Comment réaliser un median-joining network sous R

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Benjamin Leduc
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Comment réaliser un median-joining network sous R

Messagepar Benjamin Leduc » 15 Juin 2020, 15:28

Bonjour,

Petit suget pour ceux qui font de la génétique. J'ai envie d'essayer de produire un graphique de type median-joining network (Bandelt HJ et al1999) sous R. Avez-vous une idée de comment procéder?
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Mickael Canouil
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Re: Comment réaliser un median-joining network sous R

Messagepar Mickael Canouil » 16 Juin 2020, 07:15

Bonjour,

s'il y a une librairie, il y a fort à parier qu'elle est sur Bioconductor (qui dispose d'un moteur de recherche).
Sinon, la section méthode de l'article d'où vous avez tiré votre figure devrait contenir l'information que vous cherchez.

PS : le grand classique du moteur de recherche est pas mal aussi ;) https://www.bing.com/search?q=median+joining+network+R

Cordialement,
Mickaël

Benjamin Leduc
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Re: Comment réaliser un median-joining network sous R

Messagepar Benjamin Leduc » 25 Juin 2020, 11:16

Merci pour votre réponse.

Plutôt que de lire le M&M, j'ai demandé au statisticiens de la boite ayant produit le graphique… C'est un logiciel maison qui est utilisé. Il y a un logiciel assez cher pour le produire. Et Je souhaite le faire sur R.
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Mickael Canouil
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Re: Comment réaliser un median-joining network sous R

Messagepar Mickael Canouil » 25 Juin 2020, 12:02

Si c'est implémenté dans un logiciel propriétaire par les "auteurs" de la méthode, il est peu probable qu'une autre implémentation existe.
Il ne tient donc qu'à vous de l'implémenter en R (autant dire que cela va être compliqué, c'est ce qu'on appelle du "reverse engineering" par exemple).
Mickaël

Logez Maxime
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Re: Comment réaliser un median-joining network sous R

Messagepar Logez Maxime » 25 Juin 2020, 15:21

Bonjour,

sur ton moteur de recherche préféré en tapant R median-joining network tu tombes la dessus :
http://search.r-project.org/library/pegas/html/mjn.html
Est-ce que tu l'as essayé ?

Cordialement,
Maxime

Benjamin Leduc
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Re: Comment réaliser un median-joining network sous R

Messagepar Benjamin Leduc » 26 Juin 2020, 14:22

Merci Maxime pour votre réponse,

J'ai testé l'exemple de l'aide, et ça doit pouvoir le faire.

J'avais déjà utilisé la bibliothèque "pegas" (je n'avais pas vraiment été convaincu à l'époque). Alors je teste cette fonction avec un jeu de donné, et, je vous donnerais le retour ;)
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