équivalent fonction TukeyHSD pour modèle linéaire mixte

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Charles Trouvé
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équivalent fonction TukeyHSD pour modèle linéaire mixte

Messagepar Charles Trouvé » 13 Mar 2018, 14:08

Bonjour,
je travaille actuellement sur une base de données correspondant à la mesure de la croissance en hauteur de plants (petits arbres), plantés dans différentes manières de travailler le sol. L'objectif est donc de mettre en lumière quelle est la meilleure manière de travailler le sol.
Pour ce faire, j'utilise un modèle linéaire mixte, que voici:

Code : Tout sélectionner

BL.lme=lme(haut~-1+mod, data=data, random=~1|parcelle)

-effet fixe: mod, correspondant à la modalité (manière de travailler le sol)
-effet aléatoire: parcelle (il y a eu différentes répétitions, sur différentes parcelles).

Ce que je veux savoir, c'est comment sortir une table des p-value de comparaison 2 à 2 de mes différentes modalités (mod) de travail du sol.
Ceci est possible avec la fonction "TurkeyHSD" (

Code : Tout sélectionner

TukeyHSD(aov(haut~mod, data=data))
), mais comme vous pouvez le voir, elle ne marche que pour des modèles linéaires simples et ne prend pas en compte mon effet aléatoire.
Existe t-il une fonction similaire mais prenant en compte les modèles mixtes ?

Merci d'avance

Charles

Florent Aubry
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Re: équivalent fonction TukeyHSD pour modèle linéaire mixte

Messagepar Florent Aubry » 15 Mar 2018, 21:47

Il faut utiliser les packages multcomp (fonction glht puis summary) ou lsmeans (fonction lsmeans)

Maxime Hervé
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Re: équivalent fonction TukeyHSD pour modèle linéaire mixte

Messagepar Maxime Hervé » 19 Mar 2018, 07:41

Florent Aubry a écrit :Il faut utiliser les packages multcomp (fonction glht puis summary) ou lsmeans (fonction lsmeans)

Plutôt que lsmeans, emmeans (la nouvelle implémentation de lsmeans, qui disparaîtra à terme).
Maxime

Florent Aubry
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Enregistré le : 25 Juin 2010, 10:21

Re: équivalent fonction TukeyHSD pour modèle linéaire mixte

Messagepar Florent Aubry » 19 Mar 2018, 09:13

@Maxime
Merci de cette précision, j'avais totalement zappé cette évolution. Je vais regarder ce package de plus près.


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