Sujets prioritaires

Questions ne rentrant pas dans les rubriques ci-dessus.

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Renaud Lancelot
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Sujets prioritaires

Messagepar Renaud Lancelot » 16 Déc 2004, 08:13

Quels sont les sujets prioritaires que les membres du GuR souhaiteraient voir abordés dans des fiches pédagogiques ?

Renaud

François Bonnot
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Messagepar François Bonnot » 16 Déc 2004, 09:17

Pour ma part je suis intéressé par le spatial, mais les priorités seront fixées par les questions posées par les membres du groupe...

Matthieu Lesnoff
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sujets prioritaires ?

Messagepar Matthieu Lesnoff » 16 Déc 2004, 11:24

je pense que chacun va a avoir des "sujets prioritaires". J'espère que cela engendrera le +possible de redactions de fiches pédagogiques.

De mon coté, pour l'instant j'aimerais voir des choses

- sur les graphiques Trellis (Representation de données longitudinales, Courbes ou points avec intervalles de confiance, etc.)

- sur la modélisation de la matrice de variances-covariances dans les modèles linéaires généraux et modèles mixtes.

- sur les modèles linéaires généralisés utilisant la quasi-vraisemblance.

A+

Matthieu :wink:

Renaud Lancelot
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spatial

Messagepar Renaud Lancelot » 17 Déc 2004, 07:08

François Bonnot a écrit :Pour ma part je suis intéressé par le spatial, mais les priorités seront fixées par les questions posées par les membres du groupe...


J'avais fait l'année dernière une fiche sur la réalisation de cartes simples avec R (je n'aborde pas les géostats à proprement parlé). Ce sujet a bcp évolué depuis avec des évolutions importantes des packages maps, maptools, mapproj,...

Souhaitez-vous que je fasse une mise à jour de la fiche et que je la mette à disposition du groupe ?

Renaud

Matthieu Lesnoff
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Re: spatial

Messagepar Matthieu Lesnoff » 17 Déc 2004, 08:53

Renaud Lancelot a écrit :
François Bonnot a écrit :Pour ma part je suis intéressé par le spatial, mais les priorités seront fixées par les questions posées par les membres du groupe...


J'avais fait l'année dernière une fiche sur la réalisation de cartes simples avec R (je n'aborde pas les géostats à proprement parlé). Ce sujet a bcp évolué depuis avec des évolutions importantes des packages maps, maptools, mapproj,...

Souhaitez-vous que je fasse une mise à jour de la fiche et que je la mette à disposition du groupe ?

Renaud


Pour ma part, oui ! La carto avec R est un des éléments tres interessant à aborder au sein du grouoe.

Renaud Lancelot
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Re: spatial

Messagepar Renaud Lancelot » 17 Déc 2004, 09:56

Matthieu Lesnoff a écrit :
Renaud Lancelot a écrit :
François Bonnot a écrit :Pour ma part je suis intéressé par le spatial, mais les priorités seront fixées par les questions posées par les membres du groupe...


J'avais fait l'année dernière une fiche sur la réalisation de cartes simples avec R (je n'aborde pas les géostats à proprement parlé). Ce sujet a bcp évolué depuis avec des évolutions importantes des packages maps, maptools, mapproj,...

Souhaitez-vous que je fasse une mise à jour de la fiche et que je la mette à disposition du groupe ?

Renaud


Pour ma part, oui ! La carto avec R est un des éléments tres interessant à aborder au sein du grouoe.


OK je mets ça dans le tuyau...

Renaud

Luc Baudouin
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Génétique des pop

Messagepar Luc Baudouin » 17 Déc 2004, 15:42

J'ai fait quelques premières tentatives avec R dans le domaine de la génétique des populations.

- indice de diversté de Nei (estimateurs bayésiens)
- représentation du déséquilibre de liaison (embryonnaire)

En tant que débutant, R m'a paru:
- très puissant
- parfois déroutant dans la mesure où les conversion automatiques de classes (matrices et vecteurs, par exemple) donne parfois des résultats difficiles à prévoir pour le non initié.

Luc

jframi
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Re: sujets prioritaires ?

Messagepar jframi » 17 Déc 2004, 16:15

Matthieu Lesnoff a écrit :je pense que chacun va a avoir des "sujets prioritaires". J'espère que cela engendrera le +possible de redactions de fiches pédagogiques.

De mon coté, pour l'instant j'aimerais voir des choses

- sur les graphiques Trellis (Representation de données longitudinales, Courbes ou points avec intervalles de confiance, etc.)

- sur la modélisation de la matrice de variances-covariances dans les modèles linéaires généraux et modèles mixtes.

- sur les modèles linéaires généralisés utilisant la quasi-vraisemblance.

A+

Matthieu :wink:


J'utilse bcp R, surtout pour ses énormes possibiltés graphiques, dans le cadre d'applications de détection de QTL.

J'ai jusqu'à présent eu pas mal de difficultés à utiliser R pour l'analyse de dispositifs expérimentaux type Lattice ou alpha-plan, le calcul de moyennes ajustées à l'aide de modèles linéaires et surtout de modèle mixtes et le calcul d'héritabilités. Je suis assez demendeur d'expériences à ce sujet.

A+
JFR

Matthieu Lesnoff
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Re: sujets prioritaires ?

Messagepar Matthieu Lesnoff » 20 Déc 2004, 13:41

jframi a écrit :
J'utilse bcp R, surtout pour ses énormes possibiltés graphiques, dans le cadre d'applications de détection de QTL.

J'ai jusqu'à présent eu pas mal de difficultés à utiliser R pour l'analyse de dispositifs expérimentaux type Lattice ou alpha-plan, le calcul de moyennes ajustées à l'aide de modèles linéaires et surtout de modèle mixtes et le calcul d'héritabilités. Je suis assez demendeur d'expériences à ce sujet.

A+
JFR


1. QTL

Une fiche la dessus serait bienvenue ...

2. Modèles mixtes

Si tu ne l'as pas déjà, il faut absolument que tu te procures le livre "Mixed-Effects Models in S and S-Plus, JC Pinheiro, DM Bates, 2000, Springer". Pinheiro et Bates sont les auteurs du package R "nlme" (installé en standard avec R) qui contient la fonction lme permettant de faire du modèle mixte. Il y a bcp d'exemples de scripts dans le livre.

A+

Matthieu

Samir Messad
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Messagepar Samir Messad » 12 Jan 2005, 09:56

Salut à tous,

jusqu'à un passé assez récent, l'analyse des dispositifs éxperimentaux avec R n'était pas une chose très simple. Alors que des logiciels SAS semblent avoir été conçu autour de l'analyse de tels plans, R manquait cruellement de fonctions spécifiques. Je pense simplement par exemple aux types de décompositions des sommes des carrés. La fonction anova pour le modèle linéaire simple ne fourni que ceux de type I et souvent cette fonction est plutôt privilégié pour comparer des modèles emboités. Depuis il y a du neuf (voir les packages de John Fox), il serait bon de faire un topo sur ces aspects qui, il me semble, en fait hésiter plus d'un lors du switch sous R.

Cordialement.
Samir Messad.

Tillard
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Messagepar Tillard » 13 Jan 2005, 08:34

Samir Messad a écrit :Salut à tous,

jusqu'à un passé assez récent, l'analyse des dispositifs éxperimentaux avec R n'était pas une chose très simple. Alors que des logiciels SAS semblent avoir été conçu autour de l'analyse de tels plans, R manquait cruellement de fonctions spécifiques. Je pense simplement par exemple aux types de décompositions des sommes des carrés. La fonction anova pour le modèle linéaire simple ne fourni que ceux de type I et souvent cette fonction est plutôt privilégié pour comparer des modèles emboités. Depuis il y a du neuf (voir les packages de John Fox), il serait bon de faire un topo sur ces aspects qui, il me semble, en fait hésiter plus d'un lors du switch sous R.

Cordialement.
Samir Messad.


concernant la decomposition de la somme des carrés (pour reprendre ton exemple): on trouve pas mal de discussion sur le forum R ou S+ sur la (non)pertinence des decompositions "a la mode sas", dites type III, tres largement utilisées en toute (non)connaissance de cause. Ce qui fait que ta proposition me semble tout a fait intéressante; cela dit je doute que ces considerations entrent en ligne de compte dans le passage a R.
amicalement
Emmanuel Tillard
UMR ERRC (Elevage des Ruminants en Regions Chaudes)
CIRAD - St PIERRE (La Réunion)
tel: 02 62 49 92 54


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