[Résolu] Erreur à l'utilisation de {groundhog}

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Fred Santos
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[Résolu] Erreur à l'utilisation de {groundhog}

Messagepar Fred Santos » 14 Nov 2021, 07:09

Bonjour,

J'ai déjà noté sur plusieurs systèmes (Linux) un comportement assez curieux du package {groundhog}. Prenons un système frais, sur lequel R vient juste d'être installé. On exécute :

Code : Tout sélectionner

install.packages("groundhog")
library("groundhog")

et jusqu'ici tout se passe bien. Puis, pour installer un package quelconque avec {groundhog}, j'obtiens l'erreur suivante lorsque j'exécute ceci dans une bête console R :

Code : Tout sélectionner

> groundhog.library("faraway", date = "2021-10-15")

groundhog says:
The date you entered, '2021-10-15' requires updating your local database
with the list of all CRAN package-versions (cran.toc.rds)
essai de l'URL 'http://groundhogR.com/cran.times.rds'
Error in download.file(paste0(groundhogR.url, "cran.times.rds"), times.path,  :
  impossible d'ouvrir l'URL 'http://groundhogR.com/cran.times.rds'
De plus : Message d'avis :
Dans download.file(paste0(groundhogR.url, "cran.times.rds"), times.path,  :
  ouverture de l’URL 'http://groundhogR.com/cran.times.rds' impossible : le statut HTTP était '404 Not Found'
essai de l'URL 'http://groundhogR.com/cran.toc.rds'
Error in download.file(paste0(groundhogR.url, "cran.toc.rds"), toc.path,  :
  impossible d'ouvrir l'URL 'http://groundhogR.com/cran.toc.rds'
De plus : Message d'avis :
Dans download.file(paste0(groundhogR.url, "cran.toc.rds"), toc.path,  :
  ouverture de l’URL 'http://groundhogR.com/cran.toc.rds' impossible : le statut HTTP était '404 Not Found'
essai de l'URL 'http://groundhogR.com/missing.mran.dates.rds'
Error in download.file(paste0(groundhogR.url, "missing.mran.dates.rds"),  :
  impossible d'ouvrir l'URL 'http://groundhogR.com/missing.mran.dates.rds'
De plus : Message d'avis :
Dans download.file(paste0(groundhogR.url, "missing.mran.dates.rds"),  :
  ouverture de l’URL 'http://groundhogR.com/missing.mran.dates.rds' impossible : le statut HTTP était '404 Not Found'
Erreur dans gzfile(file, "rb") : impossible d'ouvrir la connexion
De plus : Message d'avis :
Dans gzfile(file, "rb") :
  impossible d'ouvrir le fichier compressé '/home/fsantos/R_groundhog/groundhog_library//cran.times.rds', cause probable : 'Aucun fichier ou dossier de ce type'


Là où l'étonnant arrive, c'est que l'exacte même instruction fonctionne très bien lorsqu'elle est exécutée dans Rstudio, et qu'elle "débloque" en quelque sorte l'utilisation de {groundhog} à travers la console R pour toute la suite.

La documentation de {groundhog} ne mentionne rien à ce sujet (ou alors j'ai été inattentif). Quelle peut être l'origine de ce problème ?

Merci !

Mickael Canouil
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Re: Erreur à l'utilisation de {groundhog}

Messagepar Mickael Canouil » 15 Nov 2021, 09:19

Bonjour Fred,

ça ressemble à une différence de paramétrage de R par rapport à R via RStdudio (il ajoute/modifie des options), en particulier au niveau des options liées aux connections http/https.

Comme c'est sous UNIX, peut-être changer la méthode utilisé pour télécharger les fichiers ?
download.file.method:
Method to be used for download.file. Currently download methods "internal", "wininet" (Windows only), "libcurl", "wget" and "curl" are available. If not set, method = "auto" is chosen: see download.file.

https://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/l ... tions.html

Sinon, il faut ouvrir une issue => https://github.com/CredibilityLab/groundhog/issues
Mickaël
mickael.canouil.fr | rlille.fr

Fred Santos
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Re: Erreur à l'utilisation de {groundhog}

Messagepar Fred Santos » 15 Nov 2021, 16:28

Salut et merci Mickael !
C'était prometteur, mais j'ai essayé toutes les méthodes et aucune ne fonctionnait... Je vais effectivement ouvrir une issue et je reviendrai poster une éventuelle solution ;)
Merci !


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