Après mise à niveau, installation impossible de packages

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Alain Blanchet
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Après mise à niveau, installation impossible de packages

Messagepar Alain Blanchet » 05 Nov 2023, 16:13

Bonjour,

Avec Kubuntu 22.04 et la mise à niveau de R 4.3.2 et la mise à niveau de RStudio 2023.09.1 Build 494. Impossible de réinstaller les packages qui ont été supprimés par ces mises à jour ! Comme lme4, tidyverse, psych, etc.

Avez-vous une solution ?

Je vous remercie pour votre aide.
Très cordialement,
Alain Blanchet

Serge Rapenne
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Re: Après mise à niveau, installation impossible de packages

Messagepar Serge Rapenne » 05 Nov 2023, 20:51

Bonjour,

que dit les message d'erreur ?

S.

Alain Blanchet
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Re: Après mise à niveau, installation impossible de packages

Messagepar Alain Blanchet » 06 Nov 2023, 11:20

Tous les sous-packages comportent cette mention : comme par exemple dbplyr :

Warning in install.packages :
l'installation du package ‘dbplyr’ a eu un statut de sortie non nul
* installing *source* package ‘modelr’ ...
** package ‘modelr’ correctement décompressé et sommes MD5 vérifiées
** using staged installation
** R
** data
*** moving datasets to lazyload DB
** byte-compile and prepare package for lazy loading
Erreur dans loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[j]]) :
l'espace de noms ‘lifecycle’ 0.2.0 est en train de charger, mais >= 1.0.1 est requis
Appels : <Anonymous> ... namespaceImportFrom -> asNamespace -> loadNamespace
Exécution arrêtée
ERROR: lazy loading failed for package ‘modelr’
* removing ‘/home/alain/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.3/modelr’
Warning in install.packages :
l'installation du package ‘modelr’ a eu un statut de sortie non nul
* installing *source* package ‘tidyverse’ ...
** package ‘tidyverse’ correctement décompressé et sommes MD5 vérifiées
** using staged installation
** R
** inst
** byte-compile and prepare package for lazy loading
Erreur dans loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[j]]) :
l'espace de noms ‘magrittr’ 2.0.1 est en train de charger, mais >= 2.0.3 est requis
Appels : <Anonymous> ... namespaceImportFrom -> asNamespace -> loadNamespace
Exécution arrêtée
ERROR: lazy loading failed for package ‘tidyverse’
* removing ‘/home/alain/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.3/tidyverse’
Warning in install.packages :
l'installation du package ‘tidyverse’ a eu un statut de sortie non nul

Les packages source téléchargés sont dans
‘/tmp/Rtmp1rNsFn/downloaded_packages’
Messages d'avis :
1: remplacement de l'importation précédente ‘ellipsis::check_dots_used’ par ‘rlang::check_dots_used’ lors du chargement de ‘tibble’
2: remplacement de l'importation précédente ‘ellipsis::check_dots_empty’ par ‘rlang::check_dots_empty’ lors du chargement de ‘tibble’
3: remplacement de l'importation précédente ‘ellipsis::check_dots_unnamed’ par ‘rlang::check_dots_unnamed’ lors du chargement de ‘tibble’
4: remplacement de l'importation précédente ‘lifecycle::last_warnings’ par ‘rlang::last_warnings’ lors du chargement de ‘tibble’
5: remplacement de l'importation précédente ‘lifecycle::last_warnings’ par ‘rlang::last_warnings’ lors du chargement de ‘pillar’
> library(tidyverse)
Erreur : le chargement du package ou de l'espace de noms a échoué pour ‘tidyverse’ in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[j]]) :
le package ‘lifecycle’ 0.2.0 est déjà chargé, mais >= 1.0.1 est requis

Merci beaucoup pour votre aide,

Alain

Serge Rapenne
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Re: Après mise à niveau, installation impossible de packages

Messagepar Serge Rapenne » 07 Nov 2023, 14:11

Au vu du message d'erreur, il semble que le pb viennent du package lifecycle. La version 0.2 est installé mais il faut la version 1.0.1 pour installer les packages.
Tu peux essayer de re-installer lifecyle

S.

Alain Blanchet
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Re: Après mise à niveau, installation impossible de packages

Messagepar Alain Blanchet » 07 Nov 2023, 14:42

Je vous remercie, tidyverse est à nouveau installé...

Bonne journée
Alain

Alain Blanchet
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Re: Après mise à niveau, installation impossible de packages

Messagepar Alain Blanchet » 07 Nov 2023, 17:16

Bonjour à nouveau,


En regardant les notifications d'erreurs, j'ai suivi votre méthode, j'ai pu ainsi installer outre tidyvverse, emeans. Mais je veux installer "car" et une série de packages doivent être installés et la liste est longue, et s'allonge petit à petit (même avec la mention dependances = TRUE). Conclusion, l'opération devien casse-tête et à nouveau impossible voici la notification d'erreur à propos du package "car" :

Warning in install.packages :
l'installation du package ‘RcppEigen’ a eu un statut de sortie non nul
* installing *source* package ‘lme4’ ...
** package ‘lme4’ correctement décompressé et sommes MD5 vérifiées
** using staged installation
** libs
Erreur : package ‘RcppEigen’ 0.3.3.9.3 trouvé, mais >= 0.3.3.9.4 est nécessaire pour ‘lme4’
* removing ‘/home/alain/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.3/lme4’
Warning in install.packages :
l'installation du package ‘lme4’ a eu un statut de sortie non nul
* installing *source* package ‘pbkrtest’ ...
** package ‘pbkrtest’ correctement décompressé et sommes MD5 vérifiées
** using staged installation
** R
** data
*** moving datasets to lazyload DB
** inst
** byte-compile and prepare package for lazy loading
Erreur : package ‘lme4’ 1.1.28 was found, but >= 1.1.31 is required by ‘pbkrtest’
Exécution arrêtée
ERROR: lazy loading failed for package ‘pbkrtest’
* removing ‘/home/alain/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.3/pbkrtest’
Warning in install.packages :
l'installation du package ‘pbkrtest’ a eu un statut de sortie non nul
ERROR: dependency ‘pbkrtest’ is not available for package ‘car’
* removing ‘/home/alain/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.3/car’
Warning in install.packages :
l'installation du package ‘car’ a eu un statut de sortie non nul

Les packages source téléchargés sont dans
‘/tmp/Rtmp4q8mMk/downloaded_packages’


Merci pour votre aide,
Alain

Serge Rapenne
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Re: Après mise à niveau, installation impossible de packages

Messagepar Serge Rapenne » 08 Nov 2023, 12:54

Pb de dépendance en série pour l'installation, il faut lm4 à jour mais pour mettre à jour lme4 il faut rcppEigen à jour.
commence par

Code : Tout sélectionner

 install.package("RcppEigen")

et si ça ne suffit pas

Code : Tout sélectionner

 install.package("lme4")


Les lignes du log qui comptent :
RcppEigen’ 0.3.3.9.3 trouvé, mais >= 0.3.3.9.4 est nécessaire pour ‘lme4’
package ‘lme4’ 1.1.28 was found, but >= 1.1.31 is required

S.

Alain Blanchet
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Re: Après mise à niveau, installation impossible de packages

Messagepar Alain Blanchet » 10 Nov 2023, 09:34

Merci, mais l'installation du package rcppEigen ne fonctionne pas :

g++ -std=gnu++17 -shared -L/usr/lib/R/lib -Wl,-Bsymbolic-functions -flto=auto -ffat-lto-objects -flto=auto -Wl,-z,relro -o RcppEigen.so RcppEigen.o RcppExports.o fastLm.o -llapack -lblas -lgfortran -lm -lquadmath -L/usr/lib/R/lib -lR
/usr/bin/ld : ne peut pas trouver -llapack : Aucun fichier ou dossier de ce type
/usr/bin/ld : ne peut pas trouver -lblas : Aucun fichier ou dossier de ce type
/usr/bin/ld : ne peut pas trouver -lgfortran : Aucun fichier ou dossier de ce type
collect2: error: ld returned 1 exit status
make: *** [/usr/share/R/share/make/shlib.mk:10 : RcppEigen.so] Erreur 1
ERROR: compilation failed for package ‘RcppEigen’
* removing ‘/home/alain/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.3/RcppEigen’
Warning in install.packages :
l'installation du package ‘RcppEigen’ a eu un statut de sortie non nul

Les packages source téléchargés sont dans
‘/tmp/RtmpDYQ5sU/downloaded_packages’
Le chargement a nécessité le package : emmeans

Merci pour l'attention que vous portez à cette question
Alain

Alain Blanchet
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Re: Après mise à niveau, installation impossible de packages

Messagepar Alain Blanchet » 10 Nov 2023, 10:49

Bonjour à nouveau,

J'ai réussi l'installation en installant les fichiers manquant avec la Konsole :

sudo apt-get install liblapack-dev libblas-dev gfortran

Tout fonctionne

Merci à vous
Alain


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