XLconnectJars Rmarkdown bug avec R 4.0.0

[Jérémy Jachacz]

Bonjour,

J'ai un Rmarkdown qui fonctionne très bien sous R 3.6.1 mais à partir de R 4.0.0 il ne fonctionne plus.

je lance mon rmarkdown comme ceci :

Code : Tout sélectionner

rmarkdown::render("report_projet.Rmd", params = list(
  dep = c('79')),
  output_file = paste0('report_',
                       '.docx'))

à partir de mon 3eme chunk j'ai un message :

Code : Tout sélectionner


Quitting from lines 61-120 (report_.Rmd)
Error in library(p, character.only = TRUE) :
  there is no package called 'XLConnectJars'
 


Quand j’exécute uniquement ce chunk, je n'ai aucun message d'erreur !

Dans mon dossier library de R 3.6.1 j'ai bien un package de ce nom mais à aucun moment je le charge (je suppose qu'il est installé par dépendance à un autre),
Dans les dossiers library des versions >4.0.0 il n'y a pas ce package parce qu'il n'existe plus..

j'utilise le package openxlsx pour mes importer mes sources de données.

une idée ?

Jérémy

[Facundo Muñoz]

Bonjour Jérémy,

Ce serait utile de voir le code dans le chunk qui échoue (entre les lignes 61 et 120).
Il se peut qu'il y ait une fonction d'un autre package qui fait appel à XLConnectJars. Cependant, je ne vois pas pour quoi elle fonctionne en intéractif.

Essayez d'isoler le problème, pour trouver un exemple minimal qu'on puisse réproduire.

Cordialement,

[Jérémy Jachacz]

Bonjour,

Merci effectivement je cherchais pas au bon endroit..

En isolant ligne par ligne je ne trouvais rien, en testant ce chunk dans un nouveau Rmarkdown en chargeant les bons package tout fonctionnait..
Au final cela venait du cache Rmarkdown qui avait gardé ce package en mémoire..

Merci
Bonne journée