[résolu]read.table avec deux lignes de "noms de variabl

[Vincent Chalmel]

Difficile de trouver un titre éloquent...

Je veux charger des données de la forme suivante, avec deux variables qualitatives et les valeurs d'une quantitative y :

les deux premières lignes du fichier sont en gros :

|modalité 1 var 1| modalité 1 var 1|modalité 2 var 1|modalité 2 var 1|
|modalité 1 var 2| modalité 2 var 2|modalité 1 var 2|modalité 2 var 2|

et les lignes suivantes sont un nombre important de relevés de y pour chaque classe, chaque colonne correspondant aux y pour les deux modalités des deux premières lignes de la colonne.

mon problème est que read.table me prend -- même en précisant dec="," -- des colonnes entièrement chaines de caractères vu que les premières lignes sont en chaines de caractères.

Comment faire en sorte de récupérer ces deux premières lignes en chaines de caractères, le reste en numérique, sans header ?

[Nicolas Péru]

Bonjour,

Le plus simple reste de transposer le tableau. R ne sait pas gérer plusieurs noms pour une même colonne.

[Vincent Chalmel]

read.table peut faire la transposition ? je ne me souviens pas avoir vu ca dans sa doc ^^'

[Nicolas Péru]

non, pas à ma connaissance non plus :). une transposition via excel qui prend environ 10s (dont 9.5s de temps de chargement d'excel :P) peut être utile

[Vincent Chalmel]

ah, oui alors c'est ca que j'ai oublié de préciser ^^ mes tables de données sont aux limites d'excel ( dans les 65000 lignes, et 200 colonnes à peu près )... donc difficile de transposer à 65000 colonnes...

[Logez Maxime]

Bonjour,

peut-être en les incorporant en deux temps :

Code : Tout sélectionner

noms.col <- read.table(X,h=F,nrows=2,stringsAsFactors=FALSE)
tab <- read.table(X,dec=",",h=F,skip=2)

Après a toi de voir ce que tu veux faire avec les noms de colonne. Dans le premier objet tu as normalement les deux lignes de tes noms de colonne et dans le deuxième tu as les valeurs numériques. A toi de spécifier le séparateur.

Maxime

[Vincent Chalmel]

oui... bon je vais essayer de concocter un script pour me faire la transposition, puisque le but est de faire une analyse de la variance, ce sera mieux

[Vincent Chalmel]

une chtite question, je viens de m'apercevoir qu'ayant construit le fichier texte avec excel, les séparateurs sont des tabulations, hors R ne fait pas de différence entre plusieurs tabulations et une seule, ce qui viens "coller à gauche" mes données.

comment y remédier ?

[jean lobry]

Comment faire en sorte de récupérer ces deux premières lignes en chaines de caractères, le reste en numérique, sans header ?

Bonjour,

j'essayerais un read.table(..., skip = 2) pour passer les deux premières lignes.

Amicalement,

Jean

[Vincent Chalmel]

oui c'est ce que j'ai fait avant de faire ma transposition en script au final.

pour l'histoires des blancs multiples, je suis passé en .csv, mais je reste intéréssé par une suggestion de solution interne à R

[jean lobry]

une chtite question, je viens de m'apercevoir qu'ayant construit le fichier texte avec excel, les séparateurs sont des tabulations, hors R ne fait pas de différence entre plusieurs tabulations et une seule, ce qui viens "coller à gauche" mes données.

comment y remédier ?

Bonjour,

essayer de préciser que les séparateurs sont des tabulations avec read.table(..., sep = "\t").

Amicalement,

Jean

[Vincent Chalmel]

j'essaierais ça merci