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par Marine Dupont
27 Juin 2020, 20:41
Forum : Questions en cours
Sujet : problème de boucle avec expression régulière
Réponses : 1
Vues : 205

problème de boucle avec expression régulière

Bonjour, J'ai besoin d'aide pour réaliser un script correct. Je dispose de deux fichiers pour un échantillon exemple : fichier_1_echantillon_1 (data.frame de plusieurs colonnes) fichier_2_echantillon_1 (data.frame d'une colonne contenant des séquences d'intérêt) Le but est de savoir quelles sont les...
par Marine Dupont
08 Sep 2019, 13:17
Forum : Questions en cours
Sujet : tableau de séquences --> FASTA
Réponses : 2
Vues : 190

Re: tableau de séquences --> FASTA

Super ! C'est exactement ce qu'il me fallait. Merci beaucoup.
par Marine Dupont
08 Sep 2019, 11:20
Forum : Questions en cours
Sujet : tableau de séquences --> FASTA
Réponses : 2
Vues : 190

tableau de séquences --> FASTA

Bonjour, Je rencontre un problème. Je dispose d'un tableau contenant des séquences d'acides nucléiques comme cela : 1 : gcttctggaggcaccttcagcagctatgctatcagc 2 : cagcagctatgctatcagcgcttctggaggcacctt Pour analyser ces séquences, j'ai besoin qu'elles soient sous forma FASTA, c'est à dire : 1 : >nom_seq...
par Marine Dupont
23 Aoû 2019, 15:41
Forum : Questions en cours
Sujet : compter le nombre de mot dans une cellule
Réponses : 1
Vues : 382

compter le nombre de mot dans une cellule

Bonjour, Je cherche à compter le nombre d'occurence d'un même mot dans une cellule. Je dispose d'un tableau avec dans une des colonnes ce type de texte : "Homsap IGHV3-21*01 F, or Homsap IGHV3-21*02 F or Homsap IGHV3-69-1*01 P (see comment)" J'aimerai compter combien de fois il y a "H...
par Marine Dupont
05 Mar 2019, 13:40
Forum : Questions en cours
Sujet : Boucle For
Réponses : 6
Vues : 440

Re: Boucle For

Tanpis, je vais essayer de trouver une solution.
Je vous remercie pour votre aide.
par Marine Dupont
05 Mar 2019, 11:40
Forum : Questions en cours
Sujet : Boucle For
Réponses : 6
Vues : 440

Re: Boucle For

Merci de votre réponse. En effet, j'ai l'impression que ça fonctionne. De cette manière, on est d'accord que ça me regroupe toutes les lignes de mes deux tableaux avec la ligne "séquence" identique. Est-ce que je peux réaliser la même chose en ayant une similarité > 60% entre mes deux lign...
par Marine Dupont
05 Mar 2019, 10:59
Forum : Questions en cours
Sujet : Boucle For
Réponses : 6
Vues : 440

Re: Boucle For

Voici un exemple de ce qui se trouve dans mes tableaux Tableau 1(référence) : nom_du_groupe/longueur_sequence/sequence/statut_mutationnel Groupe_1 / 7 / AAEZRET / mutated Groupe_2 / 7 / RETAAEZ / mutated Groupe_3 / 10 / AAETEZREZR / mutated Groupe_4 / 11 / AARETEZRETE / unmutated Tableau 2 (patient)...
par Marine Dupont
05 Mar 2019, 08:29
Forum : Questions en cours
Sujet : Boucle For
Réponses : 6
Vues : 440

Boucle For

Bonjour, J'ai deux tableaux. 1er tableau : contient mes sous groupes de référence avec plusieurs paramètres nom_du_groupe/longueur_sequence/sequence/statut_mutationnel/nom_du_gene/... 2ème tableau : mon tableau patient Mon but est que dans mon tableau patient je retrouve mes sous groupes de référenc...
par Marine Dupont
01 Fév 2019, 16:18
Forum : Questions en cours
Sujet : % de similarité
Réponses : 3
Vues : 855

Re: % de similarité

Bonjour,

Je suis désolée pour ma réponse tardive.
Merci à vous deux pour vos réponses. Je vais utiliser le package que vous m'avez suggéré.

Bonne journée.
Marine
par Marine Dupont
21 Jan 2019, 09:16
Forum : Questions en cours
Sujet : % de similarité
Réponses : 3
Vues : 855

% de similarité

Bonjour, Je débute sur R. J'examine plusieurs séquences et j'aimerai savoir leur pourcentage de similarité. Je m'explique avec un exemple. ex : séquence 1 --> AZERTTYUIO séquence 2 --> AZEFRTYUIO Dans ces deux séquences il y a 8 lettres à la même position, donc une similarité de 80%. Merci d'avance ...

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