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par Pierre Bady
23 Avr 2013, 07:53
Forum : Questions en cours
Sujet : Question sur le package glmmML
Réponses : 1
Vues : 1399

bonjour,


SI tu travailles sur des données de sondage ou d'enquête, le package "survey" devrait pouvoir répondre à un certain nombre de tes questions.

voir:
http://cran.r-project.org/web/packages/survey/
http://faculty.washington.edu/tlumley/survey/


hth,

pierre
par Pierre Bady
05 Avr 2013, 08:24
Forum : Questions en cours
Sujet : graphes afc
Réponses : 3
Vues : 1600

bonjour,

personne ?


RTFM

tu peux consulter la documentation de plot.CA ( http://cran.r-project.org/web/packages/ ... oMineR.pdf ) et/ou ceci: http://factominer.free.fr/classical-met ... ances.html

HTH


pierre
par Pierre Bady
28 Mar 2013, 15:40
Forum : Questions en cours
Sujet : Imputation en régression logistiques
Réponses : 14
Vues : 4903

rebonjour, Pourquoi 2 (à N) SNPs au lieu d'un seul : - une fois qu'on a trouvé des SNPs en association (chacun étant proche d'un gène donné), nous voulons typiquement estimer les poids des SNPs - pris dans leur ensemble - associés dans la survenue d'une pathologie (ou la variance d'un trait). On peu...
par Pierre Bady
28 Mar 2013, 14:34
Forum : Questions en cours
Sujet : Imputation en régression logistiques
Réponses : 14
Vues : 4903

rebonjour, Donc ici, si je prends 2 loci, cela fait 9 génotypes possibles ... jusqu'ici ça va, après je ne comprends pas l'exemple (?) mais, pourquoi 6 allèles à risques? ... Exemple de score génétique, soient 2 SNPs pour un individu i : AA AG GG 0.1 0.1 0.8 CC CT TT 0 0.5 0.5 c'est plus que 2 spns,...
par Pierre Bady
28 Mar 2013, 11:38
Forum : Questions en cours
Sujet : Imputation en régression logistiques
Réponses : 14
Vues : 4903

hello, c'était 'prior' entre guillemets ... donc c'était une utilisation au sens très large du terme, indépendemment du choix du type de modèle. J'aurai peut-être dû utiliser le terme "hypothèses de construction" à la place (?). Sinon, le bayesian ... c'est pas toujours le mal ... ça peut ...
par Pierre Bady
28 Mar 2013, 09:02
Forum : Questions en cours
Sujet : Imputation en régression logistiques
Réponses : 14
Vues : 4903

Hello, pour ce type d'analyse dans R, les packages comme snpStats and GenABEL seront (peut-être) plus adaptés. De plus, leur documentation est assez fournie. * R package snpStats: http://www.bioconductor.org/packages/2.12/bioc/html/snpStats.html * R package GenABEL: http://www.genabel.org/ voir par ...
par Pierre Bady
08 Mar 2013, 14:00
Forum : Questions en cours
Sujet : Couleur étiquette pour graphe MCA
Réponses : 6
Vues : 4553

hello, j'aime bien les niveaux de gris ... avec du rouge ... c'est un peu gothique/coca ... mais bon, je ne suis pas réputé pour mon bon goût en matière de couleur :p En plus, ça dépend beaucoup de tes interlocuteurs. Par exemple, ma cheffe ne réagit quasiment qu'aux gradients de couleur de type mat...
par Pierre Bady
07 Mar 2013, 16:31
Forum : Questions en cours
Sujet : Couleur étiquette pour graphe MCA
Réponses : 6
Vues : 4553

hello, mais non ... t'inquiètes pas! il y a pire ... regarde les immondes heatmaps utilisés par les "geneticators" ... leurs gradients de couleurs font saigner mes petits yeux ... :'( sinon, tu peux essayer d'ajouter le label en blanc ou seulement colorer le texte et le contour de l'étique...
par Pierre Bady
05 Déc 2012, 13:06
Forum : Questions en cours
Sujet : Quelques exemples de simualtion avec R
Réponses : 1
Vues : 1508

Bonjour, il pourrait être intéressant d'ajouter tes trois posts dans la section "liens" du forum? http://forums.cirad.fr/logiciel-R/viewtopic.php?t=5396 http://forums.cirad.fr/logiciel-R/viewtopic.php?t=5397 http://forums.cirad.fr/logiciel-R/viewtopic.php?t=5398 Actuellement, il me semble ...
par Pierre Bady
13 Nov 2012, 13:51
Forum : Questions en cours
Sujet : Calculer de FST.
Réponses : 8
Vues : 7619

hello, le calcul des Fst et Gst sont implémentés dans adegenet. par contre, il faudra peut-être modifier un peu le format de tes données (voir la doc du package + site web:http://adegenet.r-forge.r-project.org/). voir aussi : http://finzi.psych.upenn.edu/cgi-bin/namazu.cgi?query=Fst&max=100&...
par Pierre Bady
20 Oct 2012, 16:21
Forum : Questions en cours
Sujet : Prédiction analyse discriminante
Réponses : 2
Vues : 1666

bonjour,

cf l'element "posterior":

Code : Tout sélectionner

pred_class <- predict(lda_nef, archeo[,7:70])$class
pred_post <- predict(lda_nef, archeo[,7:70])$posterior


par contre, c'est une proba, pas un pourcentage.


HTH

pierre
par Pierre Bady
16 Oct 2012, 13:08
Forum : Questions en cours
Sujet : Fonction interne d'un paquetage.
Réponses : 5
Vues : 2860

hello,


c'est peut-être un peu hors-sujet, mais le package ape propose un certain nombre de functions très pratique à utiliser (cf aussi le livre de E. Paradis où la procédure est expliquée en détails avec le code R).


HTH

pierre
par Pierre Bady
02 Oct 2012, 07:57
Forum : Questions en cours
Sujet : Analyse Canonique
Réponses : 4
Vues : 7828

bonjour, L'analyse de deux tableaux peut être effectuée par différentes méthodes dépendant des objectifs ( nature du couplage ): si les deux tableau ont un rôle identique ( approche type correlation ) - analyse de co-inertie (e.g coniertia, package ade4, voir aussi le package cocorresp) - analyse pr...
par Pierre Bady
01 Oct 2012, 13:14
Forum : Questions en cours
Sujet : Analyse Canonique
Réponses : 4
Vues : 7828

bonjour, tu devrais trouver ton bonheur pas sûr ... le post initial est super flou :/ Je souhaite faire une analyse canonique entre deux tableaux X1 et X2. une analyse canonique, ça peut être un truc très précis (analyse canonique de Hotelling 1936) ou alors une famille de méthode contenant la régre...
par Pierre Bady
27 Sep 2012, 10:43
Forum : Questions en cours
Sujet : R validé par la FDA
Réponses : 20
Vues : 6209

Bonjour, il pourrait également se poser le problème de interfaçage entre logiciels (par exemple R et SAS, http://support.sas.com/rnd/app/studio/Rinterface2.html). Si on utilise un package R non-validé officiellement par la FDA via SAS ... ça joue ou bien on n'est dans les choux? ;-) @+ pierre

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