Dessiner et annoter un dendogramme à partir d'un tbl_graph

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Christian Dina Encore
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Dessiner et annoter un dendogramme à partir d'un tbl_graph

Messagepar Christian Dina Encore » 29 Mar 2023, 14:26

Bonjour,

je suis de retour sur ce forum après pas mal de temps (trop longtemps sans programmer) et ravi de le retrouver.

J'ai un souci car j'ai peu d'expérience avec le format tbl_graph et comment bien l'utiliser avec ggtree (ou autre script pour dessiner un arbre).
J'ai créer un tbl_graph (à partir de clustree) de ce type (objet nommé arbres)

# A tbl_graph: 386 nodes and 385 edges
#
# A rooted tree
#
# A tibble: 385 × 10
from to from_clust to_clust from_TVD to_TVD count in_prop width is_core
<int> <int> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <lgl>
1 1 2 1 1 1 2 2139 1 1.5 TRUE
2 1 3 1 3 1 2 984 1 1.5 TRUE
#
# A tibble: 386 × 5
node COL cluster size sc3_stability
<chr> <fct> <fct> <int> <dbl>
1 COL1C1 1 1 3123 0.120
2 COL2C1 2 1 2139 0.240
3 COL2C3 2 3 984 0.225


en faisant ggtree(arbres), j'obtiens facilement un dendogramme mais je n'arrive pas (encore) à pouvoir "annoter" ce dendogramme (je voudrais pouvoir mettre les noms des clusters du dernier niveau - feuilles - et éventuellement un code couleur. Pour l'instant je n'ai que le dendogramme.

Auriez-vous une solution ? J'ai pas mal cherché et j'ai vu quelquechose autour de geom_nodepoint(), geom_tippoint(), qui pourrait marcher, mais je ne comprends pas pour l'instant.
Dans mon exemple, j'ai un data.frame avec les noms des feuilles finales (noeuds finaux) ... et éventuellement des couleurs.

Merci d'avance

Christian

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