CAH :Sortir les caractéristiques des classes

[Schmidt Aurélie]

Bonjour,
J'ai réalisé une CAH suite à une ACM. Je crée donc des groupes d'individus mais je n'arrive pas à sortir clairement les caractéristiques des groupes. J'ai déjà trouvé quelques réponses sur le forum mais il me faudrait aussi le nombre d'individus par classe.

Voici le code pour l'instant:

Code : Tout sélectionner

#Calcul des distances entre individus
tabli=read.table('tabli.txt',header=TRUE,sep=';')
dc=dist(tabli,method='euclidian',diag=FALSE,upper=FALSE)

#Choix du critère d'aggrégation
hier=hclust(dc,"ward")
plot(hier)

#Création des classes
cl4=cutree(hier,4)

#caractéristiques des classes
by(tab,
    list(classe=cl4),
    FUN=function(x){
          apply(x,2,function(x){
                      table(x)/length(x)
                   })
          }
 )


De plus, les caractéristiques de mes classes ne sont pas très exploitables car je ne peux pas les exporter ensuite.

Quelqu'un peut-il m'aider à clarifier tout ça ?

merci par avance

[Tillard]

Bonjour
pour l'effectif par classe voir
?table

pour la signification des classes
voir la fonction vtest dans le package ttool disponible ici

http://forums.cirad.fr/logiciel-R/viewtopic.php?t=1143

Cordialement

[Schmidt Aurélie]

Merci
le problème c'est que pour l'effectif par classe, je n'ai pas de table listant mes variables par classe et donc je ne peux pas utiliser la fonction table. Je ne sais pas trop comment faire pour relier ma table initiale avec les groupes que je trouve au final.

En utilisant by() (cf code de mon message précedent), j'obtient ce que je veux mais pas moyen de l'exporter sous forme de tableau, je suis obligée de tout reprendre à la main

[Nicolas Péru]

Bonjour,

le problème c'est que pour l'effectif par classe, je n'ai pas de table listant mes variables par classe et donc je ne peux pas utiliser la fonction table. Je ne sais pas trop comment faire pour relier ma table initiale avec les groupes que je trouve au final.

Je ne comprend pas où est le problème. Ce qu'indique Emmanuel Tillard est tout à fait executable sur la sortie de cutree :

Code : Tout sélectionner

table(cutree(hclust(mamatricedistance),k=4))

Cela s'exporte directement avec write.csv je crois ou même un copié/collé dans un tableur.
Si ce n'est pas ça il faut repréciser "ce qu'est l'effectif par classe"

Nicolas

[Schmidt Aurélie]

Oui effectivement je ne me suis pas bien faite comprendre.
En réalité, je cherche à obtenir les effectifs de mes classes pour chaque variables.

Classe1
variable 1_modalité1 : 10%
variable1_modalité2 : 90%
variable 2_modalité1 : 5%
variable2_modalité2 : 95%

Classe 2 :
variable 1_modalité1 : 100%
variable1_modalité2 : 0%
variable 2_modalité1 : 50%
variable2_modalité2 : 50%
...

J'arrive à les obtenir avec la fonction by() mais je n'arrive pas à exporter le résultat avec write.table()

[Nicolas Péru]

oui c'est normal, by() produit un objet de classe list qui, je crois, n'est pas directement exportable via write.table. Il faut le retransformer en matrix ou data.frame via do.call par exemple si tous les éléments de la sortie de by() ont bien au moins une dimension en commun qui peut permettre de les accoler. voir l'aide de la fonction ?do.call

Sinon il existe aggregate() qui produit la même chose que by (ou presque)et qui donne un data.frame en sortie. Il y a aussi la possibilité d'utiliser le couple apply()-tapply() qui est bien plus rapide sur un jeu de donnée important.

Nicolas