récupération sous R de fichiers Splus

[Stévenot Catherine]

Bonjour
En 2000, je travaillais avec S+. Aujourd'hui, je dois reprendre un dossier sous R mais je n'arrive pas à ouvrir les fichiers S+. Avez-vous déjà été confronté à ce problème ?

[Eric Wajnberg]

Etes-vous sûre de ceci ? J'ai longuement travaillé également avec Splus et n'ai jamais eu de problème de compatibilité pour passer à R.

Quel message d'erreur obtenez-vous ?

Cordialement, Eric.

[Stévenot Catherine]

j'obtiens le message d'erreur :

Error in read.table("~/CinetAcidif/classpH/noeudsclassification") :
début de fichier vide
De plus : Warning messages:
1: In read.table("~/CinetAcidif/classpH/noeudsclassification") :
line 1 appears to contain embedded nulls
2: In read.table("~/CinetAcidif/classpH/noeudsclassification") :
incomplete final line found by readTableHeader on '~/CinetAcidif/classpH/noeudsclassification'

[Eric Wajnberg]

read.table() est une fonction qui lit un fichier externe à R (généralement un fichier texte) pour l'importer dans R. Il n'y là je pense aucun rapport avec une compatibilité éventuelle entre R et Splus.

Il faudrait regarder ce qu'il y a dans le fichier que vous voulez importer ainsi dans R pour comprendre la signification des messages d'erreur que vous obtenez. Au besoin, la fonction file.show() pourrait vous être utile.

Tenez-nous informés.

HTH, Eric.

[Facundo Muñoz]

Bonjour,
ç'a l'air d'être un problème de codification de caractères spéciaux du fichier noeudsclassification.
Avez-vous changé de système de codification depuis (e.g. iso-8859-1 avant, utf-8 maintenant) ?

Quelques options :
- Essayer d'examiner le ficher avec un éditeur de texte avancé pour le corriger.
- Essayer l'option fileEncoding = 'iso-8859-1' (par exemple) de la fonction read.table().
- Essayer avec de parties du fichier (e.g. les 100 premières lignes, puis les 50, etc.) pour identifier le morceau problématique.
- Envoyer le fichier au forum pour qu'on puisse l'examiner.

Cordialement,

[Mickael Canouil]

Bonjour,

peut-être passer par readLines ou scan pour éviter les différents paramètres de formatages et ainsi se rendre compte de l'encodage si c'est celui-ci qui pose problème.

Cordialement,

[Stévenot Catherine]

Bonjour,
merci pour vos retours.

J'ai tenté les solutions que vous m'avez proposé, sans grand succès :

file.show() donne le même résultat que l'ouverture directement avec le bloc-notes :
S data
  ˆÃ@ XË@ ”Ñ@ |Õ@ XÛ@ ˆã@ Ûê@

m<-scan(file="noeudsclassification")
Error in scan(file = "noeudsclassification") :
scan() attendait 'a real' et a reçu 'data
'

m<-readLines("~/CinetAcidif/classpH/noeudsclassification")
Warning messages:
1: In readLines("~/CinetAcidif/classpH/noeudsclassification") :
la ligne 1 contient un caractère nul
2: In readLines("~/CinetAcidif/classpH/noeudsclassification") :
ligne finale incomplète trouvée dans '~/CinetAcidif/classpH/noeudsclassification'

Il n'y a pas eu non plus de changement de système.

Une autre suggestion ?

Cordialement

[Eric Wajnberg]

De toute évidence, le fichier que vous voulez lire n'est pas un fichier texte (ce qui doit être le cas avec read.line(), read.table(), etc.). Avec quel logiciel ce fichier avait-il été créé ? C'est le cœur de votre problème, je pense.

HTH, Eric.

[Facundo Muñoz]

Il paraît qu'a été créé avec S-Plus.

Ceci [1] peut vous aider. Il paraît que le package foreign permet de importer des données exportées depuis S-PLUS en format binaire. Mais la fonction à utiliser dépend de la méthode d'exportation et de la version de S-Plus.
Si vous n'avez pas les détails, il va falloir tester les différentes possibilités.

Cordialement,

[1] https://colinfay.me/r-data-import-expor ... stems.html

[Stévenot Catherine]

Super ! j'ai réussi à récupérer mes données avec la fonction read.S du package foreign.

merci beaucoup à tous pour votre aide

Cordialement