coefficient de consanguinité

[herve chapuis]

Bonjour
Existe t il un package qui, à la manière de la proc inbred de SAS calculerait la consanguinité à partir d'un pedigree (animal, père mère) ?

J'ai vu qu'il existe un package kinship, qui, si j'ai bien compris, peut réaliser une évaluation génétique de type BLUP avec matrice de parenté.

Mais ce n'est pas ce que je cherche et j'ai l'impression qu'il est incompatible avec lme4.

Par ailleurs avec kinship je n'arrive pas bien à obtenir une structure de type "pedigree". J'ai une erreur pour le sexe.

Merci.

[denis laloe]

Regarde donc le package "pedigree".

[Yann Labrune]

Bonjour,

Pour ma part, j'ai utilisé le package kinship pour crée une matrice de parenté (fonction makekinship).
Il existe dans ce package une fonction lmekin qui correspond peut être à vos attentes.
J'ai posté il n'y a pas si longtemps sur le sujet : cf modèle mixte et corrélation.

Yann

[herve chapuis]

Regarde donc le package "pedigree".

Le package pedigree ?
Je ne le trouve pas dans la liste des packages sur le site miroir de Toulouse.

Il y a bien une fonction ou une structure pedigree dans le package kinship mais je dois mal l'utiliser car j'ai une erreur.

[denis laloe]

Il y a bien un package "pedigree" dans la liste.
Tu as du t'arrêter aux "P" majuscule.