Génétique des populations

Questions sur les fonctions statistiques de R

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Bouyer
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Génétique des populations

Messagepar Bouyer » 20 Mar 2006, 11:21

Bonjour,
je désirerais utiliser R pour faire de la génétique des populations : est-ce qu'un membre de ce forum l'a déja fait et pourrait me conseiller un package accompagné si possible d'un notice explicative?
J'utilise des données de génotypage sur 8 loci microsatellites (4 pops de 30 individus).
Merci d'avance
Cordialement,
J. Bouyer

Matthieu Lesnoff
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Re: Génétique des populations

Messagepar Matthieu Lesnoff » 20 Mar 2006, 12:10

Bouyer a écrit :je désirerais utiliser R pour faire de la génétique des populations : est-ce qu'un membre de ce forum l'a déja fait et pourrait me conseiller un package accompagné si possible d'un notice explicative?
J'utilise des données de génotypage sur 8 loci microsatellites (4 pops de 30 individus).


Bonjour, je ne fais pas de de genetique mais j'ai vu qu'il y a au moins le package genetics que tu peux recuperer sur le site CRAN de R (http://cran.au.r-project.org/). Je pense qu'il y en a d'autres. Tu peux avoir +d'infos avec la fonction RSiteSearch() de R, en tapant par exemple :

Code : Tout sélectionner

RSiteSearch("genetics")


Google (par exemple "genetics" + "R") te donnera surement aussi des infos.

Matthieu

Bouyer
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Genetique des populations

Messagepar Bouyer » 20 Mar 2006, 15:47

Bonjour,
merci pour l'information. Il existe aussi popgen mais dans les deux cas, l'importation des données est très difficile ou mal décrite dans les fichiers pdf qui accompagnent les packages.
Codialement,
Jérémy

Tillard
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utiliser R pour faire de la génétique des populations

Messagepar Tillard » 20 Mar 2006, 17:20

Salut jeremie

il y a aussi Bioconductor, "an open source and open development software project for the analysis and comprehension of genomic data", utilisant majoritairement R

http://www.bioconductor.org/

Emmanuel
Emmanuel Tillard
UMR ERRC (Elevage des Ruminants en Regions Chaudes)
CIRAD - St PIERRE (La Réunion)
tel: 02 62 49 92 54

Renaud Lancelot
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Messagepar Renaud Lancelot » 20 Mar 2006, 23:05

Jérémy,

Il faudrait que tu sois beaucoup plus précis dans ta demande, en présentant par exemple un petit extrait du jeu de données dont tu disposes et en expliquant exactement ce que tu veux faire.

Il y a quelques outils de génétique des pop et de génomique dans R (sur le site CRAN), mais l'essentiel se trouve, comme le souligne Manu, sur le site Bioconductor. Attention, c'est un monde !

Amicalement,

Renaud

Samir Messad
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Messagepar Samir Messad » 28 Mar 2006, 07:54

Salut Jeremy,

En guise d'introduction au package genetics, tu trouveras un article dédié dans la newsletter de juin 2003 : http://cran.r-project.org/doc/Rnews/Rnews_2003-1.pdf

A plus.

Samir Messad

François Bonnot
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Messagepar François Bonnot » 31 Mar 2006, 14:47

Bonjour,
Il y a une brève synthèse des possibilités de R en matière de génétique accessible à partir du site de R (mais sans lien direct).
Pour l'atteindre :
http://www.r-project.org
puis
- CRAN (à gauche)
- choisir un site miroir
- Tasks Views (à gauche)
- Genetics

Dans Tasks Views il y a par ailleurs des synthèses intéressantes dans d'autres domaines que la génétique.

Samir Messad
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Messagepar Samir Messad » 10 Avr 2006, 12:51

Salut Francois,

pour récupérer l'adresse URL d'une page "encadrée" :
Avec Firefox :
Clique droit sur la page, menu "Ce cadre" puis "Informations sur le cadre"
Avec IE :
Clique droit sur la page, menu "Propriétés"


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