ACP distance de hellinger avec factomineR

[Augustin Soulard]

Bonjour,

Je souhaite faire un ACP avec la fonction

Code : Tout sélectionner

PCA()

du package factomineR pour pouvoir utliser

Code : Tout sélectionner

fviz_pca_biplot()

car on peut faire de jolie chose avec. Je veux faire une ACP sur une matrice de hellinger.

Quand j'utilise le package vegan pour faire une ACP j'utilise

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decostand(ACP,method="hellinger")

pour faire ma matrice de hellinger puis la fonction

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rda()

pour faire l'ACP.

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decostand(ACP,method="hellinger)

est il compatible avec

Code : Tout sélectionner

PCA()

de factomineR ? Dans l'absolu ça marche, mais je me demande si

Code : Tout sélectionner

PCA()

ne fait pas de base une matrice de distance ou autre chose qui fausserait mon analyse.

Bonne journée et merci :)

[Maxime Hervé]

Bonjour Augustin,

tu peux parfaitement faire ton ACP avec la fonction PCA() sur un tableau transformé par decostand(). Le résultat est identique à celui renvoyé par rda(), à la condition que tu ajoutes scale.unit=FALSE en argument de PCA().

Cordialement,

Maxime

[Augustin Soulard]

Merci beaucoup :)