test exact de fisher à partir d'une table de contingence

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RATIARISON ERIC
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test exact de fisher à partir d'une table de contingence

Messagepar RATIARISON ERIC » 25 Mar 2010, 22:42

bonsoir,
j'ai réalisé une table de contingence (via xtabs à partir d'un data.frame)sur laquelle je souhaite faire un test du khi.deux et le test exact de fisher;
base[, j]
base[, i] 0 1 2
A: AncSou 0-2 2484.09 21283.37 39012.92
B: AncSou 3-5 9662.16 21145.23 48364.38
C: AncSou 6-10 14350.11 27875.52 67862.52
D: AncSou 11-20 11888.50 21182.10 54722.58
E: AncSou 21-80 15238.38 14615.57 37374.39
pour Chi.test pas de pb.
parfois les effectifs étant faibles, je souhaite faire un fisher.test; et là ce se corse car fisher.test n'accepte que matrice ou facteur...
comment passer les bons paramètres?
Merci d'avance

Stéphane Rapelli
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Messagepar Stéphane Rapelli » 26 Mar 2010, 08:52

Regarde les explications fournies par :

Code : Tout sélectionner

?as.matrix
?as.factor

RATIARISON ERIC
Messages : 40
Enregistré le : 10 Mar 2010, 16:04

Messagepar RATIARISON ERIC » 26 Mar 2010, 09:27

merci mais j'avais déjà écrit ceci
fisher.test(as.matrix(xtabs(nb_aq~var[i]+var[j], data=base)))
qui m'a donné le résultat suivant :
"Erreur dans fisher.test(as.matrix(xtabs(nb_aq ~ base[, i] + base[, j], data = base))) :
FEXACT error 40.
Out of workspace.
De plus : Message d'avis :
In fisher.test(as.matrix(xtabs(nb_aq ~ var[i]+var[j], data = base))) :
'x' a été arrondi à un entier Mean relative difference: 4.423551e-05"

Pourtant le xtabs n'est pas énorme.


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