G-test

Questions sur les fonctions statistiques de R

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Karine Poitrineau
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G-test

Messagepar Karine Poitrineau » 08 Aoû 2006, 16:29

Bonjour à tous,

Désolée d'être toujours là à poser plein de questions, peut-être en plus des questions stupides.

Enfin bref, j'avais découvert la fonction donnée par Peter Hurd ici: http://www.psych.ualberta.ca/~phurd/cruft/ pour faire un test G sur mes données. La fonction marche bien, par contre je ne me suis pas hasardée à tester ceci: "Monte-carlo calculation of exact p.values requires re-compiling R. Append the gtestsim() source in gtestsim.c to the previously existing chisqsim.c file in R, recompile, and blast away".

Puis j'ai lu sur le forum d'aide de R que l'on pouvait avoir l'équivalent d'un test G en utilisant un modèle log-linéaire. Je pense avoir compris le principe, mais en pratique je ne sais en fait pas comment procéder (j'imagine que ça ne doit pas être sorcier), et j'aimerais bien tester cette méthode.

Juste pour expliquer un peu: j'ai des bestioles qui ont pondu un certain nombre d'oeufs (jamais une quantité énorme) sur un patch de 6 hôtes. Elles peuvent pondre plusieurs oeufs sur un même hôte. Je cherche à savoir si la ponte est réalisée au hasard, ou si au contraire elles évitent de pondre plusieurs fois au même endroit. Vu que je n'ai que 6 hôtes, je ne peux pas utiliser les méthodes habituelles qui s'appliquent à des effectifs plus importants, généralement en populations (coefficients d'aggregation ou rapport variance/moyenne supposant une distribution selon une loi de Poisson), alors que dans mon cas c'est le comportement individuel de femelles qui est étudié. J'ai donc calculé les probabilités des différents cas possibles (par exemple pour deux oeufs, probabilité de deux oeufs sur deux hôtes différents, ou probabilité de trouver les deux oeufs sur le même hôte...) en supposant que les oeufs sont distribués au hasard entre les 6 hôtes. Et je souhaite comparer les répartitions observées aux répartitions théoriques (je ne sais pas si j'ai choisi la meilleure solution).
J'ai manifestement un évitement du superparasitisme, les cas où plusieurs oeufs sont sur un même hôtes étant sous-représentés par rapport à ce qui est attendu.

A noter que ces expériences sont répétées sur 5 jours, deux fois par jour, avec les mêmes femelles, ce qui pourrait éventuellement me permettre d'intégrer les facteurs "femelle" et "jour" (mais je doute que ça serve à quelque chose, car dans pas mal de cas mes femelles ne pondent pas toujours le même nombre d'oeuf, et parfois un seul oeuf, ce qui évidemment ne permet pas de tester leur agrégation!).

Merci pour toute suggestion, commentaire, explication...

K.

Vincent Andres
Messages : 13
Enregistré le : 17 Juil 2006, 09:27

Re: G-test

Messagepar Vincent Andres » 08 Aoû 2006, 17:08

Karine Poitrineau a écrit :Bonjour à tous,
A noter que ces expériences sont répétées sur 5 jours, deux fois par jour, avec les mêmes femelles, ce qui pourrait éventuellement me permettre d'intégrer les facteurs "femelle" et "jour" (mais je doute que ça serve à quelque chose, car dans pas mal de cas mes femelles ne pondent pas toujours le même nombre d'oeuf, et parfois un seul oeuf, ce qui évidemment ne permet pas de tester leur agrégation!).
Merci pour toute suggestion, commentaire, explication...
K.

J'ai peut-être mal compris, mais il me semble que disposer du facteur "femelle" permettrait justement de tester l'agrégation ?
(Enfin, ceci si "disposer du facteur femelle" signifie bien savoir quels oeufs / quelle femelle)

Ces charmantes bébettes peuvent peut-être se souvenir des hôtes utilisés ?
[en vague idée de fond, je calculerais la (ou les) répartition(s) de "parasitage optimal", et j'essaierais de définir puis mesurer la distance entre la répartition réelle et ces répartitions optimales. Mais ce n'est qu'une vague idée].
Et désolé au cas où je n'aurais rien compris à la question !

Karine Poitrineau
Messages : 18
Enregistré le : 30 Mai 2006, 19:37

Messagepar Karine Poitrineau » 08 Aoû 2006, 17:28

Bonjour,
En fait dans le protocole une femelle est toujours testée seule, sur 6 hôtes (donc on sait quelle femelle a pondu quel oeuf, mais on a des effectifs de 1-à maximum 10 oeufs par répétition).

Les bestioles ont soit une idée de la répartition spatiale de leurs oeufs, soit elles sont capables de déceler les odeurs qu'elles laissent lorsqu'elles pondent (les hôtes sont dans des gélules qu'elles pourraient marquer, même si on n'observe pas de comportement clair de ce côté (par contre, elles laissent des hydrocarbures cuticulaires qui sont décelables).

Pour moi le problème est plus de montrer qu'elles essaient de se rapprocher de la répartition "optimale" (= le minimum de nombre d'oeuf par hôte) par rapport à une répartition "au hasard" (il est d'ailleurs évident en regardant "à l'oeil" les répartitions qu'elles essaient d'éviter de pondre deux fois sur le même hôte, mais ça ne marche pas toujours). Donc je souhaite plus montrer qu'elles s'écartent d'un lancer d'oeufs au hasard sur 6 hôtes.

K.


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