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par Pierre Bady
11 Sep 2012, 11:47
Forum : Questions en cours
Sujet : Optimisation du temps de calcul d’un fonction de bootstrap
Réponses : 6
Vues : 3016

bonjour,


A noter aussi que depuis quelques versions, on peut également améliorer les performances de la function boot avec l'argument "parallel".

HTH

pierre
par Pierre Bady
06 Sep 2012, 16:54
Forum : Questions en cours
Sujet : [RESOLU] packages coxme kinship, fonction lmekin
Réponses : 10
Vues : 5401

bonjour, suite un petit test et à la relecture du code initialement proposé, j'ai ajouté deux modificatiuons: 1- j'avais oublié de multiplier la matrice kinship par 2. 2- la fonction chol renvoie le triangle supérieur ... c'est le triangle inférieur qui nous intéresse donc il faut transposer le résu...
par Pierre Bady
06 Sep 2012, 08:25
Forum : Questions en cours
Sujet : [RESOLU] packages coxme kinship, fonction lmekin
Réponses : 10
Vues : 5401

bonjour, Random effects: ~1 | id Variance list: list(matkin) id resid Standard Dev: 26.12692 1.023894e-03 % Variance: 1.00000 1.535795e-09 ici ... % Variance: 1.00000 1.535795e-09 Les résultats différents quand même pas mal des autres méthodes... J'ai pas encore compris tous le code (ni les ...
par Pierre Bady
05 Sep 2012, 15:14
Forum : Questions en cours
Sujet : [RESOLU] packages coxme kinship, fonction lmekin
Réponses : 10
Vues : 5401

rebonjour, après une petite recherche dans le code, on trouve ceci: pour lmekin (coxme), on a ceci: yhat <- as.vector(zstar1 %*% rcoef + X %*% fcoef) ... residuals <- Y - yhat et pour lmekin (kinship), on a ceci: fitted <- c(X %*% lfit$coef) residuals <- Y - fitted donc, les résidus ...
par Pierre Bady
05 Sep 2012, 14:34
Forum : Questions en cours
Sujet : [RESOLU] packages coxme kinship, fonction lmekin
Réponses : 10
Vues : 5401

bonjour, la function coxme me semblerait plus 'fiable' (package de l'auteur de lmekin). Mais bon, ... les variances du modèle semblent quand même un peu bizarre! Random effects Group Variable Std Dev Variance id Vmat.1 4.401188e+27 1.937045e+55 Residual error= 3.979124e-07 en plus, tous les résidus ...
par Pierre Bady
05 Sep 2012, 11:30
Forum : Questions en cours
Sujet : [RESOLU] packages coxme kinship, fonction lmekin
Réponses : 10
Vues : 5401

rebonjour, pas tout à fait exact: input arguments and form the random effects, comparison of its output with lme helped validate those operations. It is possible to specify some models in this framwork that can not be fit with lme, Effectivement, il y a certains modèles qui ne sont pas réalisable av...
par Pierre Bady
05 Sep 2012, 10:47
Forum : Questions en cours
Sujet : [RESOLU] packages coxme kinship, fonction lmekin
Réponses : 10
Vues : 5401

bonjour, la premier version (dans kinship) n'est plus distribuée (installation possible à partir d'archive en local), la seconde (dans coxme) est plus flexible ... mais, je n'ai pas réussi à la faire tourner correctemment :/ sinon, on peut également utiliser la function lme avec un effet random de t...
par Pierre Bady
08 Aoû 2012, 14:39
Forum : Questions en cours
Sujet : R, Linux et Emacs
Réponses : 8
Vues : 7261

hello,

juste histoire de jeter un peu plus de l'huile sur le feu, ... Eclipse avec Statet (http://www.walware.de/goto/statet) est sympa à utiliser :)


@+

Pierre


PS: cf la section interface pour plus de choix :D
http://en.wikipedia.org/wiki/R_%28progr ... anguage%29
par Pierre Bady
26 Juil 2012, 13:44
Forum : Questions en cours
Sujet : variable en chaîne de caractères
Réponses : 4
Vues : 2237

bonjour, le première argument est un objet de type formula. On peut générer un nouvelle formule avec les fonctions paste et as.formula . R> dat <- data.frame(A=1:5, B=factor(LETTERS[5:1])) R> mavariable <- "B" R> gx.sort.df(as.formula(paste("~",mavaria...
par Pierre Bady
17 Juil 2012, 19:24
Forum : Questions en cours
Sujet : dist.prop et ordination de pourcentages
Réponses : 13
Vues : 5109

bonjour, Ce qui m'interpelle, c'est qu'un package tel que vegan avec des applications spécifiques pour les analyses multivariées n'aborde pas le thème des proportions alors que c'est quand même une forme commune de données en écologie. ce type de données est peut-être plus observé en génétique des p...
par Pierre Bady
17 Juil 2012, 15:37
Forum : Questions en cours
Sujet : dist.prop et ordination de pourcentages
Réponses : 13
Vues : 5109

Bonjour, je ne dis pas que c'est pas bon (le cylindre, si il a le bon diamètre, peut rentrer dans le carré), mais il faut juste bien savoir pourquoi on le fait (?) En plus, l'utilisation de cette distance n'est pas forcément anodine ... c'est une semimétrique, non-euclidienne (on doit pouvoir la ren...
par Pierre Bady
17 Juil 2012, 15:19
Forum : Questions en cours
Sujet : dist.prop et ordination de pourcentages
Réponses : 13
Vues : 5109

bonjour, pourquoi vouloir utiliser la distance de Bray-Curtis à tout prix? la méthode d'analyse ne doit pas forcer les données. en principe, on fonctionne dans l'autre sens (?) ça me fait penser aux jeux d'encastrement (jeu d'éveil) ... lorsque le cylindre rentre pas dans la forme d'étoile ... Une m...
par Pierre Bady
12 Juin 2012, 05:50
Forum : Questions en cours
Sujet : Fermeture brutale de R - Utilisation fonction .C
Réponses : 4
Vues : 2881

bonjour, Pour l'utilisation/la construction d'une dll simple , il me semble que l'échange R -> C implique l'utilisation d'objet de type vector (c'est à vérifier quand même, je suis un peu rouillé et mes compétences en C restent très approximatives :D). donc, pour manipuler un tableau dans ton code C...
par Pierre Bady
15 Mai 2012, 06:46
Forum : Questions en cours
Sujet : Trouver les coefficients d'une fonction logistique-débutant
Réponses : 6
Vues : 4006

bonjour,


fonction nls pour les modèles non-linéaires

un petit document de John Fox sur le sujet:
http://cran.r-project.org/doc/contrib/F ... ession.pdf

la fonction nlme s'utilisent généralement pour les modèles non-linéaires mixtes.


HTH

pierre
par Pierre Bady
11 Mai 2012, 13:28
Forum : Questions en cours
Sujet : Taille de l'effet dans un modèle mixte
Réponses : 12
Vues : 6720

bonjour,

voici une piste: http://tolstoy.newcastle.edu.au/R/help/06/06/29675.html


HTH

pierre

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