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par Augustin Soulard
21 Sep 2021, 08:19
Forum : Questions en cours
Sujet : KnitR pour Rmarkdown automatisé à partir d'un fichier .bat
Réponses : 2
Vues : 1861

KnitR pour Rmarkdown automatisé à partir d'un fichier .bat

Bonjour j'ai un fichier .bat comme ceci : copy "D:\BIOTOPE\RÉGION OUTRE MER - Asotheque\Asotheque.xlsx" "D:\OneDrive - BIOTOPE\Personnel\R\Rmarkdown\Html_wiki\Asotheque.xlsx" C:\Users\asoulard\Documents\R\R-4.0.2\bin\R.exe CMD BATCH "D:\OneDrive - BIOTOPE\Personnel\R\Rmarkdo...
par Augustin Soulard
30 Juil 2020, 09:49
Forum : Questions en cours
Sujet : NA en 0, data[is.na(data)]=0 renvoit In `[<-.factor`(`*tmp*`, thisvar, value = 0) : invalid factor level, NA generated
Réponses : 2
Vues : 895

Re: NA en 0, data[is.na(data)]=0 renvoit In `[<-.factor`(`*tmp*`, thisvar, value = 0) : invalid factor level, NA gener

Merci pour votre réponse, il s'agissait bien d'un problème de valeurs numériques qui étaient sous forme de facteurs. Ce qui est étrange c'est que pourtant is.na(phyto) renvoyez une matrice de booléen correct avec les TRUE et FALSE bien placés.

Bonne journée,

Augustin
par Augustin Soulard
28 Juil 2020, 10:36
Forum : Questions en cours
Sujet : NA en 0, data[is.na(data)]=0 renvoit In `[<-.factor`(`*tmp*`, thisvar, value = 0) : invalid factor level, NA generated
Réponses : 2
Vues : 895

NA en 0, data[is.na(data)]=0 renvoit In `[<-.factor`(`*tmp*`, thisvar, value = 0) : invalid factor level, NA generated

Bonjour, J'ai un tableau de donnée, un mixte entre des densités d'espèces et des facteurs pour les modalités de mon étude. Voici le tableau : https://drive.google.com/file/d/1khiKjEBx5Y5182Slhs0b-gUdkRkHc3B8/view?usp=sharing le tableau ets issue d'un merge : phyto = merge(phyto_GL_2018,phyto_gy,by=&...
par Augustin Soulard
10 Juil 2020, 08:17
Forum : Questions en cours
Sujet : représentation graphique des corrélations suite à une ACP contrainte
Réponses : 2
Vues : 592

représentation graphique des corrélations suite à une ACP contrainte

Je voudrais réaliser une ACP contrainte et représenter des corrélations entre densité d'espèces sur 2 sites. Typiquement, je veux faire ce qui est affiché sur cette image. Savez-vous comment réaliser le graphique à droite ? (Je n'arrive pas à faire afficher l'image, donc voici un lien vers mon drive...
par Augustin Soulard
02 Juil 2020, 15:28
Forum : Questions en cours
Sujet : Test statistiques pour comparer des dissimilarité/turn-over
Réponses : 0
Vues : 9129

Test statistiques pour comparer des dissimilarité/turn-over

Bonjour, Je souhaite comparer les espèces trouvées sur 2 sites sur lesquels nous avons réalisé 5 échantillons chacun. J'ai calculé l'indice de Sorenson et de simpson (https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1111/j.1466-8238.2009.00490.x). Cependant, ces méthodes ne me permettent pas d'avoir de p...
par Augustin Soulard
20 Juin 2020, 10:58
Forum : Questions en cours
Sujet : ACP distance de hellinger avec factomineR
Réponses : 2
Vues : 708

Re: ACP distance de hellinger avec factomineR

Merci beaucoup :)
par Augustin Soulard
19 Juin 2020, 10:03
Forum : Questions en cours
Sujet : ACP distance de hellinger avec factomineR
Réponses : 2
Vues : 708

ACP distance de hellinger avec factomineR

Bonjour, Je souhaite faire un ACP avec la fonction PCA() du package factomineR pour pouvoir utliser fviz_pca_biplot() car on peut faire de jolie chose avec. Je veux faire une ACP sur une matrice de hellinger. Quand j'utilise le package vegan pour faire une ACP j'utilise decostand(ACP,method="he...
par Augustin Soulard
13 Mai 2020, 08:31
Forum : Questions en cours
Sujet : Comment manipuler les ~formules [Résolu]
Réponses : 5
Vues : 708

Re: Comment manipuler les ~formules

Merci à vous tous, je note pour la fonction terms().
par Augustin Soulard
10 Mai 2020, 13:42
Forum : Questions en cours
Sujet : Comment manipuler les ~formules [Résolu]
Réponses : 5
Vues : 708

Re: Comment manipuler les ~formules

Merci beaucoup, la simple existance d'une focntion formula et as.formula vient de régler mon problème, mais en plus je vais essayer de voir si je ne peux pas travailler plus proprement grace à la doc.

Je ne sais pas comment afficher résolu ?

Bonne journée,

Augustin.
par Augustin Soulard
10 Mai 2020, 10:31
Forum : Questions en cours
Sujet : Comment manipuler les ~formules [Résolu]
Réponses : 5
Vues : 708

Comment manipuler les ~formules [Résolu]

Bonjour, je fais un petit package pour faire des graphiques et jai besoin de récupérer les différents éléments dans une formule par exemple : div~grp*saisons . J'ai réussi à magouiller en repassant par des chaînes de caractères pour récupérer le div, le grp et le saisons. En revanche J'ai besoin d'u...
par Augustin Soulard
16 Avr 2020, 09:18
Forum : Questions en cours
Sujet : Import de tableau mixte
Réponses : 7
Vues : 798

Re: Import de tableau mixte

Le problème survient directement après l'import du tableau que ce soit avec read.table ou read.ods. Quand je fais le summary je n'ai que des facteurs. Comme si la construction du tableau sous entendait que je ne devais que avoir des facteurs.
par Augustin Soulard
12 Avr 2020, 09:26
Forum : Questions en cours
Sujet : Import de tableau mixte
Réponses : 7
Vues : 798

Re: Import de tableau mixte

Ma fonction qui importe les données : st = function (stods,stsheet){ st = read.ods(stods,stsheet) st=t(st) colnames(st)=st[1,] st=st[-1,] write.table(st,paste(stsheet,".txt",sep = "")) st = read.table(paste(stsheet,".txt",sep = ""),h=T) return(st) } st_2 = st(...
par Augustin Soulard
12 Avr 2020, 09:15
Forum : Questions en cours
Sujet : Import de tableau mixte
Réponses : 7
Vues : 798

Re: Import de tableau mixte

J'ai bien vérifié et pourtant non, quand j'essaie la conversion j'ai ce message : Erreur : 'list' object cannot be coerced to type 'double'.
par Augustin Soulard
12 Avr 2020, 08:58
Forum : Questions en cours
Sujet : Import de tableau mixte
Réponses : 7
Vues : 798

Import de tableau mixte

Bonjour, Quand j'importe un tableau avec des facteurs et des nombres. Le summary me revoit que je n'ai que des facteurs. J'ai essayé typeof sur des "vrai facteur" qui sont mis en interger et sur des "vrai nombre" qui répondre double. Quand j'utilise as.numeric cela ne fonctionne ...

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