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par Benjamin Leduc
19 Mai 2014, 14:05
Forum : Questions en cours
Sujet : [Résolu] Deux graphique dans un dev, avec largeur diférante
Réponses : 2
Vues : 1761

[Résolu] Deux graphique dans un dev, avec largeur diférante

Bonjour, Je cherche à faire deux graphique dans le même dev. (un png par exemple) mais avec deux graphique dessus (mfrow) et pour faire plaisir à la DDT, le premier fait 10cm de large et le second 5cm, tout deux avec 10 cm de haut… pour info, le premier contiendra une carte d'Islande, et le second u...
par Benjamin Leduc
15 Avr 2014, 22:26
Forum : Questions en cours
Sujet : Package perso: Alerte au lancement
Réponses : 2
Vues : 1342

Package perso: Alerte au lancement

Bonjour, J'ai crée un un paquetage perso ( https://github.com/giby/Linarius ) que vu les fonctions présentes, je ne veut pas mettre en licence "Libre" selon la définition classique. J'ai donc fait une licence perso basé sur la licence JSON. Comment faire pour avoir un warning au lancement ...
par Benjamin Leduc
03 Avr 2014, 11:15
Forum : Questions en cours
Sujet : [Résolu] Plot.plylo (ape) automatiser la colorisation des branches…
Réponses : 1
Vues : 1695

[Résolu] Plot.plylo (ape) automatiser la colorisation des branches…

Bonjour, Je dispose de plusieurs objet de classe "phylo" et je veut les mettre en graph . Je souhaite colorer les branches et nœuds interne quand/si tout ce qui e trouve au delà du nœud appartient au même groupe de coloration, et tout ce qui coresponds à des clades mélangés soit par exempl...
par Benjamin Leduc
21 Mar 2014, 16:24
Forum : Questions en cours
Sujet : Génération d'une série de valeur aleatoire avec moyenne fixe
Réponses : 6
Vues : 2210

> lingen<-function(xx,plo){sample(c(0,1),length(plo),replace=T,prob=c((1-xx)^plo,1-((1-xx)^plo)))} > lingen(0.5,c(2,2,3,3,4,4,5,5)) Erreur dans sample.int(length(x), size, replace, prob) : nomb...
par Benjamin Leduc
19 Mar 2014, 18:49
Forum : Questions en cours
Sujet : Génération d'une série de valeur aleatoire avec moyenne fixe
Réponses : 6
Vues : 2210

oui, c'est plus "général" que l'exemple donné… puisque biensur je veut le mettre dans une fonction pour générer une matrice binaire… Pret pour la migraine? Alors là ou j'ai une valeure fixe, en fait je vais mettre la sortie d'une autre commende perso qui la me donne ça: frec[,4] al90 al93 ...
par Benjamin Leduc
19 Mar 2014, 15:04
Forum : Questions en cours
Sujet : Génération d'une série de valeur aleatoire avec moyenne fixe
Réponses : 6
Vues : 2210

Génération d'une série de valeur aleatoire avec moyenne fixe

Bonjour,

Comment faire pour générer une série de valeur d'une taille fixe avec une moyenne fixe.

Dans mon cas, disons un vecteur de 30 élément pouvant être uniquement 1 ou 0 avec une moyenne fixé entre 0 et 1 par exemple 0,85

Merci d'avance
par Benjamin Leduc
18 Mar 2014, 16:48
Forum : Questions en cours
Sujet : W de Mann-Whitney et V de Wilcoxon
Réponses : 5
Vues : 3745

Bon, ça ne teste JAMAIS les moyennes, toujours les médiane Le premier que tu cites: U de mann-withney wilcoxon, c'est deux groupes indépendants … le seconds T de Wilcoxon, les deux mesures sont appareillé donc corespondent au même individu… ça peut être deux mesures à deux moment différants ou deux ...
par Benjamin Leduc
03 Mar 2014, 17:24
Forum : Questions en cours
Sujet : Kendall, quelle est la bonne p-value
Réponses : 3
Vues : 1395

Le Mann-kendall est si je ne m'abuse le test non parametrique qui sert à voir si il y a une liaison entre deux variable en comparant les classement, ce test est du à Kendall qui a adapté le Mann-Whitney au cas des corrélations…
par Benjamin Leduc
03 Mar 2014, 12:40
Forum : Questions en cours
Sujet : Kendall, quelle est la bonne p-value
Réponses : 3
Vues : 1395

Kendall, quelle est la bonne p-value

Bonjour, J'essaye d'évalué la relation entre deux variables appareillées à distribution non-normal. Pour celà j'utilise le test de Kendall pour les corrélations. library(Kendall) > Kendall(as.vector(gpsdist),as.vector(distJ)) tau = 0.0646, 2-sided pvalue =< 2.22e-16 >...
par Benjamin Leduc
20 Fév 2014, 17:01
Forum : Questions en cours
Sujet : Cartographie - Réalisation de cartes.
Réponses : 2
Vues : 2426

Salut, J'ai fait pas mal de carte sous R, je te conseillerais de le pas utiliser map() qui ne m'a pas donné satisfaction avec maptools, tu as bien assez si tu as des bonnes cartes en memoire (avec une meilleur résolution que map() ) http://www.diva-gis.org/datadown http://spatialanalysis.co.uk/ te d...
par Benjamin Leduc
19 Fév 2014, 14:49
Forum : Questions en cours
Sujet : Optimisation: produire plein de graph par un script cour
Réponses : 4
Vues : 1568

Alors merci pour vos réponses … Alors, en m'inspirant des deux, j'ai produit ce code: type <- c("fan", "unroot") methodesD<-c("jaccard","cao") methodesC<-c("average","complete") color<-c(code$popcol,code$Ploidy,c...
par Benjamin Leduc
19 Fév 2014, 10:16
Forum : Questions en cours
Sujet : Optimisation: produire plein de graph par un script cour
Réponses : 4
Vues : 1568

Optimisation: produire plein de graph par un script cour

Bonjour, En ce moment je produit pas mal de graph tous similaire: distJ=vegdist(gel, method="jaccard", binary=TRUE, diag=FALSE, upper=FALSE, na.rm = FALSE) dendro=hclust(distJ,method = "average") png(file="Graph/Betula_fan-J-UPGMA-Pop.png",width = 10...
par Benjamin Leduc
18 Fév 2014, 16:52
Forum : Questions en cours
Sujet : Comprendre le réponse de la fonction amova sous pegas.
Réponses : 8
Vues : 2806

Oui, j'avais bien vu mais il faut peut-être le spécifier à la fonction amova. Si je comprends bien, vous produisez une matrice de distance entre les individus mais le niveau population n'est pas spécifié dans cette matrice si ? Bon mais je ne connais pas les entrées attendues par la fonction. Regar...
par Benjamin Leduc
18 Fév 2014, 14:45
Forum : Questions en cours
Sujet : Comprendre le réponse de la fonction amova sous pegas.
Réponses : 8
Vues : 2806

Ok mais je pose la question parce que les intitulés de lignes du tableau de génotypage avec les 0 et les 1 ne correspondent pas au niveaux contenus dans la colonne CpH. Je me demandais donc si les données de distances étaient bien au bon format... La dernière lettre du nom de chaque ligne corespond...
par Benjamin Leduc
11 Fév 2014, 13:23
Forum : Questions en cours
Sujet : Comprendre le réponse de la fonction amova sous pegas.
Réponses : 8
Vues : 2806

Yves Rousselle a écrit :Et donc, vous avez vérifié que
It is assumed that the rows of the distance matrix are in the same order than the hierarchical levels
(which may be checked by the user).

?

oui … très facile à faire avec un tableur quand on a pas perdu d'échantillon ;)

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