Lecture fichier xls, lecture de dates et ajout colonne sous conditions entre 2 fichiers

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margot julien
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Lecture fichier xls, lecture de dates et ajout colonne sous conditions entre 2 fichiers

Messagepar margot julien » 14 Avr 2021, 06:38

Bonjour,

j'ai une grande quantité de fichiers xls et j'aimerais donc travailler à partir de xls au lieu de csv pour éviter de tout convertir. Voici un exemple de ce que je veux faire:
1) lire des fichiers météo en format xls, j'y arrive avec le code dessous, seulement il transforme bien le "?" en "NA" mais pas les espaces ou autres sigles comme "/", comment faire pour dire de transformer tous les sigles ou espaces en "NA"?

2) j'ai 2 types de fichiers: ici "meteoLieu1.xls" et "meteoLieu2.xls" contenant 3 paramètres météo (col 2,3 et 4) pour chaque date (col1), la date est au format YYYYMMDD (on a donc un fichier par lieu avec plusieurs paramètres météo); puis le fichier "meteoParametre4Allsite.xls" contenant un 4ème paramètre météo en colonne 3 et pour tous les lieux dans un seul fichier, donc on a une colonne lieu (col1) et la colonne date est en postition2.
J'aimerais ajouter dans les fichiers "meteoLieu1.xls" et "meteoLieu2.xls" le paramètre 4 dans une nouvelle colonne qui est dans "meteoParametre4Allsite.xls" pour le lieu et la date correspondants.

Les lieux sont des facteurs et les paramètres météo: par1, par2 et par3, sont numériques, par4 est une info booléenne, comment déclarer ça avec des fichiers xls?

Auriez-vous une idée de script pour faire tout ça svp?
Merci par avance,
M.

Code : Tout sélectionner

setwd ("D:\\Rfiles\\xls")

library(readxl)
meteoLieu1<-read_excel("meteoLieu1.xlsx", 1, col_names = TRUE, na = "?")
meteoLieu1

meteoLieu2<-read_excel("meteoLieu1.xlsx", 1, col_names = TRUE, na = "?")
meteoLieu2

meteoParametre4All<-read_excel("meteoParametre4All.xlsx", 1, col_names = TRUE, na = "?")
meteoParametre4All


> meteoLieu1<-read_excel("meteoLieu1.xlsx", 1, col_names = TRUE, na = "?")
> meteoLieu1
# A tibble: 17 x 4
date par1 par2 par3
<dbl> <dbl> <dbl> <dbl>
1 19820101 3 5 7
2 19820102 3 6 8
3 19820103 3 7 9
4 19820104 3 8 10
5 19820105 3 9 11
6 19820106 3 10 12
7 19820107 3 11 13
8 19820108 3 12 14
9 19820109 3 13 15
10 19820110 3 NA 16
11 19820111 3 15 17
12 19820112 3 16 18
13 19820113 3 17 19
14 19820114 3 18 20
15 19820115 3 19 21
16 19820116 3 20 22
17 19820117 3 21 23
>

> meteoLieu2<-read_excel("meteoLieu2.xlsx", 1, col_names = TRUE, na = "?")
> meteoLieu2
# A tibble: 17 x 4
date par1 par2 par3
<dbl> <dbl> <dbl> <dbl>
1 19820101 40 10 90
2 19820102 1 NA 9
3 19820103 -38 -6 -72
4 19820104 -77 -14 -153
5 19820105 -116 -22 -234
6 19820106 -155 -30 -315
7 19820107 -194 -38 -396
8 19820108 -233 -46 -477
9 19820109 -272 -54 -558
10 19820110 -311 -62 -639
11 19820111 -350 -70 -720
12 19820112 -389 -78 -801
13 19820113 -428 -86 -882
14 19820114 -467 -94 -963
15 19820115 -506 -102 -1044
16 19820116 -545 -110 -1125
17 19820117 -584 -118 -1206
les chiffres négatifs apparaissaient en rouge, c'est normal?

> meteoParametre4All<-read_excel("meteoParametre4All.xlsx", 1, col_names = TRUE, na = "?")
> meteoParametre4All
# A tibble: 51 x 3
lieu date parametre4
<chr> <dbl> <chr>
1 lieu1 19820101 0
2 lieu1 19820102 NA
3 lieu1 19820103 0
4 lieu1 19820104 0
5 lieu1 19820105 1
6 lieu1 19820106 0
7 lieu1 19820107 1
8 lieu1 19820108 NA
9 lieu1 19820109 0
10 lieu1 19820110 /
# ... with 41 more rows
ici il transforme bien le "?" en "NA" mais pas les espaces ou autres sigles comme "/", comment faire?

Fred Santos
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Re: Lecture fichier xls, lecture de dates et ajout colonne sous conditions entre 2 fichiers

Messagepar Fred Santos » 14 Avr 2021, 06:44

margot julien a écrit :Bonjour,

j'ai une grande quantité de fichiers xls et j'aimerais donc travailler à partir de xls au lieu de csv pour éviter de tout convertir.

Salut,

Je ne me prononce pas sur le fond de ta question car je n'ai pas trop l'habitude des fichiers Excel ni des dates, mais je rebondis juste là-dessus. Si LibreOffice est installé chez toi, il est aisé de convertir d'un seul coup tous tes fichiers xls(x) en csv en exécutant simplement dans une console système :

Code : Tout sélectionner

libreoffice --headless --convert-to csv *

dans le dossier contenant tous tes fichiers xls(x). Généralement, je préfère faire ça que de me traîner les potentiels problèmes inhérents au format Excel (qui réserve quand même parfois des surprises inattendues) dans la suite des analyses.

Pour le reste, je laisse mes camarades plus éclairés s'exprimer :-)

margot julien
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Re: Lecture fichier xls, lecture de dates et ajout colonne sous conditions entre 2 fichiers

Messagepar margot julien » 14 Avr 2021, 07:29

Bonjour,
merci beaucoup déjà pour cette partie de réponse, c'est une info intéressante qui me sera probablement très utile :)
M.

Pierre-Yves Berrard
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Re: Lecture fichier xls, lecture de dates et ajout colonne sous conditions entre 2 fichiers

Messagepar Pierre-Yves Berrard » 14 Avr 2021, 07:38

Bonjour,
Pour la question 1), on peut renseigner un vecteur comme paramètre :

Code : Tout sélectionner

na c("?""/"" "
PY

margot julien
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Re: Lecture fichier xls, lecture de dates et ajout colonne sous conditions entre 2 fichiers

Messagepar margot julien » 14 Avr 2021, 08:22

Bonjour,

merci déjà une étape de résolue :)

Pierre-Yves Berrard
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Re: Lecture fichier xls, lecture de dates et ajout colonne sous conditions entre 2 fichiers

Messagepar Pierre-Yves Berrard » 14 Avr 2021, 08:56

Sous réserve d'avoir bien compris, je procéderais ainsi :

  • ajouter une colonne `lieu` à meteoLieu1 et meteoLieu2, elle vaudra "lieu1" partout pour le 1er et "lieu2" partout pour le 2e ;
  • apparier (`dplyr::left_join` ou `merge`) meteoLieu1 et meteoParametre4All par (by) `date` et `lieu`
  • apparier (`dplyr::left_join` ou `merge`) meteoLieu2 et meteoParametre4All par (by) `date` et `lieu`
PY

margot julien
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Re: Lecture fichier xls, lecture de dates et ajout colonne sous conditions entre 2 fichiers

Messagepar margot julien » 14 Avr 2021, 09:50

Merci beaucoup, cela fonctionne pour les colonnes de l'ajoute du paramètre 4, voici le code dessous. Savez-vous comment automatiser l'ajout de la colonne lieu avec le lieu correspondant dans les fichiers svp?

En réalité mes fichiers météo sont nombreux et portent le nom du lieu, donc "lieu1" et "lieu2" etc.. et sont tous dans un même dossier , peut-on dire à R : d'ouvrir tous les fichiers dans le dossier, d'ajouter une colonne "Lieu" dans chacun des fichiers météo nommés: "lieu1" et "lieu2" etc.. , de remplir la colonne avec le nom du fichier xls ("lieu1" pour le fichier lieu 1; "lieu2" pour le fichier lieu 2 etc..) et de réenregistrer les fichiers.

si on arrive à faire ça et maintenant que le merge manuellement fonctionne, y a t il un moyen d'automatiser aussi le merge avec le fichier "meteoParametre4All" par lieux et dates?

Code : Tout sélectionner

setwd ("D:\\Rfiles\\xls")

library(readxl)
Lieu1<-read_excel("Lieu1.xlsx", 1, col_names = TRUE, na = c("?", "/", " ", "-"))
Lieu1

Lieu2<-read_excel("Lieu2.xlsx", 1, col_names = TRUE,na = c("?", "/", " ", "-"))
Lieu2

meteoParametre4All<-read_excel("meteoParametre4All.xlsx", 1, col_names = TRUE, na = c("?", "/", " ", "-"))
meteoParametre4All

#ajout colonne lieux dans meteoLieu1 et meteoLieu2
vec <- "lieu1"                 
vec 
Lieu1$lieu <- vec

vec2 <- "lieu2"                 
vec2
Lieu2$lieu <- vec2

#merge fichier meteoLieu1 et fichier meteoParametre4All
Lieu1V2<- merge(Lieu1, meteoParametre4All, by=c("lieu","date"))
Lieu2V2<- merge(Lieu2, meteoParametre4All, by=c("lieu","date"))


le résultat donne ceci:
> Lieu1V2
lieu date par1 par2 par3 parametre4
1 lieu1 19820101 3 5 7 0
2 lieu1 19820102 3 6 8 NA
3 lieu1 19820103 3 7 9 0
4 lieu1 19820104 3 8 10 0
5 lieu1 19820105 3 9 11 1
6 lieu1 19820106 3 10 12 0
7 lieu1 19820107 3 11 13 1
8 lieu1 19820108 3 12 14 NA
9 lieu1 19820109 3 13 15 0
10 lieu1 19820110 3 NA 16 NA
11 lieu1 19820111 3 15 17 0
12 lieu1 19820112 3 16 18 0
13 lieu1 19820113 3 17 19 0
14 lieu1 19820114 3 18 20 0
15 lieu1 19820115 3 19 21 0
16 lieu1 19820116 3 20 22 0
17 lieu1 19820117 3 21 23 0
> Lieu2V2
lieu date par1 par2 par3 parametre4
1 lieu2 19820101 40 10 90 0
2 lieu2 19820102 1 NA 9 0
3 lieu2 19820103 -38 -6 -72 NA
4 lieu2 19820104 -77 -14 -153 0
5 lieu2 19820105 -116 -22 -234 1
6 lieu2 19820106 -155 -30 -315 0
7 lieu2 19820107 -194 -38 -396 1
8 lieu2 19820108 -233 -46 -477 1
9 lieu2 19820109 -272 -54 -558 0
10 lieu2 19820110 -311 -62 -639 0
11 lieu2 19820111 -350 -70 -720 0
12 lieu2 19820112 -389 -78 -801 0
13 lieu2 19820113 -428 -86 -882 0
14 lieu2 19820114 -467 -94 -963 0
15 lieu2 19820115 -506 -102 -1044 0
16 lieu2 19820116 -545 -110 -1125 0
17 lieu2 19820117 -584 -118 -1206 0

Mickael Canouil
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Re: Lecture fichier xls, lecture de dates et ajout colonne sous conditions entre 2 fichiers

Messagepar Mickael Canouil » 14 Avr 2021, 10:58

Bonjour,

en reprenant et généralisant votre code, pas forcément 100 % en adéquation avec les données réelles, mais l'idée est la même :

Code : Tout sélectionner

library(readxl)
list_lieu_v2 <- lapply(
  X = paste0("Lieu", 1:2),
  meteoParametre4All = read_excel("meteoParametre4All.xlsx", 1, col_names = TRUE, na = c("?", "/", " ", "-")),
  FUN = function(lieu, meteoParametre4All) {
    tbl <-  read_excel(paste0(lieu, ".xlsx"), 1, col_names = TRUE, na = c("?", "/", " ", "-"))
    tbl[["lieu"]] <- tolower(lieu)
    merge(tbl, meteoParametre4All, by = c("lieu", "date"))
  }

Ce code donne une liste de data.frame (tibble), qu'on peut aggréger avec dplyr::bind_rows(list_lieu_v2) ou encore do.call("rbind", list_lieu_v2).

Cordialement,
Mickaël
mickael.canouil.fr | rlille.fr

jean lobry
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Re: Lecture fichier xls, lecture de dates et ajout colonne sous conditions entre 2 fichiers

Messagepar jean lobry » 14 Avr 2021, 16:28

Fred Santos a écrit :Salut,

Je ne me prononce pas sur le fond de ta question car je n'ai pas trop l'habitude des fichiers Excel ni des dates, mais je rebondis juste là-dessus. Si LibreOffice est installé chez toi, il est aisé de convertir d'un seul coup tous tes fichiers xls(x) en csv en exécutant simplement dans une console système :

Code : Tout sélectionner

libreoffice --headless --convert-to csv *

dans le dossier contenant tous tes fichiers xls(x). Généralement, je préfère faire ça que de me traîner les potentiels problèmes inhérents au format Excel (qui réserve quand même parfois des surprises inattendues) dans la suite des analyses.

Pour le reste, je laisse mes camarades plus éclairés s'exprimer :-)


Bonjour Fred,

merci pour l'astuce ! C'est excellent que de savoir que l'on peut se débarrasser en une ligne de commande des formats propriétaires toxiques.

Bien amicalement,

jean lobry

margot julien
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Re: Lecture fichier xls, lecture de dates et ajout colonne sous conditions entre 2 fichiers

Messagepar margot julien » 14 Avr 2021, 17:54

Mickael Canouil a écrit :Bonjour,

en reprenant et généralisant votre code, pas forcément 100 % en adéquation avec les données réelles, mais l'idée est la même :

Code : Tout sélectionner

library(readxl)
list_lieu_v2 <- lapply(
  X = paste0("Lieu", 1:2),
  meteoParametre4All = read_excel("meteoParametre4All.xlsx", 1, col_names = TRUE, na = c("?", "/", " ", "-")),
  FUN = function(lieu, meteoParametre4All) {
    tbl <-  read_excel(paste0(lieu, ".xlsx"), 1, col_names = TRUE, na = c("?", "/", " ", "-"))
    tbl[["lieu"]] <- tolower(lieu)
    merge(tbl, meteoParametre4All, by = c("lieu", "date"))
  }
)

Ce code donne une liste de data.frame (tibble), qu'on peut aggréger avec dplyr::bind_rows(list_lieu_v2) ou encore do.call("rbind", list_lieu_v2).

Cordialement,


Bonsoir,
merci beaucoup, c'est vraiment super, ça va beaucoup m'aider!
ça fonctionne maintenant mais quand j'écrit le fichier "list_lieu_v2", ça me colle les tableaux des lieux les uns à côté des autres.
Je m'explique, quand j'appelle sur R "list_lieu_v2", j'ai les fichiers les uns sous les autres comme ceci:

> list_lieu_v2
[[1]]
lieu date par1 par2 par3 parametre4
1 lieu1 19820101 3 5 7 0
2 lieu1 19820102 3 6 8 NA
3 lieu1 19820103 3 7 9 0
4 lieu1 19820104 3 8 10 0
5 lieu1 19820105 3 9 11 1
6 lieu1 19820106 3 10 12 0
7 lieu1 19820107 3 11 13 1
8 lieu1 19820108 3 12 14 NA
9 lieu1 19820109 3 13 15 0
10 lieu1 19820110 3 NA 16 NA
11 lieu1 19820111 3 15 17 0
12 lieu1 19820112 3 16 18 0
13 lieu1 19820113 3 17 19 0
14 lieu1 19820114 3 18 20 0
15 lieu1 19820115 3 19 21 0
16 lieu1 19820116 3 20 22 0
17 lieu1 19820117 3 21 23 0

[[2]]
lieu date par1 par2 par3 parametre4
1 lieu2 19820101 40 10 90 0
2 lieu2 19820102 1 NA 9 0
3 lieu2 19820103 -38 -6 -72 NA
4 lieu2 19820104 -77 -14 -153 0
5 lieu2 19820105 -116 -22 -234 1
6 lieu2 19820106 -155 -30 -315 0
7 lieu2 19820107 -194 -38 -396 1
8 lieu2 19820108 -233 -46 -477 1
9 lieu2 19820109 -272 -54 -558 0
10 lieu2 19820110 -311 -62 -639 0
11 lieu2 19820111 -350 -70 -720 0
12 lieu2 19820112 -389 -78 -801 0
13 lieu2 19820113 -428 -86 -882 0
14 lieu2 19820114 -467 -94 -963 0
15 lieu2 19820115 -506 -102 -1044 0
16 lieu2 19820116 -545 -110 -1125 0
17 lieu2 19820117 -584 -118 -1206 0


mais quand j'écris le fichier avec le code

Code : Tout sélectionner

write.csv2(list_lieu_v2, "liste.csv")
, j'obtiens ceci
lieu date par1 par2 par3 parametre4 lieu.1 date.1 par1.1 par2.1 par3.1 parametre4.1
1 lieu1 19820101 3 5 7 0 lieu2 19820101 40 10 90 0
2 lieu1 19820102 3 6 8 NA lieu2 19820102 1 NA 9 0
3 lieu1 19820103 3 7 9 0 lieu2 19820103 -38 -6 -72 NA
4 lieu1 19820104 3 8 10 0 lieu2 19820104 -77 -14 -153 0
5 lieu1 19820105 3 9 11 1 lieu2 19820105 -116 -22 -234 1
6 lieu1 19820106 3 10 12 0 lieu2 19820106 -155 -30 -315 0
7 lieu1 19820107 3 11 13 1 lieu2 19820107 -194 -38 -396 1
8 lieu1 19820108 3 12 14 NA lieu2 19820108 -233 -46 -477 1
9 lieu1 19820109 3 13 15 0 lieu2 19820109 -272 -54 -558 0
10 lieu1 19820110 3 NA 16 NA lieu2 19820110 -311 -62 -639 0
11 lieu1 19820111 3 15 17 0 lieu2 19820111 -350 -70 -720 0
12 lieu1 19820112 3 16 18 0 lieu2 19820112 -389 -78 -801 0
13 lieu1 19820113 3 17 19 0 lieu2 19820113 -428 -86 -882 0
14 lieu1 19820114 3 18 20 0 lieu2 19820114 -467 -94 -963 0
15 lieu1 19820115 3 19 21 0 lieu2 19820115 -506 -102 -1044 0
16 lieu1 19820116 3 20 22 0 lieu2 19820116 -545 -110 -1125 0
17 lieu1 19820117 3 21 23 0 lieu2 19820117 -584 -118 -1206 0


comment faire pour réécrire un fichier par lieu, idéalement en csv svp?

Ensuite, j'ai une autre question: dans le code ici, on lui dit de faire le travail pour les lieu 1 à 2

Code : Tout sélectionner

"list_lieu_v2 <- lapply(
  X = paste0("Lieu", 1:2)


j'ai oublié une précision:
mes lieux s'appellent en réalité en toute lettres donc par exemple le fichier "lieu 1" est en réalité "NANTES" et le fichier "lieu2" = "AMIENS" (à la base ils étaient en .txt c'est moi qui les ai basculé sur un xls), comment faire tourner cette boucle et ajouter la colonne lieu si mes lieux ne sont pas numérotés?

et est-ce que cela pose problème si un des lieux n'apparait pas dans le fichier "meteoParametre4All" et que du coup je veux quand même ajouter une colonne "parametre4" à ce lieu avec uniquement des "NA" dedans?

Merci par avance pour votre aide.
Bien à vous,
M.

margot julien
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Re: Lecture fichier xls, lecture de dates et ajout colonne sous conditions entre 2 fichiers

Messagepar margot julien » 15 Avr 2021, 11:00

Fred Santos a écrit :
margot julien a écrit :Bonjour,

j'ai une grande quantité de fichiers xls et j'aimerais donc travailler à partir de xls au lieu de csv pour éviter de tout convertir.

Salut,

Je ne me prononce pas sur le fond de ta question car je n'ai pas trop l'habitude des fichiers Excel ni des dates, mais je rebondis juste là-dessus. Si LibreOffice est installé chez toi, il est aisé de convertir d'un seul coup tous tes fichiers xls(x) en csv en exécutant simplement dans une console système :

Code : Tout sélectionner

libreoffice --headless --convert-to csv *

dans le dossier contenant tous tes fichiers xls(x). Généralement, je préfère faire ça que de me traîner les potentiels problèmes inhérents au format Excel (qui réserve quand même parfois des surprises inattendues) dans la suite des analyses.

Pour le reste, je laisse mes camarades plus éclairés s'exprimer :-)


Hello,

encore merci pour l'astuce, j'ai téléchargé libreoffice et testé et ça ne fonctionne pas mais je dois faire quelque chose de faux.

Je me mets dans le dossier dans lequel j'ai les fichierx xls à transformer en csv, j'ouvre un terminal windows poweshell avec maj et clique droite. Puis je rentre la ligne de code et j'ai le message suivant:

PS E:\Rfiles\xlsENcsv> libreoffice --headless --convert-to csv *
libreoffice : Le terme «libreoffice» n'est pas reconnu comme nom d'applet de commande, fonction, fichier de script ou
programme exécutable. Vérifiez l'orthographe du nom, ou si un chemin d'accès existe, vérifiez que le chemin d'accès
est correct et réessayez.
Au caractère Ligne:1 : 1
+ libreoffice --headless --convert-to csv *
+ ~~~~~~~~~~~
+ CategoryInfo : ObjectNotFound: (libreoffice:String) [], CommandNotFoundException
+ FullyQualifiedErrorId : CommandNotFoundException

PS E:\Rfiles\xlsENcsv>

Eric Casellas
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Re: Lecture fichier xls, lecture de dates et ajout colonne sous conditions entre 2 fichiers

Messagepar Eric Casellas » 15 Avr 2021, 11:22

Bonjour,

'ai téléchargé libreoffice et testé et ça ne fonctionne pas mais je dois faire quelque chose de faux.


A priori le soucis est dans ce qui est dit dans le message d'erreur : ou si un chemin d'accès existe, vérifiez que le chemin d'accès
est correct et réessayez.
Il ne sais pas où trouver l’exécutable libreoffice, tu peut soit lui donner le chemin complet ou bien ajouter à la variable d'environnement PATH le chemin qui le contient (https://www.pcastuces.com/pratique/astuces/5334.htm)

Eric
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margot julien
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Re: Lecture fichier xls, lecture de dates et ajout colonne sous conditions entre 2 fichiers

Messagepar margot julien » 15 Avr 2021, 17:43

Eric Casellas a écrit :Bonjour,

'ai téléchargé libreoffice et testé et ça ne fonctionne pas mais je dois faire quelque chose de faux.


A priori le soucis est dans ce qui est dit dans le message d'erreur : ou si un chemin d'accès existe, vérifiez que le chemin d'accès
est correct et réessayez.
Il ne sais pas où trouver l’exécutable libreoffice, tu peut soit lui donner le chemin complet ou bien ajouter à la variable d'environnement PATH le chemin qui le contient (https://www.pcastuces.com/pratique/astuces/5334.htm)

Eric


Bonsoir,
merci pour le conseil et le lien, je vais regarder.
M.

Mickael Canouil
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Re: Lecture fichier xls, lecture de dates et ajout colonne sous conditions entre 2 fichiers

Messagepar Mickael Canouil » 16 Avr 2021, 13:14

Je ne suis pas sûr de comprendre pourquoi un logiciel externe est nécessaire pour traiter les fichiers de type Excel.
Devoir installer LibreOffice pour pouvoir utiliser R (en exagérant un peu), me semble farfelue comme idée et surtout pas du tout portable/reproductible.
Mickaël
mickael.canouil.fr | rlille.fr


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