prise en compte d'un fichier par markdown

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jean michel coindre
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prise en compte d'un fichier par markdown

Messagepar jean michel coindre » 29 Aoû 2023, 13:08

Bonjour,

je commence à travailler sur R markdown et ai un problème de reconnaissance de mon fichier lorsque je compile via Knit, j'obtiens le message d'erreur suivant :

"processing file: Gist_md.Rmd
1/5
2/5 [setup]
3/5
4/5 [unnamed-chunk-1]

Quitting from lines 19-20 [unnamed-chunk-1] (Gist_md.Rmd)
Error in `summary()`:
! objet 'Gist_1' introuvable
Backtrace:
1. base::summary(Gist_1)
Exécution arrêtée"

alors que si j'exécute le chunck individuellement, il fonctionne et j'obtiens le bon résultat :
"Show in New Window
Sample ID Site of Tumor Size of Tumor Mitotic Index 50HPF
Length:305 Length:305 Min. : 5.00 Min. : 0.00
Class :character Class :character 1st Qu.: 50.00 1st Qu.: 2.00
Mode :character Mode :character Median : 80.00 Median : 6.00
Mean : 94.85 Mean : 16.07
3rd Qu.:120.00 3rd Qu.: 17.00
Max. :400.00 Max. :300.00
NA's :6 NA's :10
Miettinen AFIP Mutation Status 1 Mutation Status 2 Meta at Diagnosis
Length:305 Length:305 Length:305 Length:305
Class :character Class :character Class :character Class :character
Mode :character Mode :character Mode :character Mode :character "

Volontairement je n'ai mis qu'un chunck, et je ne vois pas où est le problème
merci

Maxime Deniaux
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Re: prise en compte d'un fichier par markdown

Messagepar Maxime Deniaux » 30 Aoû 2023, 08:35

Bonjour,

l'importation du fichier est bien dans le code ?

jean michel coindre
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Re: prise en compte d'un fichier par markdown

Messagepar jean michel coindre » 30 Aoû 2023, 10:28

euh, ça je ne sais pas trop, je suis novice sur markdown
mon fichier est dans l'environnement de travail de R
comment met-on un fichier dans le code ? je suppose que vous parler du code summary(Gist_1) ?
Merci,

jean michel

Maxime Deniaux
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Re: prise en compte d'un fichier par markdown

Messagepar Maxime Deniaux » 30 Aoû 2023, 10:38

En fait quand vous lancez le "récap" via le knit, il faut imaginer que c'est un peu comme si vous fermiez et relanciez Rstudio
(voyez sur le lien ci-après, c'est expliqué rapidement : https://stackoverflow.com/questions/423 ... -not-found)

Difficile à dire sans avoir votre code sous les yeux, mais j'ai l'impression que dans votre script R markdown, il n'y a pas la ligne de code qui permet d'importer votre fichier. Vous l'avez peut-être fait via la console ou alors via la fonctionnalité en haut de la fenêtre où se trouvent tous vos objets.

Et dans ce cas là, quand tout votre code est de nouveau exécuté avec aucun objet initialement créé dans l'environnement, il ne trouve pas le fichier puisqu'il n'existe pas

jean michel coindre
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Re: prise en compte d'un fichier par markdown

Messagepar jean michel coindre » 31 Aoû 2023, 11:52

C'est parfaitement clair et maintenant ça marche
Un grand merci,

jmc

Maxime Deniaux
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Re: prise en compte d'un fichier par markdown

Messagepar Maxime Deniaux » 31 Aoû 2023, 12:40

Super !


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