comment utiliser dunn.test?

[bonardet nathalie]

Bonjour à tous,
Je souhaite réaliser le test de dunn en post-hoc de friedman: pouvoir comparer 2 à 2 des revêtements de sol et montrer les résultats sur un graphique type boxplot.
Avant qu'on me demande d'utiliser dunn, j'utilisais le code suivant avec un wilcoxon qui fonctionnait très bien. Je ne trouve pas la même correspondance avec dunn.

p<-ggplot(data2, aes(x= revetements, y=Vmoyen, fill=SituaVisuelle )) + geom_boxplot()
p+stat_compare_means(method='wilcox.test',label='p.format',ref.group = "1",paired = TRUE)

Pouvez vous m'aider?
Bien cordialement

[Mickael Canouil]

Bonjour,

tout d'abord :

• Qu'est-ce qu'un code reproductible ?
• Comment insérer des données dans un message ?
• FAQ: What's a reproducible example (`reprex`) and how do I do one?

En supposant que "stat_compare_means" est une fonction de l'extension {ggpubr} et donc dépend de "ggsignif::geom_signif".
La documentation indique que pour que la méthode soit valide, il faut que celle-ci existe et renvoi une liste dont l'un des éléments se nomme "p.value".

test the name of the statistical test that is applied to the values of the 2 columns (e.g. `t.test`, `wilcox.test` etc.). If you implement a custom test make sure that it returns a list that has an entry called `p.value`.

Encore une fois, comme vous n'indiquez pas la provenance des fonctions, si on suppose que le test est celui implémenté dans l'extension {dunn.test}, la documentation montre que le pré-requis ci-dessus n'est pas satisfait.

Il vous faut donc, soit changer d'approche avec {ggsignif} / {ggpubr}, soit définir une nouvelle fonction/test ne faisant que renommer la sortie pour que "p.value=P".

Je vous renvoie vers les documentations de {ggsignif} et {ggpubr}, qui détaillent en exemple comment faire (dans l'hypothèse où c'est bien ces extensions que vous utilisez).

Cordialement,