statistique spatial

Questions sur les fonctions statistiques de R

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daugrois
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statistique spatial

Messagepar daugrois » 01 Déc 2005, 15:02

j'ai tester la repartition spatiale de plants de canne à sucre infecté après plantation a l'aide du processus ponctuel. Le probème est que la répartition des plants malades (coef K de ripley et fonctionLr associée) est comparé par rapport au simulation de répartition d'un même nombre de point disposés aléatoirement sur la parcelle (enfin je crois) alors que la repartition des plantes (saines au départ) est bien déterminée. Donc peut-on faire des simulations de répartition de points pour des grilles de positionnement possible déterminé (dans mon cas les plants sont plantés tous les 50 cm réparties sur 17 lignes séparées de 1,5 m. Le nombre de plantes malades a été relevé à plusieur dates et sont : 24, 70, 219 et 314 )
NB, la repartition des plants a aussi été testé par réseau de voisinage mais ces tests ne donne pas une idée exacte de la répartion globale sur la parcelle.

Renaud Lancelot
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Messagepar Renaud Lancelot » 01 Déc 2005, 16:44

Je ne suis pas un spécialiste de ces questions, mais je pense que tu as affaire à un processus ponctuel marqué. Voir la fonction Kmulti() dans la package spatstat.

Voici un exemple d'utilisation dans un contexte épidémio: prélèvements de sang faits dans des villages (donc position fixée) et on veut savoir si il y a une aggrégation spatiale de la prévalence (donnée quantitative ici, mais tu peux adapter au cas discret). Les données (coordonnées spatiales et variable d'intérêt = Delta) sont dans le data.frame geoJ:

Code : Tout sélectionner

library(spatstat)
PPP <- ppp(x = geoJ$longi, y = geoJ$lati, xrange = range(geoJ$longi), yrange = range(geoJ$lati), marks = geoJ$Delta)



K <- Kmulti(PPP, I = PPP$marks < 1, J = PPP$marks >= 1, correction = "isotropic")
plot(K, las = 1, main = "Test d'agrégation spatiale", xlab = "r (degrés décimaux)")


Renaud


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