Je travaille actuellement sur des modèles binomiaux phylogénétiques en utilisant la fonction binaryPGLMM du package ape. J’aimerais pourvoir utiliser les modèles pour faire des prédictions et aussi calculer les intervalles de confiance de ses prédictions (pour pouvoir les mettre en figure dans un papier).
Il semblerait que les méthodes / fonctions classiques de R pour calculer les intervalles de confiance pour les modèles linéaires à effets mixtes ne marchent pas avec les modèles calculés par la fonction binaryPGLMM.
Un peu d’aide pour calculer ses prédictions et intervalles de confiances serait la bienvenue.
Merci beaucoup !
Un morceau de code qui fit un model en utilisant la fonction binaryPGLMM :
Code : Tout sélectionner
library(ape)
# Generate random phylogeny
n <- 100
phy <- compute.brlen(rtree(n=n), method = "Grafen", power = 1)
# Generate random data and standardize to have mean 0 and variance 1
X1 <- rTraitCont(phy, model = "BM", sigma = 1)
X1 <- (X1 - mean(X1))/var(X1)
# Simulate binary Y
sim.dat <- data.frame(Y=array(0, dim=n), X1=X1, row.names=phy$tip.label)
sim.dat$Y <- binaryPGLMM.sim(Y ~ X1, phy=phy, data=sim.dat, s2=.5,
B=matrix(c(0,.25),nrow=2,ncol=1), nrep=1)$Y
# Fit model - Ici le modèle à utiliser pour faire des prédictions / calculer les intervales de confiance
model <- binaryPGLMM(Y ~ X1, phy=phy, data=sim.dat)
model