deuxième question de la journée sur la fonction 'niche' dans ade4 :)
'niche' décrit la position des niches écologiques des espèces dans l'espace défini par les variables environnementale.
Il est ensuite possible de tester, par un test de permutation, si la position de la niche de chaque espèce est significativement différente de l'origine (et donc que l'espèce présente une préférence pour certaines conditions environnementales.
Mais comment faire le meme test entre les positions des deux espèces?
Un exemple simplifié avec 2 espèces ci-dessous
Code : Tout sélectionner
#dataset environnement
a<-c(0.18,0.25,0.77,1.26,1.30,1.22)
b<-c(0.63,2.91,0.29,1.04, 1.5,1.06)
env<-cbind(a,b)
dudi1 <- dudi.pca(env, scale = TRUE, scan = FALSE, nf = 3)
#dataset abondances d'espèces
sp1<-c(0,0,22,30,27,32)
sp2<-c(74,94,27,0,1,2)
sp<-cbind.data.frame(sp1,sp2)
#calcul de la niche
library(ade4)
nic1 <- niche(dudi1, sp, scann = FALSE)
plot(nic1)#on voit que les deux espèces occupent des portosn de l'espace différentes
rtest(nic1)#test de permutation: les deux espèces occupent des espaces différents de l'origine du plan
#comment faire pour tester que les espaces occupés par les espèces sont bien différents?
Merci d'avance!!!