Anova type III library(car)

[sophie bouchet]

Bonjour,

Pour calculer les effets de type III, j'utilise la fonction "Anova" du package "car".

Code : Tout sélectionner

fm=lm(Y ~ X1 + X2)

Anova(fm,type="III")

Mais lorsque mon modèle contient des interactions, R me renvoie que mes facteurs sont "aliased" et n'effectue pas l'Anova.

Est-ce qu'il y a d'autres packages qui calculent des Anova de type III et fonctionnent dans ce cas de figure?

sophie

[Renaud Lancelot]

Quel est l'objectif de ces anova ? Notamment quelles sont les hypothèses nulle et alternative ?

[sophie bouchet]

Bonjour,

J'ai plusieurs caractères phénologiques pour lesquels je dois calculer une héritabilité et tester l'interaction genotype X environnement.
(je dois m'assurer aussi qu'il n'y ait pas d'effet bloc dans lieu)

Soit le caractère HPL (hauteur de plante)

je fais un modèle avec tous mes effets fixes :

Code : Tout sélectionner

tab.lm=lm(HPL ~ genotype + lieu + bloc(lieu) + genotype:lieu)
vcomp.fixe=composantes de la variance d’une anova de type III ?
heritability.fixe=vcomp.fixe["genotype"]/sum(vcomp.fixe)

et un modèle mixe avec genotype et lieu en effet aléatoire :

Code : Tout sélectionner

tab.lmer=lmer(HPL ~ bloc + (1|genotype) + (1|lieu)+ (1|lieuingenotype))

vcomp.mixe=as.numeric(attributes(summary(tab.lmer))$REmat[,3])
heritability.mixe=vcomp.mixe["genotype"]/sum(vcomp.mixe)

Si c'est bien la manière de procéder, mon soucis est donc de récupérer les composantes de la variance d'une anova de type III dans un modèle à effets fixes.

Merci d'avance,

sophie