Suppression de données et création d'une nouvelle table (filter)

[Maxime de St Roman]

Bonjour à tous,

Je souhaite créer un nouveau tableau à partir d'une table existante afin de ne comparer que certaine modalités d'une expérimentation.
J'utilise pour cela la fonction filter. Par exemple ici je ne souhaite comparer entre elles uniquement les modalités avec rotation de culture

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Geranium<-dataMax%>%
  filter(Culture=="Geranium",Rota!="No_Rota")

J'utilise ensuite un test de kruskal-Wallis (car mes données ne sont pas normales) afin d'observer ou non des différences significatives.

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kmc<-kruskalmc(Geranium$Rdt_pied~Geranium$Traitement, probs=0.05)
print(kmc)   

Et je constate que le test détecte les modalités que j'ai pourtant filtré auparavant. (Les NAN Values correspondant à des comparaison avec des modalités que je pensais avoir enlevé.) Pourtant en affichant le tableau créé pour le test, les modalités sans rotations n'apparaissent pas.

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Multiple comparison test after Kruskal-Wallis
p.value: 0.05
Comparisons
             obs.dif critical.dif difference
G-G(1)     67.811111     61.97742       TRUE
G-G(2)     34.777778     61.97742      FALSE
G-G(3)      6.400000     61.97742      FALSE
G-G(4)      9.294444     61.97742      FALSE
G-G(A)           NaN          Inf         NA
G-G(H)           NaN          Inf         NA
G-G(S)           NaN          Inf         NA
G-G(T)           NaN          Inf         NA
G(1)-G(2) 102.588889     61.97742       TRUE
G(1)-G(3)  61.411111     61.97742      FALSE
G(1)-G(4)  77.105556     61.97742       TRUE
G(1)-G(A)        NaN          Inf         NA
G(1)-G(H)        NaN          Inf         NA
G(1)-G(S)        NaN          Inf         NA
G(1)-G(T)        NaN          Inf         NA
G(2)-G(3)  41.177778     61.97742      FALSE
G(2)-G(4)  25.483333     61.97742      FALSE
G(2)-G(A)        NaN          Inf         NA
G(2)-G(H)        NaN          Inf         NA
G(2)-G(S)        NaN          Inf         NA
G(2)-G(T)        NaN          Inf         NA
G(3)-G(4)  15.694444     61.97742      FALSE
G(3)-G(A)        NaN          Inf         NA
G(3)-G(H)        NaN          Inf         NA
G(3)-G(S)        NaN          Inf         NA
G(3)-G(T)        NaN          Inf         NA
G(4)-G(A)        NaN          Inf         NA
G(4)-G(H)        NaN          Inf         NA
G(4)-G(S)        NaN          Inf         NA
G(4)-G(T)        NaN          Inf         NA
G(A)-G(H)        NaN          Inf         NA
G(A)-G(S)        NaN          Inf         NA
G(A)-G(T)        NaN          Inf         NA
G(H)-G(S)        NaN          Inf         NA
G(H)-G(T)        NaN          Inf         NA
G(S)-G(T)        NaN          Inf         NA

Pour le moment je n'ai pas trouvé d'autres solutions que de copier le nouveau tableau (après filtrage) dans un doc excel et de l'importer à nouveau dans R mais je suppose qu'il existe des solutions plus propres...

Merci d'avance pour l'aide que vous pourriez apporter!

[Bastien Gamboa]

Bonjour,

Je suppose que Geranium$Traitement est un factor. Quand on subset un factor les modalités qui ne sont plus représentées restent des levels de ce facteur.
Vous pouvez supprimer les levels non-représentés après filtre via droplevels().

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Geranium <- droplevels(Geranium)

HTH,
Bastien

[Maxime de St Roman]

Effectivement!
Merci beaucoup et bonne journée !