moyenne des lignes d'une matrice

[Elise Mostacci]

Bonjour,

J'ai une matrice

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> dim(dat)
[1] 61552   297


plusieurs colonnes correspondent à la même observation (répétitions)
pat_id contient le nom des observations

Code : Tout sélectionner

s = diff(match(unique(pat_id),pat_id))
s
 4 4 2 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 3 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4


je veux faire les moyennes des répétitions mais je n'y arrive pas
j'ai essayé avec avedups et rowMeans
merci

[Renaud Lancelot]

Comprends pas. Nous donner un petit extrait du jeu de données (utiliser dput).

[Elise Mostacci]

c'était ça que je cherchais!
je veux qu'il fasse les moyennes en fonction des noms.

Code : Tout sélectionner

apply(raw_JB_Stress,1,function(x) tapply(x,names_Stress ,mean))

[Vincent Boulanger]

y a aussi moyen de faire avec la fonction "aggregate"

VB

[Nicolas Péru]

une autre solution est rowmean() qui permet de spécifier un facteur de regroupement :)

[Elise Mostacci]

oui mais il doit être fixe?
si on choisit 4, il fera la moyenne de 4 lignes tout le temps alors que je n'ai pas forcément 4 même observations (voir 1° post), non ?

[Nicolas Péru]

j'ai fait un mélange de fonction :)

C'est en fait rowsum() qui existe et qui permet donc de faire les sommes par niveau d'un facteur (quelle que soit le nombre de valeur de chaque modalité).

Bon une fois qu'on a la somme, on est pas loin de la moyenne :

Code : Tout sélectionner

rowsum(x, group)/as.numeric(table(group))

ça devrait donner les moyennes par groupe :)

En sachant que rowsum regroupe les lignes d'une matrice

exemple reproductible :

Code : Tout sélectionner

group <- as.factor(c(1,2,2,2,3,3,4,4,4,4))
A <- matrix(runif(100),10,10)
rowsum(A,group)/as.numeric(table(group))