Des données génomiques?

Postez ici vos questions, réponses, commentaires ou suggestions - Les sujets seront ultérieurement répartis dans les archives par les modérateurs

Modérateur : Groupe des modérateurs

Héla Romdhani
Messages : 20
Enregistré le : 25 Juin 2006, 12:11

Des données génomiques?

Messagepar Héla Romdhani » 02 Déc 2006, 21:57

Bonjour,

Je suis entrain de travailler sur un algorithme pour l'estimation d'un réseaux génétique (des modèles graphiques gaussiens). J'ai fait des tests sur des simulations de données issues de loi normale multivariée.
Pouvez vous m'aider à trouver des données génétiques sous R (que je peux télécharger) pour par exemple comparer mon estimation avec des résultats classiques?

Il y a sur Matlab (que je ne maitrise pas assez) des données appelées "CEREVISIA" (je pense). Est ce que je peux les retrouver dans un package sous R?

Héla

Renaud Lancelot
Messages : 2484
Enregistré le : 16 Déc 2004, 08:01
Contact :

Messagepar Renaud Lancelot » 02 Déc 2006, 22:40

Bonsoir Héla,

Le tout dernier numéro de R-News (sorti aujourd'hui !) est une synthèse de l'utilisation de R en génomique. Le premier article (Graphs and Networks: Tools in
Bioconductor) semble correspondre à ce que vous recherchez et il y a des jeux de données dans les packages cités.

Ce serait sympa de nous tenir au courant de vos travaux en postant une petite synthèse avec code et données quand le moment sera venu.

Amicalement,

Renaud

Héla Romdhani
Messages : 20
Enregistré le : 25 Juin 2006, 12:11

Messagepar Héla Romdhani » 03 Déc 2006, 15:47

Merci Renaud, très joli numéro de R-News!!! très intéressant!! je verrai dans les packages cités, ça devrait bien me servir!!Je présenterai un peu le travail au bon moment comme vous le dites :)!!!

Héla

Logez Maxime
Messages : 3138
Enregistré le : 26 Sep 2006, 11:35

Messagepar Logez Maxime » 04 Déc 2006, 09:39

Bonjour,

Il existe sur des fiches de R qui traitent de l'incorporation de données génomiques avce pour exemple des données de génome bactérien :

Voir http://pbil.univ-lyon1.fr/R/fichestd/tdr16.pdf

Peut être à voir

Maxime

Héla Romdhani
Messages : 20
Enregistré le : 25 Juin 2006, 12:11

Messagepar Héla Romdhani » 05 Déc 2006, 22:35

Juste pour dire Merci Maxime pour le lien...
Héla


Retourner vers « Questions en cours »

Qui est en ligne

Utilisateurs parcourant ce forum : Aucun utilisateur enregistré et 1 invité

cron