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par Patricia OBEID
07 Juin 2019, 11:48
Forum : Questions en cours
Sujet : Gene Ontology (GO)
Réponses : 6
Vues : 179

Re: Gene Ontology (GO)

Merci Mickael.
par Patricia OBEID
07 Juin 2019, 08:43
Forum : Questions en cours
Sujet : Gene Ontology (GO)
Réponses : 6
Vues : 179

Re: Gene Ontology (GO)

Merci Serge
je vais regarder.
Bonne journée
par Patricia OBEID
07 Juin 2019, 02:31
Forum : Questions en cours
Sujet : Gene Ontology (GO)
Réponses : 6
Vues : 179

Re: Gene Ontology (GO)

Bonjour, oui, tu as raison ... mais beaucoup d'utilisateurs biologistes utilisent R pour des analyses transcriptomiques et je sais que pour ces analyses on a accès aux termes GO. Le hic est que je n'y connais rien dans ces analyses. Je compte donc sur un habitué des analyses de RNAseq pour me donner...
par Patricia OBEID
06 Juin 2019, 16:48
Forum : Questions en cours
Sujet : Gene Ontology (GO)
Réponses : 6
Vues : 179

Gene Ontology (GO)

Bonjour à tous, J'ai une liste assez conséquente de gènes avec : leur Symbole, le GeneID et l'Accession Number. Je souhaiterais associer à ces gènes leur n° GO ainsi que GO:biological process, GO:molecular function et GO:cellular component. Est-il possible de faire cela avec R ? Si oui, comment ? Un...
par Patricia OBEID
28 Nov 2018, 10:50
Forum : Questions en cours
Sujet : ggplot2 : graphiques avec 2 axes Y est-ce possible ?
Réponses : 4
Vues : 447

Re: ggplot2 : graphiques avec 2 axes Y est-ce possible ?

Merci Mickael, je vais étudier tout ça.
Patricia
par Patricia OBEID
27 Nov 2018, 07:39
Forum : Questions en cours
Sujet : ggplot2 : graphiques avec 2 axes Y est-ce possible ?
Réponses : 4
Vues : 447

Re: ggplot2 : graphiques avec 2 axes Y est-ce possible ?

Merci François, je vais étudier ces pistes.
Bonne journée
Patricia
par Patricia OBEID
27 Nov 2018, 05:44
Forum : Questions en cours
Sujet : ggplot2 : graphiques avec 2 axes Y est-ce possible ?
Réponses : 4
Vues : 447

ggplot2 : graphiques avec 2 axes Y est-ce possible ?

Bonjour je souhaiterais savoir s'il est possible avec ggplot2 de réaliser des graphiques avec deux axes Y. J'ai 8 traitements avec des mesures sur 4 jours. Je m'intéresse au nombre de cellules d'une part et d'autre part aux cellules qui expriment un marqueur spécifique. Je voudrais représenter sur l...
par Patricia OBEID
27 Nov 2018, 05:32
Forum : Questions en cours
Sujet : ggplot : attribuer des couleurs distinctes à des courbes
Réponses : 2
Vues : 490

Re: ggplot : attribuer des couleurs distinctes à des courbes

Super !
C'est exactement ce que je cherchais à faire.
Merci beaucoup Maxime.
Bonne journée !
Patricia
par Patricia OBEID
23 Nov 2018, 16:46
Forum : Questions en cours
Sujet : ggplot : attribuer des couleurs distinctes à des courbes
Réponses : 2
Vues : 490

ggplot : attribuer des couleurs distinctes à des courbes

Bonjour à tous j'utilise ggplot pour faire une représentation graphique de l'effets de plusieurs traitements au cours du temps. Dans mon exemple j'obtiens 8 courbes : 4 sont obtenues en présence d'antibiotique et 4 sans. Je souhaiterais que les 4 courbes avec antibiotique apparaissent avec un dégrad...
par Patricia OBEID
21 Oct 2018, 09:37
Forum : Questions en cours
Sujet : Boucles pour tracer des plots
Réponses : 3
Vues : 316

Re: Boucles pour tracer des plots

Merci Pierre-Yves, J'obtiens bien des points mais les 4 graphiques sont identiques .. ;-( Voici le dataframe corrigé : plate <- structure(list(Cond = structure(1:28, .Label = c("j1_05_woATB", "j1_10_woATB", "j1_20_woATB", "j1_50_woATB", "j2_05_ATB", ...
par Patricia OBEID
20 Oct 2018, 14:59
Forum : Questions en cours
Sujet : Boucles pour tracer des plots
Réponses : 3
Vues : 316

Boucles pour tracer des plots

Bonjour à tous, je souhaite tracer plusieurs plots sur une même page mais je rencontre plusieurs problèmes. J'ai plusieurs conditions "Trait1" pour lesquelles je voudrais voir apparaître le nuage de points des "nCells" en fonction de "day". L'idée serait ensuite de mett...
par Patricia OBEID
20 Mar 2018, 13:12
Forum : Questions en cours
Sujet : Boucle pour t.test sur plus de 2 échantillons
Réponses : 1
Vues : 299

Boucle pour t.test sur plus de 2 échantillons

Bonjour, je cherche comment écrire le calcul du t.test, la récupération de la pvalue et le tracé d'un barplot pour plus de deux échantillons. Il me faut écrire une boucle pour appliquer sur plus de 15 échantillons ce que je faisais sur mon échantillon seul. Voici le script que j'utilise pour un écha...
par Patricia OBEID
20 Mar 2018, 08:18
Forum : Questions en cours
Sujet : Syntaxe R
Réponses : 4
Vues : 638

Re: Syntaxe R

Toutes mes excuses Pierre-Yves, ça correspond exactement à ce que je veux. J'avais mal anticipé ce que donnerait ta 1ère ligne de code "moy_NY"... C'est la deuxième partie de l'expression qui me déroute : DeltaCt ~ TheGene. Peux tu expliciter le "~" s'il te plait ? Merci beaucoup...
par Patricia OBEID
19 Mar 2018, 19:57
Forum : Questions en cours
Sujet : Syntaxe R
Réponses : 4
Vues : 638

Re: Syntaxe R

Bonsoir Pierre-Yves je n'ai pas eu le temps de tester ta solution ce soir mais je crois que ça ne correspond pas tout à fait à ce que je souhaite. Dans l'exemple joint à mon message, il y a 2 gènes différents. Je souhaite calculer le Delta Ct Moyen du traitement NT de chaque gène (et pas la moyenne ...
par Patricia OBEID
18 Mar 2018, 08:31
Forum : Questions en cours
Sujet : Syntaxe R
Réponses : 4
Vues : 638

Syntaxe R

Bonjour, Je fais appel à vous car je ne sais pas comment écrire ce que je souhaite faire ... J'ai un dataframe contenant les données pour des analyses faites sur 2 gènes (SREBF et FADS2) avec 3 types de traitement (NT, TA et TB). J'ai deux colonnes de résultats "DeltaCt" et "DCtMoy&qu...

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