Mise à jour R 4.2 installation de Tidyverse et Afex impossible

[Alain Blanchet]

Bonjour,

Après la mise à jour R 4.2 qui se fait automatiquement avec Kubuntu. Les packages Tidyverse et Afex ne sont plus opérationnels et je n'arrive pas à les réinstaller.
Pouvez-vous m'aider à résoudre ce problème ?
Merci à vous
Très cordialement
AB

[Mickael Canouil]

Bonjour,

difficile de saisir la nature du problème sans information, message de log, etc.

Classiquement :

Code : Tout sélectionner

install.packages("tidyverse") 

Cordialement,

[Alain Blanchet]

Bonjour,
Je crains que ce soit un peu long, mais voici la réponse à install.packages("tidyverse") :
install.packages("tidyverse")
Installation du package dans ‘/home/alain/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.2’
(car ‘lib’ n'est pas spécifié)
installation des dépendances ‘broom’, ‘dbplyr’, ‘dplyr’, ‘dtplyr’, ‘modelr’, ‘rvest’, ‘tidyr’

essai de l'URL 'https://cloud.r-project.org/src/contrib/broom_0.8.0.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 640392 bytes (625 KB)
==================================================
downloaded 625 KB

essai de l'URL 'https://cloud.r-project.org/src/contrib/dbplyr_2.1.1.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 581845 bytes (568 KB)
==================================================
downloaded 568 KB

essai de l'URL 'https://cloud.r-project.org/src/contrib/dplyr_1.0.9.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 957637 bytes (935 KB)
==================================================
downloaded 935 KB

essai de l'URL 'https://cloud.r-project.org/src/contrib/dtplyr_1.2.1.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 288369 bytes (281 KB)
==================================================
downloaded 281 KB

essai de l'URL 'https://cloud.r-project.org/src/contrib/modelr_0.1.8.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 121333 bytes (118 KB)
==================================================
downloaded 118 KB

essai de l'URL 'https://cloud.r-project.org/src/contrib/rvest_1.0.2.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 94357 bytes (92 KB)
==================================================
downloaded 92 KB

essai de l'URL 'https://cloud.r-project.org/src/contrib/tidyr_1.2.0.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 744570 bytes (727 KB)
==================================================
downloaded 727 KB

essai de l'URL 'https://cloud.r-project.org/src/contrib/tidyverse_1.3.1.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 702779 bytes (686 KB)
==================================================
downloaded 686 KB

* installing *source* package ‘dplyr’ ...
** package ‘dplyr’ correctement décompressé et sommes MD5 vérifiées
** using staged installation
** libs
g++ -std=gnu++14 -I"/usr/share/R/include" -DNDEBUG -fpic -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/r-base-apO4Ea/r-base-4.2.0=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -c chop.cpp -o chop.o
g++ -std=gnu++14 -I"/usr/share/R/include" -DNDEBUG -fpic -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/r-base-apO4Ea/r-base-4.2.0=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -c filter.cpp -o filter.o
g++ -std=gnu++14 -I"/usr/share/R/include" -DNDEBUG -fpic -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/r-base-apO4Ea/r-base-4.2.0=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -c funs.cpp -o funs.o
g++ -std=gnu++14 -I"/usr/share/R/include" -DNDEBUG -fpic -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/r-base-apO4Ea/r-base-4.2.0=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -c group_by.cpp -o group_by.o
g++ -std=gnu++14 -I"/usr/share/R/include" -DNDEBUG -fpic -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/r-base-apO4Ea/r-base-4.2.0=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -c group_data.cpp -o group_data.o
g++ -std=gnu++14 -I"/usr/share/R/include" -DNDEBUG -fpic -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/r-base-apO4Ea/r-base-4.2.0=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -c imports.cpp -o imports.o
g++ -std=gnu++14 -I"/usr/share/R/include" -DNDEBUG -fpic -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/r-base-apO4Ea/r-base-4.2.0=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -c init.cpp -o init.o
g++ -std=gnu++14 -I"/usr/share/R/include" -DNDEBUG -fpic -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/r-base-apO4Ea/r-base-4.2.0=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -c mask.cpp -o mask.o
g++ -std=gnu++14 -I"/usr/share/R/include" -DNDEBUG -fpic -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/r-base-apO4Ea/r-base-4.2.0=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -c mutate.cpp -o mutate.o
g++ -std=gnu++14 -I"/usr/share/R/include" -DNDEBUG -fpic -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/r-base-apO4Ea/r-base-4.2.0=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -c slice.cpp -o slice.o
g++ -std=gnu++14 -I"/usr/share/R/include" -DNDEBUG -fpic -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/r-base-apO4Ea/r-base-4.2.0=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -c summarise.cpp -o summarise.o
g++ -std=gnu++14 -shared -L/usr/lib/R/lib -Wl,-Bsymbolic-functions -Wl,-z,relro -o dplyr.so chop.o filter.o funs.o group_by.o group_data.o imports.o init.o mask.o mutate.o slice.o summarise.o -L/usr/lib/R/lib -lR
installing to /home/alain/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.2/00LOCK-dplyr/00new/dplyr/libs
** R
** data
*** moving datasets to lazyload DB
** inst
** byte-compile and prepare package for lazy loading
Erreur dans loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[j]]) :
l'espace de noms ‘lifecycle’ 0.2.0 est en train de charger, mais >= 1.0.1 est requis
Appels : <Anonymous> ... namespaceImportFrom -> asNamespace -> loadNamespace
Exécution arrêtée
ERROR: lazy loading failed for package ‘dplyr’
* removing ‘/home/alain/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.2/dplyr’
Warning in install.packages :
l'installation du package ‘dplyr’ a eu un statut de sortie non nul
* installing *source* package ‘rvest’ ...
** package ‘rvest’ correctement décompressé et sommes MD5 vérifiées
** using staged installation
** R
** demo
** inst
** byte-compile and prepare package for lazy loading
Erreur dans loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[j]]) :
l'espace de noms ‘lifecycle’ 0.2.0 est en train de charger, mais >= 1.0.0 est requis
Appels : <Anonymous> ... namespaceImportFrom -> asNamespace -> loadNamespace
Exécution arrêtée
ERROR: lazy loading failed for package ‘rvest’
* removing ‘/home/alain/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.2/rvest’
Warning in install.packages :
l'installation du package ‘rvest’ a eu un statut de sortie non nul
ERROR: dependency ‘dplyr’ is not available for package ‘dbplyr’
* removing ‘/home/alain/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.2/dbplyr’
Warning in install.packages :
l'installation du package ‘dbplyr’ a eu un statut de sortie non nul
ERROR: dependency ‘dplyr’ is not available for package ‘dtplyr’
* removing ‘/home/alain/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.2/dtplyr’
Warning in install.packages :
l'installation du package ‘dtplyr’ a eu un statut de sortie non nul
ERROR: dependency ‘dplyr’ is not available for package ‘tidyr’
* removing ‘/home/alain/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.2/tidyr’
Warning in install.packages :
l'installation du package ‘tidyr’ a eu un statut de sortie non nul
ERROR: dependencies ‘dplyr’, ‘tidyr’ are not available for package ‘broom’
* removing ‘/home/alain/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.2/broom’
Warning in install.packages :
l'installation du package ‘broom’ a eu un statut de sortie non nul
ERROR: dependencies ‘broom’, ‘tidyr’ are not available for package ‘modelr’
* removing ‘/home/alain/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.2/modelr’
Warning in install.packages :
l'installation du package ‘modelr’ a eu un statut de sortie non nul
ERROR: dependencies ‘broom’, ‘dbplyr’, ‘dplyr’, ‘dtplyr’, ‘modelr’, ‘rvest’, ‘tidyr’ are not available for package ‘tidyverse’
* removing ‘/home/alain/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.2/tidyverse’
Warning in install.packages :
l'installation du package ‘tidyverse’ a eu un statut de sortie non nul

Les packages source téléchargés sont dans
‘/tmp/RtmpXWzKYD/downloaded_packages’

Merci à vous

Très cordialement

AB

[Mickael Canouil]

Ne pas utiliser RStudio et utiliser la console R native ou mieux ligne de commande:

Code : Tout sélectionner

Rscript --vanilla -e 'utils::install.packages("tidyverse")'

Pour une installation plus rapide :

Code : Tout sélectionner

Rscript --vanilla \
  -e 'utils::install.packages("pak", repos = sprintf("https://r-lib.github.io/p/pak/stable/%s/%s/%s", .Platform$pkgType, R.Version()$os, R.Version()$arch))' \
  -e 'pak::pkg_install("tidyverse")'


[Alain Blanchet]

Merci beaucoup,

Je suis désolé de prendre de votre temps, mais :

Le script rapide a fort bien fonctionné. J'a donc utilisé le même script pour installer le package "afex" mais ça ne fonctionne pas :
Rscript --vanilla \
-e 'utils::install.packages("pak", repos = sprintf("https://r-lib.github.io/p/pak/stable/%s/%s/%s", .Platform$pkgType, R.Version()$os, R.Version()$arch))' \
-e 'pak::pkg_install("tidyverse")'

Installation du package dans ‘/home/alain/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.2’
(car ‘lib’ n'est pas spécifié)
essai de l'URL 'https://r-lib.github.io/p/pak/stable/source/linux-gnu/x86_64/src/contrib/../../../../../linux/x86_64/pak_0.3.0_R-4-2_x86_64-linux.tar.gz'
Content type 'application/gzip' length 7623616 bytes (7.3 MB)
==================================================
downloaded 7.3 MB

* installing *binary* package ‘pak’ ...
* DONE (pak)

Les packages source téléchargés sont dans
‘/tmp/RtmpfVRObj/downloaded_packages’
✔ Loading metadata database ... done

→ Will install 7 packages.
→ All 7 packages (10.73 MB) are cached.
+ afex 1.1-1 [bld]
+ car 3.0-13 [bld]
+ lme4 1.1-29 [bld][cmp]
+ minqa 1.2.4 [bld][cmp]
+ nloptr 2.0.1 [bld][cmp]
+ pbkrtest 0.5.1 [bld]
+ RcppEigen 0.3.3.9.2 [bld][cmp]
ℹ No downloads are needed, 7 pkgs (10.73 MB) are cached
ℹ Building minqa 1.2.4
ℹ Building nloptr 2.0.1
ℹ Building RcppEigen 0.3.3.9.2
✖ Failed to build nloptr 2.0.1

Error: <callr_remote_error: Failed to build source package 'nloptr'>
in process 80328
-->
Failed to build source package 'nloptr', stdout + stderr:

OE> * installing *source* package ‘nloptr’ ...
OE> ** package ‘nloptr’ correctement décompressé et sommes MD5 vérifiées
OE> installation fictive seulement possible avec verrouillage
OE> ** using non-staged installation
OE> checking whether the C++ compiler works... yes
OE> checking for C++ compiler default output file name... a.out
OE> checking for suffix of executables...
OE> checking whether we are cross compiling... no
OE> checking for suffix of object files... o
OE> checking whether the compiler supports GNU C++... yes
OE> checking whether g++ -std=gnu++14 accepts -g... yes
OE> checking for g++ -std=gnu++14 option to enable C++11 features... none needed
OE> checking how to run the C++ preprocessor... g++ -std=gnu++14 -E
OE> checking whether the compiler supports GNU C++... (cached) yes
OE> checking whether g++ -std=gnu++14 accepts -g... (cached) yes
OE> checking for g++ -std=gnu++14 option to enable C++11 features... (cached) none needed
OE> checking for pkg-config... /usr/bin/pkg-config
OE> checking if pkg-config knows NLopt... no
OE> checking for cmake... no
OE>
OE> ------------------ CMAKE NOT FOUND --------------------
OE>
OE> CMake was not found on the PATH. Please install CMake:
OE>
OE> - sudo yum install cmake (Fedora/CentOS; inside a terminal)
OE> - sudo apt install cmake (Debian/Ubuntu; inside a terminal).
OE> - sudo pacman -S cmake (Arch Linux; inside a terminal).
OE> - sudo brew install cmake (MacOS; inside a terminal with Homebrew)
OE> - sudo port install cmake (MacOS; inside a terminal with MacPorts)
OE>
OE> Alternatively install CMake from: <https://cmake.org/>
OE>
OE> -------------------------------------------------------
OE>
OE> ERROR: configuration failed for package ‘nloptr’
OE> * removing ‘/tmp/RtmpQ3k2je/pkg-lib139c87af53cbb/nloptr’

Stack trace:

12. (function (...) ...
13. base:::withCallingHandlers(cli_message = function(msg) { ...
14. get("pkg_install_do_plan", asNamespace("pak"))(...)
15. pkgdepends::install_package_plan(plan = plan, lib = lib, num_work ...
16. base:::withCallingHandlers({ ...
17. pkgdepends:::handle_events(state, events)
18. pkgdepends:::handle_event(state, i)
19. pkgdepends:::stop_task(state, worker)
20. pkgdepends:::stop_task_build(state, worker)
21. base:::throw(new_pkg_build_error("Failed to build source package ...
22. base:::signalCondition(cond)
23. (function (e) ...
24. base:::stop(e)
25. (function (e) ...

x Failed to build source package 'nloptr'

Exécution arrêtée
Encore merci

Très cordialement

AB

[Alain Blanchet]

En fait, il manquait le package "emmeans" et ensuite, afex a pu être installé avec Rstudio.*

Merci à vous encore pour vos conseils précieux

Très cordialement
AB