Modèle de Cox

Questions sur les fonctions statistiques de R

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Stéphane Laurent
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Modèle de Cox

Messagepar Stéphane Laurent » 06 Déc 2006, 14:11

Bonjour,

Avec R, lorsqu'on fait un ajustement de données au modèle de Cox avec "coxph" puis "summary", que sont les nombres dans les colonnes "se(coef)" et "z" ?

[img=http://img467.imageshack.us/img467/7519/screenshot0612200615055mi1.th.png]

Merci :wink:

Renaud Lancelot
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Messagepar Renaud Lancelot » 06 Déc 2006, 14:28

se = écart-type du coef
z = ratio du coef sur son écart-type

Renaud

Stéphane Laurent
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Messagepar Stéphane Laurent » 06 Déc 2006, 14:37

En effet :D

Quel est l'intérêt de ce z ?

Stéphane Laurent
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Messagepar Stéphane Laurent » 06 Déc 2006, 14:48

J'ai une autre question sur le modèle de Cox. Dans l'exemple dont on voit le summary sur cette image : [img=http://img114.imageshack.us/img114/6942/screenshot0612200615400nw2.th.png] on a ajusté au modèle de Cox les temps de survie de personnes malades suivant 2 variables explicatives (désolé si je m'exprime mal) : leur âge et le stade de leur maladie ("stade234" signifie "stade avancé")

Au départ l'ajustement à été fait avec l'âge et le stade seulement. Dans le modèle de Cox on dit que ces variables n'interagissent pas, puisque le risque pour une personne de 60 ans à un stade avancé est le même que celui pour une personne de 50 ans à un stade avancé.
J'aimerais savoir comment faire le modèle "avec interactions" (la ligne age:stade234 sur l'image donnée en lien), mathématiquement comment on fait, et avec R ?

EDIT : je m'étais trompé d'image maintenant c'est la bonne

Renaud Lancelot
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Messagepar Renaud Lancelot » 06 Déc 2006, 17:54

Quel est l'intérêt de ce z ?

Utilisé pour faire les tests de Wald fournissant les valeurs de P affichées dans la colonne d'à côté. Comparer les valeurs de P de votre sortie:
http://img114.imageshack.us/my.php?image=screenshot0612200615400nw2.png

avec:

Code : Tout sélectionner

> round(2 * pnorm(abs(c(-0.0303, -0.9347, 1.2734)), lower.tail = FALSE), 2)
[1] 0.98 0.35 0.20

Stéphane Laurent
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Messagepar Stéphane Laurent » 06 Déc 2006, 19:10

Utilisé pour faire les tests de Wald


Ce sont les tests de Wald de "H0 : coef=0" ?
Je n'ai qu'un cours contenant un paragraphe très succint sur le modèle de Cox. Je suppose que ces tests de Wald sont basés sur la vraisemblance dite "partielle" dans ce cours, je ne comprends pas c'est quoi cette vraisemblance. Mais bon je me renseignerai, merci bien! :D

Stéphane Laurent
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Messagepar Stéphane Laurent » 07 Déc 2006, 20:54

Bonjour,

Je me permets de rappeler que mon post du Mer Déc 06, 2006 n'a pas trouvé réponse, car il s'est un peu noyé dans le topic..

Renaud Lancelot
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Messagepar Renaud Lancelot » 08 Déc 2006, 13:15

Ce sont les tests de Wald de "H0 : coef=0" ?


Oui.

Renaud

Stéphane Laurent
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Messagepar Stéphane Laurent » 08 Déc 2006, 14:23

Ok merci. Quand je parlais de mon post qui n'a pas trouvé réponse je parlais de celui du Mer Déc 06, 2006 2:48 pm, comment faire interagir des variables dans le modèle de Cox ?

Karine Poitrineau
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Messagepar Karine Poitrineau » 09 Jan 2007, 16:56

Stéphane Laurent a écrit :Ok merci. Quand je parlais de mon post qui n'a pas trouvé réponse je parlais de celui du Mer Déc 06, 2006 2:48 pm, comment faire interagir des variables dans le modèle de Cox ?

Hello,
D'après mes souvenirs la syntaxe est la même que pour d'autres fonctions...
Exemple:
http://courses.washington.edu/b515/l17.pdf

K.

Stéphane Laurent
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Messagepar Stéphane Laurent » 09 Jan 2007, 17:06

Bonjour,

Je n'ai pas vu la réponse à ma question dans le document.

Si les variables explicatives sont X1 et X2, le modèle est :

h(t,X1,X2)=h0(t)exp(b1X1+b2X2).

Comment "croiser" les variables X1 et X2 ? Je pense que le modèle est de la forme

h(t,X1,X2)=h0(t)exp(b1X1+b2X2+b3f(X1,X2))

où f(X1,X2) est une fonction de X1 et de X2 mais quelle est cette fonction ? (si c'est bien comme ça qu'on fait)

Tillard
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interaction et modèle de Cox

Messagepar Tillard » 09 Jan 2007, 18:18

Bonjour
je ne comprend pas votre question
que veux dire "croiser"', voulez vous simplement une interaction entre XI et X2 ?
Qu'entendez vous par f(X1,X2); quelle est cette fonction f ?

pouvez vous donner un exemple concret sur un petit jeu de données (une fraction de votre jeu de données réelles ou des données fictives) et expliciter vraiment ce que vous voulez, avec des mots simples

Cordialement
Emmanuel Tillard
UMR ERRC (Elevage des Ruminants en Regions Chaudes)
CIRAD - St PIERRE (La Réunion)
tel: 02 62 49 92 54

Stéphane Laurent
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Messagepar Stéphane Laurent » 09 Jan 2007, 20:19

Bonsoir,

Ma question c'est mon post un peu plus haut posté le: Mer Déc 06, 2006 2:48 pm .


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