of data.frames mylist <- lapply(1:nrep, function(x) as.data.frame(matrix(runif(n * p), nrow = n))) # tran...
par Matthieu Lesnoff
16 Juin 2020, 05:36
Forum : Packages
Sujet : rnirs: Chemometrics, Kernel Regression and Discrimination, Locally Weighting, and Other Methods
Réponses : 0
Vues : 3465

rnirs: Chemometrics, Kernel Regression and Discrimination, Locally Weighting, and Other Methods

Package: rnirs Type: Package Title: Chemometrics, Kernel Regression and Discrimination, Locally Weighting, and Other Methods Version: 1.8-2 Author: Matthieu Lesnoff <matthieu.lesnoff@cirad.fr> Maintainer: Matthieu Lesnoff <matthieu.lesnoff@cirad.fr> Description: Package rnirs focuses on chemometrics...
par Matthieu Lesnoff
11 Mai 2016, 06:57
Forum : Questions en cours
Sujet : tableau moyenne par modalité d'une variable qualitative
Réponses : 6
Vues : 6784

Re: tableau moyenne par modalité d'une variable qualitative

Bonjour La fonction 'aggregate' du package de base de R est très pratique car elle renvoie directement un data.frame : res <- aggregate(v1 ~ f1, data = dat, FUN = mean) # on peut spécifier plusieurs variables, plusieurs facteurs # et n'importe quelle autre fonction que la moyenne, p.ex. médiane ci-d...
par Matthieu Lesnoff
09 Mai 2016, 13:40
Forum : Questions en cours
Sujet : Pré traitement pour analyse spectrale et PLS
Réponses : 1
Vues : 1468

Re: Pré traitement pour analyse spectrale et PLS

Bonjour

- importation de fichiers asd et pré-traitement de spectres : package prospectr

- pls, pcr, etc. : package pls (par exemple)
par Matthieu Lesnoff
22 Avr 2015, 13:20
Forum : Questions en cours
Sujet : test unilateral sur une proportion
Réponses : 3
Vues : 2329

P=p0 vs p<p0 Mathématiquement oui la statistique du test unilatéral classique est définie sous H0 p = p0, même si intuitivement on poserait plutôt "p >= p0". Mais ce n'est qu'une nuance : en pratique dans ce type de test, on cherche surtout à savoir si H1, par exemple p < p0, est vraisemb...
par Matthieu Lesnoff
03 Fév 2012, 10:56
Forum : Questions en cours
Sujet : Résultats ANOVA hiérarchique
Réponses : 9
Vues : 6009

en complément : dans le cas d'un modèle hiérarchique A/B où B est aléatoire, et lorsque le plan est équlibré, une manière simple de tester A en évitant les package nlme ou lme4 est d'utiliser aov : fm <- aov(y ~ A + Error(B), data = x) summary(fm) # même chose (pour A)...
par Matthieu Lesnoff
02 Nov 2011, 11:21
Forum : Scripts et fonctions R
Sujet : Exemples glmm avec lme4
Réponses : 0
Vues : 14120

Exemples glmm avec lme4

Quelques scripts pouvant aider pour des analyses glmm avec lme4. Je me suis largement inspiré des informations disponibles sur le site http://glmm.wikidot.com . Certains des scripts seront vraisemblablement bientôt obsolètes, car lme4 évolue et fournira sûrement des fonctions plus efficaces. Par ail...
par Matthieu Lesnoff
19 Oct 2011, 11:46
Forum : Questions en cours
Sujet : taille des labels avec xplot()
Réponses : 1
Vues : 2179

une approche est de placer "cex" dans la liste "x" (ou "y") de la liste de l'argument "scales", p.ex. : z <- c("J", "A", "S", "O", "N", "D", "J", "F", "M", "A&qu...
par Matthieu Lesnoff
14 Oct 2011, 18:48
Forum : Questions en cours
Sujet : gestion de chaines de caractères
Réponses : 6
Vues : 3877

Re: gestion de chaines de caractères

peut être regarder du côté de l'aide de la fonction grep() (?)
par Matthieu Lesnoff
10 Oct 2011, 10:42
Forum : Questions en cours
Sujet : tirage binomial
Réponses : 1
Vues : 2330

Re: tirage binomial

pour les tirages d'éléments avec ou sans remise, voir la fonction sample() de R
par Matthieu Lesnoff
27 Sep 2011, 17:07
Forum : Questions en cours
Sujet : GLMM
Réponses : 2
Vues : 2852

Re: GLMM

Salut, quel est le package meilleur selon vous pour les GLMM? Sara Pour les méthodes ML, deux standards sont lme4 et glmmML. lme4 permet d'ajuster plusieurs facteurs aléatoires emboités ou des facteurs croisés, glmmML non (1 seul facteur). Il ya aussi glmm.admb, + les packages utilisant les approch...
par Matthieu Lesnoff
23 Sep 2011, 18:58
Forum : Questions en cours
Sujet : lme4 : facteur emboîté dans une interaction
Réponses : 7
Vues : 4777

Ma remarque était juste par rapport à : je voudrais emboîter le facteur "dil" dans l'interaction "Opérateur*Equipement"" Sous lme4, "(1 | A/B") est équivalent à "(1 | A) + (1 | A:B)", c'est à dire effet aléatoire "A" + effet aléatoire "B em...
par Matthieu Lesnoff
20 Sep 2011, 23:21
Forum : Questions en cours
Sujet : lme4 : facteur emboîté dans une interaction
Réponses : 7
Vues : 4777

Re: lme4 : facteur emboîté dans une interaction

Bonjour, Dans l'exemple ci-dessous je voudrais emboîter le facteur "dil" dans l'interaction "Opérateur*Equipement" : SAS n'a pas forcément la même syntaxe que lme4. Sous lme4, '(1|dil/Operator:Equipement)' signifie : effet 'dil' + effet 'Operator:Equipement' emboité dans 'dil' (...
par Matthieu Lesnoff
20 Sep 2011, 22:54
Forum : Questions en cours
Sujet : QQ-PLOT
Réponses : 6
Vues : 8419

Re: QQ-PLOT

Je cherche à tracer un qq-plot avec ma distribution empirique et une loi de pareto Un exemple de code avec qqmath de lattice et une fonction construite qchisq01 (mélange de lois de Chi2). Pour votre cas, il suffit de remplacer qchisq01 par la fonction définissant les quantiles de la loi de Pareto :...
par Matthieu Lesnoff
22 Juin 2011, 08:58
Forum : Questions en cours
Sujet : Possibilité d'avoir plusieurs graphes à l'écran ?
Réponses : 6
Vues : 3836

Re: Possibilité d'avoir plusieurs graphes à l'écran ?

ou utiliser l'argument "split" de la fonction print.trellis(), mais il faut alors remplacer boxplot() par bwplot() (fonction du package lattice).

voir les exemples dans ?print.trellis

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