rmarkdown et export de tableaux de résultats de régression html pour Libreoffice

[Véronique Darmendrail]

Bonjour
Je tente d'utiliser Rmardown et mon but final serait d'avoir un rapport en .doc, qui fonctionne bien sous Libreoffice avec writer les beaux exports de résultats de type texreg et stargazer.

J'arrive à faire des exports html avec htmlreg et file ='exemple.doc' et des des exports html avec un fichier exemple.html que je peux ouvrir dans libre office quand même. Je peux ensuite faire des copier-coller de ces tableaux dans un document .doc final.

J'arrive aussi à faire un fichier rmarkdown avec des graphiques de régressions comme avec plot(reg1) par exemple, si j'ai rune régression reg1.

Mais si dans le même rapport j'essaye d'avoir mes graphiques de plot (reg1) et mes tableaux de résultats de texreg ou stargazer, je n'arrive pas à avoir quelque chose de propre. Soit je génère un .html avec le bouton knit, mais si je le lis ensuite dans libreoffice, la mise en page n'est pas très belle (pas très grave encore), mais surtout tous les graphiques sont déformés, comme s'ils ne gardaient pas l'échelle. En revanche les tableaux de résultats de texreg ou stargazer sont beaux.

Soit je fais un knit en .doc et là les graphiques sont bien mais le code html est mal lu et ça ne fait pas un tableau, comme décrit ici par une autre personne : https://stackoverflow.com/questions/50086553/reporting-regression-tables-using-rmarkdown-in-word-format

RDCOMClient a l'air d'être une solution pour cette personne mais ce n'est pas installable sous Linux.

Je peux toujours faire mes petits copier-coller pour avoir un .doc qui va bien mais j'aimerais pouvoir générer un document propre en une seule fois.

Quelqu'un aurait-il une idée pour moi ?

Merci d'avance

[Mickael Canouil]

Bonjour,

si votre seul et unique objectif est d'avoir un document pour office et libreoffice, rmarkdown n'est pas la librairie la plus adaptée.
Vous devriez vous orienter vers la librairie officer de David Gohel https://davidgohel.github.io/officer/index.html

Cordialement,

[Véronique Darmendrail]

Bonjour,

si votre seul et unique objectif est d'avoir un document pour office et libreoffice, rmarkdown n'est pas la librairie la plus adaptée.
Vous devriez vous orienter vers la librairie officer de David Gohel https://davidgohel.github.io/officer/index.html

Cordialement,

Bonjour Mickael
Merci beaucoup pour cette piste ! Je ne connaissais pas encore. Je testerai.
Merci encore

[Véronique Darmendrail]

Bonjour,

si votre seul et unique objectif est d'avoir un document pour office et libreoffice, rmarkdown n'est pas la librairie la plus adaptée.
Vous devriez vous orienter vers la librairie officer de David Gohel https://davidgohel.github.io/officer/index.html

Cordialement,

Finalement j'ai regardé et Rmarkdown répondait à d'autres de mes besoins et j'aimerais réussi r à le faire fonctionner au mieux.
Je suis déjà contente d'arriver de nouveau à générer mes.doc ce que je n'arrivais plus à faire. J'ai ajouté pour cela : always_allow_html: yes dans le YAML mais sans alinéa, ce que je faisais au départ bêtement...

Code : Tout sélectionner

---
title: '2017'
output:
 
 
 
  word_document: default
  html_document: default
  pdf_document: default
always_allow_html: yes
---

Y a t-il une solution comparable à RDCOMClient valable sous Linux ?

Merci d'avance

[Mickael Canouil]

Un exemple reproductible ?

• Qu'est-ce qu'un code reproductible ?
• Comment insérer des données dans un message ?
• FAQ: What's a reproducible example (`reprex`) and how do I do one?

Par exemple, "word.Rmd"

Code : Tout sélectionner

---
title: "Untitled"
output: word_document
---

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
```

## R Markdown

This is an R Markdown document. Markdown is a simple formatting syntax for authoring HTML, PDF, and MS Word documents. For more details on using R Markdown see <http://rmarkdown.rstudio.com>.

When you click the **Knit** button a document will be generated that includes both content as well as the output of any embedded R code chunks within the document. You can embed an R code chunk like this:

```{r cars}
summary(cars)
```

## Including Plots

You can also embed plots, for example:

```{r pressure, echo=FALSE}
plot(pressure)
```

Note that the `echo = FALSE` parameter was added to the code chunk to prevent printing of the R code that generated the plot.


Code : Tout sélectionner

rmarkdown::render("word.Rmd",  encoding = "UTF-8")

Cordialement,

[Véronique Darmendrail]

Bonjour
Voici un exemple reproductible. Si j'ouvre le .html dans un navigateur, tout s'affiche bien. Si j'ouvre le .html dans libreoffice writer, les images des plots sont déformées mais les tableaux sont bien. Si j'ouvre le .docx dans libreoffice writer, les images sont bien, mais ce sont les tableaux html qui posent problème. Je rêve d'un seul fichier qui s'ouvrirait bien sans rien déformer dans libreoffice writer. Dans ma discipline, on soumet aux revues en.doc...

Code : Tout sélectionner

---
title: "test"
output:
  word_document: default
  html_document: default
always_allow_html: yes
---

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
```


```{r}
library(datasets)
data(iris)
summary(iris)
```

```{r,results="asis"}





#stat descriptives par sous-populations

library(papeR)
library(dplyr)
library(knitr)
library(kableExtra)
papeR::summarize(iris, type = "numeric", group = "Species", test = FALSE)

kable(summarize(iris, type = "numeric", group = "Species", test = FALSE)) %>%
  kable_styling(bootstrap_options = c("condensed")) %>%
               footnote(general = "Statistiques descriptives des variables du jeu de données iris")


```


Les régressions :

```{r}
lm1 <- lm(Petal.Length ~ Petal.Width + Species,data=iris)
lm2 <- lm(Petal.Length ~ Petal.Width + Sepal.Length + Species,data=iris)
```

Les plots :

```{r}
plot(lm1)
plot(lm2)
```



```{r,results="asis"}

texreg::htmlreg(l=list(lm1,lm2),
               include.fstatistic = TRUE,
                digits = 3, stars = c(0.01, 0.05, 0.1), bold=0.1,caption="Résultats des 2 régressions", custom.note = "%stars. Les deux régressions sont sur les données iris ")
```




Merci d'avance pour votre aide.

[Mickael Canouil]

Je comprends mieux.
En résumé, vous passez outre l'erreur concernant l'inclusion de HTML dans un document Word et vous espérez qu'en désactivant l'erreur le résultat soit le bon ...
Le message est pourtant très clair sur le sujet "Note however that the HTML output will not be visible in non-HTML formats".

Error: Functions that produce HTML output found in document targeting docx output.
Please change the output type of this document to HTML. Alternatively, you can allow
HTML output in non-HTML formats by adding this option to the YAML front-matter of
your rmarkdown file:

always_allow_html: true

Note however that the HTML output will not be visible in non-HTML formats.

Execution halted

Comme je le disais, rmarkdown (pandoc) n'est pas le meilleur amis des documents office/libreoffice.
Si vous souhaitez vraiment utilisez Word avec Rmarkdown, vous n'aurez d'autre choix que d'avoir une édition manuelle à la fin.
Ainsi, je vous redirige une nouvelle fois vers officer (https://davidgohel.github.io/officer/index.html) et flextable (https://davidgohel.github.io/flextable/index.html).
Flextable a le mérite de fonctionner avec le style word_document. Mais vous n'avez pas d'autre choix que d'abandonner le format html.

[Véronique Darmendrail]

Je comprends mieux.

Ainsi, je vous redirige une nouvelle fois vers officer (https://davidgohel.github.io/officer/index.html) et flextable (https://davidgohel.github.io/flextable/index.html).
Flextable a le mérite de fonctionner avec le style word_document. Mais vous n'avez pas d'autre choix que d'abandonner le format html.

Bonjour
Je me réponds à moi-même des mois plus tard mais cela peut servir à d'autres.
Un moyen d'utiliser flextable (comme conseillé par @Mickael Canouil) avec Rmardown pour générer des tableaux de synthèse de régressions beaux et propres lisibles en pdf ou word et facilement paramétrables c'est d'utiliser modelsummary(). On peut facilement paramétrer l'affichage ou non de la t-stat, de la p-value, des étoiles etc. Je trouve cela plus facile à paramétrer pour mon usage que texreg que j'utilisais jusque-là.
2 pages bien faites pour expliquer son intérêt et comment le paramétrer :
https://vincentarelbundock.github.io/mo ... index.html
https://vincentarelbundock.github.io/mo ... rance.html