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par Florent Aubry
19 Mar 2018, 09:13
Forum : Questions en cours
Sujet : équivalent fonction TukeyHSD pour modèle linéaire mixte
Réponses : 3
Vues : 1093

Re: équivalent fonction TukeyHSD pour modèle linéaire mixte

@Maxime
Merci de cette précision, j'avais totalement zappé cette évolution. Je vais regarder ce package de plus près.
par Florent Aubry
15 Mar 2018, 21:47
Forum : Questions en cours
Sujet : équivalent fonction TukeyHSD pour modèle linéaire mixte
Réponses : 3
Vues : 1093

Re: équivalent fonction TukeyHSD pour modèle linéaire mixte

Il faut utiliser les packages multcomp (fonction glht puis summary) ou lsmeans (fonction lsmeans)
par Florent Aubry
14 Déc 2017, 11:03
Forum : Questions en cours
Sujet : suite de nombre à partir d'un factor
Réponses : 7
Vues : 1777

Re: suite de nombre à partir d'un factor

Le codage interne d'un facteur (cf. fonction mode) est numérique. Il suffit alors d'écrire : x$id <- as.numeric( x$id) pour remplacer les niveaux par leur position (cf. fonction levels). Pour modifier cet ordre, il y a plusieurs solutions comme l'utilisation de la fonction relevel ou l'ordonnancemen...
par Florent Aubry
28 Oct 2017, 07:54
Forum : Questions en cours
Sujet : problème de lecture d'un fichier csv
Réponses : 3
Vues : 2121

Re: problème de lecture d'un fichier csv

En général, le problème provient que les nombres sont codés en utilisant la virgule comme délimiteur décimal (notation française) alors que R par défaut considère que le délimiteur décimal est le point (notation anglo-saxonne). Dans read.table, ceci est géré par l'argument dec qui vaut par défaut de...
par Florent Aubry
19 Sep 2017, 08:31
Forum : Questions en cours
Sujet : Problème d'ouverture du package car
Réponses : 1
Vues : 1471

Re: Problème d'ouverture du package car

Quand tu dis 'installé le package car', je suppose que tu fais référence à la fonction install.packages appelée directement ou via le menu 'installer les packages'. Cette fonction importe l'ensemble des fichiers nécessaires à l'utilisation des fonctions du packages dans la librairie locale de R (rép...
par Florent Aubry
13 Juil 2017, 09:10
Forum : Questions en cours
Sujet : Mise en forme de données
Réponses : 5
Vues : 1114

Re: Mise en forme de données

Est-ce que transformer la ftable en un array comme suit :

Code : Tout sélectionner

#f.table est la ftable à traiter
res <- as.table( f.table)
class( res) <- "array"

puis

Code : Tout sélectionner

library( plyr)
res.2 <- as.data.frame.table( res)

résoudrait le problème ?
par Florent Aubry
10 Juil 2017, 08:41
Forum : Questions en cours
Sujet : Problème d'estimation des coefficients clm()
Réponses : 1
Vues : 926

Re: Problème d'estimation des coefficients clm()

A vue de nez, RindFleshColorContrast et Variety ne sont pas indépendants entre eux. ce qui expliquerait le message "Hessian is numerically singular: parameters are not uniquely determined".
par Florent Aubry
01 Juil 2017, 08:48
Forum : Questions en cours
Sujet : [NOVICE] ANCOVA (sum of square type III) et post hoc
Réponses : 3
Vues : 1475

Re: [NOVICE] ANCOVA (sum of square type III) et post hoc

Pour obtenir les sommes des carrés de type III (ou d'ailleurs de type II), il faut utiliser la fonction Anova (avec un A majuscule) du package car . En ce qui concerne les testn post-hoc , il est possible d'utiliser le package lsmeans , plus facile d'utilisation que multcomp dans le cas d'Ancova. Ce...
par Florent Aubry
06 Juin 2017, 14:14
Forum : Questions en cours
Sujet : lmer et tests post-hoc
Réponses : 5
Vues : 2004

Re: lmer et tests post-hoc

Si je regarde votre réponse, j'en conclus que je dois refaire un modèle pour chaque interaction. Je ne pensais pas qu'il fallait faire ça. Ou est-ce que j'ai trop de facteurs "tout simplement"? Non, je voulais simplement dire qu'il faut se limiter aux facteurs d'intérêt et non pas essayer...
par Florent Aubry
06 Juin 2017, 08:06
Forum : Questions en cours
Sujet : lmer et tests post-hoc
Réponses : 5
Vues : 2004

Re: lmer et tests post-hoc

Merci des précisions. Je tiens à souligner que ces deux premiers points ne concernent pas seulement ta demande mais sont plus généraux ayant constaté que très souvent les personnes demandant de l'aide oublient de donner les précisions nécessaires à la compréhension de la demande, entre autres de don...
par Florent Aubry
02 Juin 2017, 20:47
Forum : Questions en cours
Sujet : lmer et tests post-hoc
Réponses : 5
Vues : 2004

Re: lmer et tests post-hoc

1) Ne pas oublier de citer les packages utilisés : difflsmeans() est dans quel package ? et le lmer utilisé provient-il du même package ? 2) Donner le code utilisé : quels sont les arguments passés à difflsmeans() ? 3) Expliquer réellement le problème (quels sont les interactions d'intérêt ?) La doc...
par Florent Aubry
09 Mai 2017, 12:28
Forum : Questions en cours
Sujet : Anova et GLM (R core)
Réponses : 4
Vues : 1863

Re: Anova et GLM (R core)

Il n'y a peut-être aucun mystère mais un simple problème statistique. anova dit que selon le critère de la somme des carrés de type I, l'analyse conclut à ce que la moyenne de chacun des groupes définis par les modalités sont différents au seuil de 0,05. L'analyse post-hoc de Tukey compare deux à de...
par Florent Aubry
07 Mar 2017, 15:38
Forum : Questions en cours
Sujet : installation packages R Commender
Réponses : 2
Vues : 1280

Re: installation packages R Commender

C'est un problème que j'ai rencontré sous Windows 7 et 8 du à une gestion très bizarre de la part de Windows des droits d'accès par défaut aux répertoires. Pour ma part, j'ai contourné le problème en chargeant tous mes packages dans un répertoire créé spécialement dans ma zone de travail. Cela fonct...
par Florent Aubry
09 Fév 2017, 08:16
Forum : Questions en cours
Sujet : probleme de décalage de colonne
Réponses : 4
Vues : 3664

Re: probleme de décalage de colonne

Dans le write.table, row.names=FALSE avec FALSE en majuscule, ce qui signifie 'pas de colonne pour les noms de ligne'. Bien entendu, il faut aussi spécifier le séparateur de colonnes utilisée dans write.table par sep=séparateur (par exemple, sep="\t") si on n'utilise pas le séparateur par ...

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