fonction Plot dudi.pca

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remy saurat
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fonction Plot dudi.pca

Messagepar remy saurat » 11 Aoû 2017, 12:09

Bonjour,

Lorsque je souhaite utiliser la fonction plot sur une pca de vegan, je ne comprends pas ce message : "Error in xy.coords(x, y, xlabel, ylabel, log) : 'x' is a list, but does not have components 'x' and 'y'". Où est-ce que j'aurai fait une erreur svp ? Mon jeu de données provient d'un csv avec read.table.
Je ne sais pas si ça avoir, mais sur le prcomp d'Ade4, le plot() fonctionne.

Cordialement

Logez Maxime
Messages : 2719
Enregistré le : 26 Sep 2006, 11:35

Re: fonction Plot dudi.pca

Messagepar Logez Maxime » 11 Aoû 2017, 12:33

Bonjour,

il doit y a voir un souci avec le nom des packages associés aux fonctions parce que la fonction pca n'est pas disponible dans vegan mais est réalisable via rda. Faire le plot d'une rda ça fonctionne. Ensuite tu parles de prcomp mais prcomp ne fais pas partie d'ade4. Avec ade4 il faut utiliser dudi.pca et les fonctions graphiques associées sont s.quelquechose (s.label, s.corcircle, etc.) ou scatter.

Le chargement de plusieurs packges puet des fois créés des "conflits", bien que je ne pense pas que ce soit le cas ici.

Pour une acp il n'y a pas besoin de toutes ces librairies, choisit en une qui te convient le plus.

Cordialement,
Maxime

remy saurat
Messages : 6
Enregistré le : 09 Mai 2016, 08:55

Re: fonction Plot dudi.pca

Messagepar remy saurat » 11 Aoû 2017, 15:31

Merci pour la reponse,

Cordialement

remy saurat
Messages : 6
Enregistré le : 09 Mai 2016, 08:55

Re: fonction Plot dudi.pca

Messagepar remy saurat » 22 Aoû 2017, 21:11

Bonjour,

Je me permets de revenir vers vous concernant des paramètres graphiques pour le plot d'une acp après maintes essais mais sans succès malgré l'aide bibliographique existante (pdf...) sur le net.
J'ai en jeu de données type dataframe avec mes espèces en ligne et mes variables en colonnes.

Après avoir afficher mon acp par

Code : Tout sélectionner

pca = dudi.pca(data, scale = TRUE)

et afficher l'analyse multivariée via

Code : Tout sélectionner

s.label(pca$li,  include.origin = FALSE, clabel=0)


J'aimerais simplement faire ressortir sur le graphique, par une couleur ou un symbole différents du reste des données, une espèce qui sortirai du nuage de point et qui caractériserait un vecteur.
Est-il possible d'afficher aussi les flèches des vecteurs ainsi que le petit encadré des eigen.values via s.label, s.class etc... pour obtenir un rendu comme avec la fonction scatter() s'il-vous-plait ?

Cordialement


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