Problème PROJ fonction spTransform et package rgdal

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Marine Lalande
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Problème PROJ fonction spTransform et package rgdal

Messagepar Marine Lalande » 17 Fév 2021, 17:27

Bonjour à tous,

Je sèche après une après-midi de recherche concernant un bug avec la fonction spTransform pour reprojeter des données de dataframe spatialisées dans un autre CRS. Je pense que c'est un problème avec le package rgdal (et son associé package sp?) et n'arrive pas à en venir à bout, malgré une mise à jour de toutes mes librairies et la réinstallation des packages.
Voilà l'opération:

Code : Tout sélectionner

all <- read.csv("JDD_GPS.csv")
coordinates(all) <- ~ longitude + latitude
proj4string(all) <- "+init=epsg:4326"
all2 <- spTransform(all, CRS("+init=epsg:2154"))

Et j'obtiens à cette dernière étape, le message d'erreur suivant:
Warning message: In showSRID(uprojargs, format = "PROJ", multiline = "NO", prefer_proj = prefer_proj) : Discarded datum Reseau_Geodesique_Francais_1993 in Proj4 definition

Aussi, quand j'installe la librairie rgdal, ce message s'affiche et attire mon attention:
rgdal: version: 1.5-23, (SVN revision 1121)
Geospatial Data Abstraction Library extensions to R successfully loaded
Loaded GDAL runtime: GDAL 3.2.1, released 2020/12/29
Path to GDAL shared files: C:/Users/home/Documents/R/win-library/4.0/rgdal/gdal
GDAL binary built with GEOS: TRUE
Loaded PROJ runtime: Rel. 7.2.1, January 1st, 2021, [PJ_VERSION: 721]
Path to PROJ shared files: C:/Users/home/Documents/R/win-library/4.0/rgdal/proj
PROJ CDN enabled: FALSE
Linking to sp version:1.4-5
To mute warnings of possible GDAL/OSR exportToProj4() degradation,
use options("rgdal_show_exportToProj4_warnings"="none") before loading rgdal.
Overwritten PROJ_LIB was C:/Users/home/Documents/R/win-library/4.0/rgdal/proj
Warning message:
le package ‘rgdal’ a été compilé avec la version R 4.0.3

J''ai enquêté sur le web sans trop comprendre, mais ce lien m'a semblé pertinent: http://rgdal.r-forge.r-project.org/arti ... tml#proj-1
Avez-vous déjà été confronté à ce problème et comment l'avez-vous résolu?

En vous remerçiant d'avance

Mickael Canouil
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Re: Problème PROJ fonction spTransform et package rgdal

Messagepar Mickael Canouil » 18 Fév 2021, 08:56

Bonjour,

je n'utilise pas ces extensions et votre code ne permet pas de reproduire votre "erreur" qui soit dit en passant n'est pas une erreur, mais un message d'avertissement.
Visiblement vous avez la solution à votre problème dans votre question, donc soit vous suivez les indications pour utiliser la dernière version de GDAL/PROJ ou vous installez une ancienne version des extensions en utilisant les snapshots du MRAN par exemple (à la place du CRAN) https://mran.microsoft.com/
Soit avec l'extension checkpoints ou avec options(repos = c("CRAN" = "https://mran.microsoft.com/snapshot/2020-10-18"))

Cordialement,
Mickaël
mickael.canouil.fr | rlille.fr

Sébastien Rochette
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Enregistré le : 03 Juil 2020, 12:43

Re: Problème PROJ fonction spTransform et package rgdal

Messagepar Sébastien Rochette » 23 Fév 2021, 20:10

Bonjour,

Ce Warning précis sur PROJ est présenté volontairement pour faire peur et vous inciter à changer de manière de travailler ou en assumer les conséquences.
Il y a plusieurs mois, PROJ, le logiciel sur lequel repose l'open-source en général pour la gestion des systèmes de projections, a ajouté de nouvelles fonctionnalités et une ré-écriture de la façon de stocker les projections dans les fichiers de données spatiales. Cette nouvelle écriture permet de prendre en compte la tectonique des plaques. Les continents se déplacent et donc les cartes établies il y a 30 ans, même avec les meilleurs appareils de mesures, sont aujourd'hui (un peu) fausses, de quelques dizaines de centimètres.
Ces nouveautés dans PROJ n'ont pas été intégrées aux anciens packages de cartographie dans R, tels que la combinaison {sp}, {rgdal}, mais aussi {raster}. Il en résulte que la lecture de jeu de données spatialisées, créées avec une version récente d'un logiciel de cartographie, contiennent une version améliorée de la projection que ces packages ne pourront pas intégrer. Pareil pour votre ordinateur qui contient une version trop récente de PROJ pour ces packages.
Aujourd'hui, vous pouvez encore lire un peu ces données, le système de projection devrait être encore à peu près correct, mais ce ne sera bientôt plus le cas.

Du coup, ce n'est pas un problème de votre part spécifiquement, mais des packages que vous utilisez, obsolètes de l’aveu même de ses développeurs. Et aussi de la syntaxe de spécification de la projection, ici en phrase PROJ4, que vous avez utilisé.
Je vous recommande fortement, pour les données vectorielles comme ici, d'utiliser le package {sf}.
Votre code serait ainsi :

Code : Tout sélectionner

all <- read.csv("JDD_GPS.csv")
mes_points_wgs84 <- st_as_sf(all, coords = c("longitude", "latitude"), crs = 4326)
mes_points_l93 <- st_transform(all, crs = 2154)


Et pour aller plus loin avec {sf}, je vous propose l'un de mes articles de blog : https://statnmap.com/fr/2018-07-14-initiation-a-la-cartographie-avec-sf-et-compagnie/


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