Survie nette

[Raphaël Fenni]

Bonjour à tous,

Je cherche à calculer les taux de survie nette d'une population pour une maladie donnée, en m'appuyant sur les tables de mortalité de la population française pour référence (survie attendue). Sont-elles présentes dans un package à charger ou existe-t-il un moyen des les importer dans R ?

Autre interrogation, savez-vous comment je pourrais représenter graphiquement des courbes de survie nette (la seule cause de décès possible étant alors la maladie étudié) en prenant en compte comme facteurs d'ajustement des variables telles que l'âge et le sexe (donc pas de Kaplan Meier possible) ?

Merci pour vos réponses !

[Raphaël Fenni]

Re,

Pour ceux qui se poseraient aussi la question, voici des éléments de réponse en ce qui concerne la représentation graphique de courbes de survies ajustées par modèle de Cox. Cela se passe avec le package ggsurvfit et l'argument strata() pour tracer plusieurs courbes de survie selon les modalités d'une variable qualitative.

Code : Tout sélectionner

library(survival)
library(ggsurvfit)

coxph(Surv(time, status) ~ age + strata(surg), data = df_colon) %>%
  survfit2() %>%
  ggsurvfit() +
  add_confidence_interval() +
  add_risktable() +
  scale_y_continuous(limits = c(0, 1))

Un grand merci à ce cher Daniel D Sjoberg :
https://www.danieldsjoberg.com/ggsurvfit/articles/gallery.html#adjusted-cox-models