Test du chi2 ou test exact de fisher

Questions sur les fonctions statistiques de R

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colombet murielle
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Test du chi2 ou test exact de fisher

Messagepar colombet murielle » 19 Oct 2006, 13:43

Bonjour,

Ma question est en fait de savoir à partir de quel effectif doit on utiliser le test de fisher au lieu du test du chi2.

J'ai des effectifs très faibles, je me suis renseigné sur le sujet mais je ne trouve pas la meme information partout.

Est-ce que si je trouve un effectif au moins egal à 5 je considère qu'il est alors préférable de prendre le test de Fisher?

Merci pour vos réponses

Murielle

Pierre Bady
Messages : 405
Enregistré le : 02 Mai 2006, 07:46

Messagepar Pierre Bady » 19 Oct 2006, 14:06

bonjour,


Ma question est en fait de savoir à partir de quel effectif doit on utiliser le test de fisher au lieu du test du chi2.
J'ai des effectifs très faibles, je me suis renseigné sur le sujet mais je ne trouve pas la meme information partout.
Est-ce que si je trouve un effectif au moins egal à 5 je considère qu'il est alors préférable de prendre le test de Fisher?


ça dépend des gens :D
je ne peux que vous conseillez de lire ces 3 documents :

http://pbil.univ-lyon1.fr/R/fichestd/tdr32.pdf
http://pbil.univ-lyon1.fr/R/fichestd/tdr321.pdf (notamment la page 7)
http://pbil.univ-lyon1.fr/R/querep/qrc.pdf

en espérant avoir aidé un peu :D


@++

Pierre
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liens utiles :
http://www.gnurou.org/Writing/SmartQuestionsFr
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colombet murielle
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Messagepar colombet murielle » 19 Oct 2006, 14:21

Merci pour votre aide je vais lire ces documents :)

Murielle

Samir Messad
Messages : 75
Enregistré le : 10 Jan 2005, 20:56

Messagepar Samir Messad » 20 Oct 2006, 08:52

Bonjour,

on peut suivre les règles de Cochran comme conditions d'application du test du chi2. Une description claire page 473 dans : B. Sherrer, 1984. Biostatistique, Gaetan Morin Editeur. Application du test de fisher
- si effectif total < 20
- si effectif total >40 et proportions étudiées voisines de 0 ou 1.

et la référence : Cochran, WG. 1954. Somme methods for strengthening the common chi square tests", Biometrics, 10: 417-451.

Matthieu Lesnoff
Messages : 118
Enregistré le : 29 Nov 2004, 12:41

Re: Test du chi2 ou test exact de fisher

Messagepar Matthieu Lesnoff » 21 Oct 2006, 07:26

colombet murielle a écrit :Bonjour,

Ma question est en fait de savoir à partir de quel effectif doit on utiliser le test de fisher au lieu du test du chi2.

Murielle


Le pb n'est malheureusement pas simple et comme le dit Pierre Bady les usages varient. En complément de la règle citée par Samir, il y a celle citée dans le livre de Saporta (Editions TECHNIP) pour les conditions d'utilisation du Chi-2 :

"n x p_i supérieur à 5 pour toute classe i (certains auteurs donnent comme condition 3, ou même 1 pour une seule classe en queue de distribution)".

(ici p_i est la proba supposée pour la classe n°i sous H0 ; n x p_i représente donc l'effectif théorique de la classe i).

La doc SAS suggère de tjs utiliser le test de Fisher, quand cela et possible, en argumentant que le Chi-2 classiqe est une approximation d'un test exact, par exemple le Fisher (en remarque, la fonction effectuant le Chi-2 sous R permet d'obtenir aussi un test exact par simulation).

Mais cela renvoie au problème test exact versus approximatif, avec bcp de choses là-dessus dans la littérature. Il y a eu recemment pas mal d'emails sur ce sujet sur liste officielle R.

Vous pouvez trouvez certains de ces emails en allant sur le site de recherche de J Baron
http://search.r-project.org/nmz.html et en tapant "chi-square exact". Ceci si vous souhaitez aller +loin sur le sujet. Mais les règles Cochran et Saporta sont déjà un bon début.

Matthieu


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