Optimisation

[Vincent Boulanger]

Bonjour à tous,

un petit soucis d'optimisation :

j'ai un data.frame du type :

Code : Tout sélectionner

                   esp freq_reech_1976 freq_reech_2006 num_retirage
2           Abies alba               2               4            1
3 Abietinella abietina               1               0            1
4       Acer campestre             232             260            1
5     Acer platanoides              13              51            1
6  Acer pseudoplatanus              43             131            1
7 Achillea millefolium               0               2            1

Le tableau complet fait plusieurs dizaines de milliers de lignes et je souhaite calculer, pour chaque ligne la pvalue du test du chi2 sur les "freq_reech_1976" et "freq_reech_2006" du type

Code : Tout sélectionner

chisq.test(matrix(c(freq_reech_1976, 326-freq_reech_1976, freq_reech_1976, 326-freq_reech_1976), ncol=2))$p.value

Avec une boucle for, c'est simple à programmer mais c'est interminable comme calcul.
Comment faire avec la fonction apply ?

Merci d'avance,

VB

[Nicolas Péru]

Quelque chose comme ça devrait marcher :

Code : Tout sélectionner

apply(data,1,function (x) x <- chisq.test(matrix(c(x[1], 326-x[1], x[2], 326-x[2), ncol=2))$p.value)

J'ai mis les valeurs en 2006 (x[2]) dans la matrice car je suppose qu'elle doivent aussi y rentrer (dans l'exemple fournit c'est que 1976 qui est donné)

[Vincent Boulanger]

J'ai mis les valeurs en 2006 (x[2]) dans la matrice car je suppose qu'elle doivent aussi y rentrer (dans l'exemple fournit c'est que 1976 qui est donné)

En effet, un copier coller un peu rapide, il s'agissait bien des fréquences 2006...

Dans l'état, ça ne tournait pas, il a juste fallu cette petite adaptation et ça roule :

Code : Tout sélectionner

fun1<-function (x) chisq.test(matrix(c(as.numeric(x[2]), 326-as.numeric(x[2]), as.numeric(x[3]), 326-as.numeric(x[3])), ncol=2))$p.value
apply(data,1,fun1)

Merci !

VB