Bonjour je me permet de relancer le sujet,
je pense que j'ai le même soucis,
je souhaiterai savoir si le pourcentage du comportement est différent en fonction des sites et des mois
voici mon script de base:
###### Donnée comportement ######
data<-read.table("taille_comportement_genre.txt",header=T)
data
# tableau d'effectifs des données comportement
tab<-table(data$Comportement,data$Mois,data$Sites)
tab
# tableau des données comportement en pourcentage
p<-prop.table(tab,margin=c(2,3))
p
# Tableau en pourcentage
pp<-p*100
pp
voici à quoi ressemble mon tableau pp :
R version 3.5.0 (2018-04-23) -- "Joy in Playing"
Copyright (C) 2018 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
You are welcome to redistribute it under certain conditions.
Type 'license()' or 'licence()' for distribution details.
R is a collaborative project with many contributors.
Type 'contributors()' for more information and
'citation()' on how to cite R or R packages in publications.
Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or
'help.start()' for an HTML browser interface to help.
Type 'q()' to quit R.
[Workspace loaded from ~/.RData]
> setwd("C:/Users/kiricoupepette/Desktop/Reef conservation/COTS/données")
> ###### Donnée comportement ######
> data<-read.table("taille_comportement_genre.txt",header=T)
> data
Sites Mois Transect Taille Comportement
1 Turtle_point Fevrier 1 30 mange
2 Turtle_point Fevrier 1 45 cache
3 Turtle_point Fevrier 2 32 repos
4 Turtle_point Fevrier 2 35 repos
5 Turtle_point Fevrier 2 45 repos
6 Turtle_point Fevrier 3 40 repos
7 Turtle_point Fevrier 3 42 mange
8 Turtle_point Mars 1 70 cache
9 Turtle_point Mars 2 80 cache
10 Turtle_point Mars 2 60 mange
11 Turtle_point Mars 3 50 repos
12 Turtle_point Mars 3 45 repos
13 Turtle_point Mars 3 50 repos
14 Turtle_point Mars 3 30 repos
15 Turtle_point Mars 3 40 repos
16 Turtle_point Avril 1 45 repos
17 Turtle_point Avril 1 20 mange
18 Turtle_point Avril 2 45 mange
19 Turtle_point Avril 3 65 repos
20 Turtle_point Avril 3 35 repos
21 Turtle_point Avril 3 60 mange
22 Turtle_cave Fevrier 1 40 cache
23 Turtle_cave Fevrier 1 35 cache
24 Turtle_cave Fevrier 1 40 mange
25 Turtle_cave Fevrier 1 44 mange
26 Turtle_cave Fevrier 1 45 mange
27 Turtle_cave Fevrier 2 25 cache
28 Turtle_cave Fevrier 2 50 mange
29 Turtle_cave Fevrier 2 60 mange
30 Turtle_cave Fevrier 2 60 mange
31 Turtle_cave Fevrier 2 60 cache
32 Turtle_cave Fevrier 2 55 mange
33 Turtle_cave Fevrier 2 40 mange
34 Turtle_cave Fevrier 2 60 mange
35 Turtle_cave Fevrier 2 40 mange
36 Turtle_cave Fevrier 2 60 mange
37 Turtle_cave Fevrier 2 50 mange
38 Turtle_cave Fevrier 2 40 mange
39 Turtle_cave Fevrier 3 70 mange
40 Turtle_cave Fevrier 3 65 mange
41 Turtle_cave Fevrier 3 40 repos
42 Turtle_cave Fevrier 3 50 mange
43 Turtle_cave Fevrier 3 60 mange
44 Turtle_cave Fevrier 3 40 <NA>
45 Turtle_cave Fevrier 3 64 mange
46 Turtle_cave Fevrier 3 40 mange
47 Anemone_garden Fevrier 1 70 mange
48 Anemone_garden Fevrier 1 60 mange
49 Anemone_garden Fevrier 2 30 mange
50 Anemone_garden Fevrier 2 40 mange
51 Anemone_garden Fevrier 3 70 repos
52 Anemone_garden Fevrier 3 70 mange
53 Anemone_garden Fevrier 3 50 mange
54 Anemone_garden Fevrier 3 45 mange
55 Anemone_garden Fevrier 3 50 mange
56 Anemone_garden Fevrier 3 35 mange
57 Anemone_garden Fevrier 3 70 repos
58 Anemone_garden Mars 1 30 repos
59 Anemone_garden Mars 2 NA <NA>
60 Anemone_garden Mars 3 NA <NA>
61 Anemone_garden Avril 1 45 mange
62 Anemone_garden Avril 2 60 mange
63 Anemone_garden Avril 3 30 repos
64 Anemone_garden Avril 3 45 repos
Genre_coraux Temperature
1 Galaxea 28
2 roche 28
3 roche 28
4 roche 28
5 roche 28
6 roche 28
7 Porites 28
8 <NA> 28
9 roche 28
10 corail_mou 28
11 roche 28
12 roche 28
13 roche 28
14 roche 28
15 roche 28
16 roche 28
17 Pocillopora 28
18 Platygyra 28
19 roche 28
20 roche 28
21 Acropora 28
22 Lobophyllia 28
23 Lobophyllia 28
24 Porites 28
25 Favites 28
26 Algue_encroutante 28
27 Pocillopora 28
28 Porites 28
29 Favites 28
30 Astreopora 28
31 Lobophyllia 28
32 Favites 28
33 Favites 28
34 Favites 28
35 Platygyra 28
36 Favites 28
37 Lobophyllia 28
38 Favites 28
39 Favites 28
40 Favites 28
41 roche 28
42 Corail_mou 28
43 Favites 28
44 <NA> 28
45 Porites 28
46 Favites 28
47 Favites 28
48 Favites 28
49 Porites 28
50 Porites 28
51 roche 28
52 Favites 28
53 Favia 28
54 Favites 28
55 Favites 28
56 Favites 28
57 roche 28
58 roche 28
59 <NA> 28
60 <NA> 28
61 Porites 27
62 Pocillopora 27
63 sable 27
64 roche 27
> ###### Donnée comportement ######
> data<-read.table("taille_comportement_genre.txt",header=T)
> data
Sites Mois Transect Taille Comportement
1 Turtle_point Fevrier 1 30 mange
2 Turtle_point Fevrier 1 45 cache
3 Turtle_point Fevrier 2 32 repos
4 Turtle_point Fevrier 2 35 repos
5 Turtle_point Fevrier 2 45 repos
6 Turtle_point Fevrier 3 40 repos
7 Turtle_point Fevrier 3 42 mange
8 Turtle_point Mars 1 70 cache
9 Turtle_point Mars 2 80 cache
10 Turtle_point Mars 2 60 mange
11 Turtle_point Mars 3 50 repos
12 Turtle_point Mars 3 45 repos
13 Turtle_point Mars 3 50 repos
14 Turtle_point Mars 3 30 repos
15 Turtle_point Mars 3 40 repos
16 Turtle_point Avril 1 45 repos
17 Turtle_point Avril 1 20 mange
18 Turtle_point Avril 2 45 mange
19 Turtle_point Avril 3 65 repos
20 Turtle_point Avril 3 35 repos
21 Turtle_point Avril 3 60 mange
22 Turtle_cave Fevrier 1 40 cache
23 Turtle_cave Fevrier 1 35 cache
24 Turtle_cave Fevrier 1 40 mange
25 Turtle_cave Fevrier 1 44 mange
26 Turtle_cave Fevrier 1 45 mange
27 Turtle_cave Fevrier 2 25 cache
28 Turtle_cave Fevrier 2 50 mange
29 Turtle_cave Fevrier 2 60 mange
30 Turtle_cave Fevrier 2 60 mange
31 Turtle_cave Fevrier 2 60 cache
32 Turtle_cave Fevrier 2 55 mange
33 Turtle_cave Fevrier 2 40 mange
34 Turtle_cave Fevrier 2 60 mange
35 Turtle_cave Fevrier 2 40 mange
36 Turtle_cave Fevrier 2 60 mange
37 Turtle_cave Fevrier 2 50 mange
38 Turtle_cave Fevrier 2 40 mange
39 Turtle_cave Fevrier 3 70 mange
40 Turtle_cave Fevrier 3 65 mange
41 Turtle_cave Fevrier 3 40 repos
42 Turtle_cave Fevrier 3 50 mange
43 Turtle_cave Fevrier 3 60 mange
44 Turtle_cave Fevrier 3 40 <NA>
45 Turtle_cave Fevrier 3 64 mange
46 Turtle_cave Fevrier 3 40 mange
47 Turtle_cave Avril 1 50 mange
48 Anemone_garden Fevrier 1 70 mange
49 Anemone_garden Fevrier 1 60 mange
50 Anemone_garden Fevrier 2 30 mange
51 Anemone_garden Fevrier 2 40 mange
52 Anemone_garden Fevrier 3 70 repos
53 Anemone_garden Fevrier 3 70 mange
54 Anemone_garden Fevrier 3 50 mange
55 Anemone_garden Fevrier 3 45 mange
56 Anemone_garden Fevrier 3 50 mange
57 Anemone_garden Fevrier 3 35 mange
58 Anemone_garden Fevrier 3 70 repos
59 Anemone_garden Mars 1 30 repos
60 Anemone_garden Mars 2 NA <NA>
61 Anemone_garden Mars 3 NA <NA>
62 Anemone_garden Avril 1 45 mange
63 Anemone_garden Avril 2 60 mange
64 Anemone_garden Avril 3 30 repos
65 Anemone_garden Avril 3 45 repos
Genre_coraux Temperature
1 Galaxea 28
2 roche 28
3 roche 28
4 roche 28
5 roche 28
6 roche 28
7 Porites 28
8 <NA> 28
9 roche 28
10 corail_mou 28
11 roche 28
12 roche 28
13 roche 28
14 roche 28
15 roche 28
16 roche 28
17 Pocillopora 28
18 Platygyra 28
19 roche 28
20 roche 28
21 Acropora 28
22 Lobophyllia 28
23 Lobophyllia 28
24 Porites 28
25 Favites 28
26 Algue_encroutante 28
27 Pocillopora 28
28 Porites 28
29 Favites 28
30 Astreopora 28
31 Lobophyllia 28
32 Favites 28
33 Favites 28
34 Favites 28
35 Platygyra 28
36 Favites 28
37 Lobophyllia 28
38 Favites 28
39 Favites 28
40 Favites 28
41 roche 28
42 Corail_mou 28
43 Favites 28
44 <NA> 28
45 Porites 28
46 Favites 28
47 Favites 27
48 Favites 28
49 Favites 28
50 Porites 28
51 Porites 28
52 roche 28
53 Favites 28
54 Favia 28
55 Favites 28
56 Favites 28
57 Favites 28
58 roche 28
59 roche 28
60 <NA> 28
61 <NA> 28
62 Porites 27
63 Pocillopora 27
64 sable 27
65 roche 27
> # tableau d'effectifs des données comportement
> tab<-table(data$Comportement,data$Mois,data$Sites)
> tab
, , = Anemone_garden
Avril Fevrier Mars
cache 0 0 0
mange 2 9 0
repos 2 2 1
, , = Turtle_cave
Avril Fevrier Mars
cache 0 4 0
mange 1 19 0
repos 0 1 0
, , = Turtle_point
Avril Fevrier Mars
cache 0 1 2
mange 3 2 1
repos 3 4 5
> # tableau des données comportement en pourcentage
> p<-prop.table(tab,margin=c(2,3))
> p
, , = Anemone_garden
Avril Fevrier Mars
cache 0.00000000 0.00000000 0.00000000
mange 0.50000000 0.81818182 0.00000000
repos 0.50000000 0.18181818 1.00000000
, , = Turtle_cave
Avril Fevrier Mars
cache 0.00000000 0.16666667
mange 1.00000000 0.79166667
repos 0.00000000 0.04166667
, , = Turtle_point
Avril Fevrier Mars
cache 0.00000000 0.14285714 0.25000000
mange 0.50000000 0.28571429 0.12500000
repos 0.50000000 0.57142857 0.62500000
> pp<-p*100
> pp
, , = Anemone_garden
Avril Fevrier Mars
cache 0.000000 0.000000 0.000000
mange 50.000000 81.818182 0.000000
repos 50.000000 18.181818 100.000000
, , = Turtle_cave
Avril Fevrier Mars
cache 0.000000 16.666667
mange 100.000000 79.166667
repos 0.000000 4.166667
, , = Turtle_point
Avril Fevrier Mars
cache 0.000000 14.285714 25.000000
mange 50.000000 28.571429 12.500000
repos 50.000000 57.142857 62.500000
> chisq.test(Comportement,Sites)
Error in is.data.frame(x) : object 'Comportement' not found
> chisq.test(data$Comportement,data$Sites)
Pearson's Chi-squared test
data: data$Comportement and data$Sites
X-squared = 18.959, df = 4, p-value = 0.0008007
Warning message:
In chisq.test(data$Comportement, data$Sites) :
l'approximation du Chi-2 est peut-être incorrecte
> chisq.test(pp$Comportement)
Error in pp$Comportement : $ operator is invalid for atomic vectors
> chisq.test(data$Comportement,mois=="Avril")
Error in chisq.test(data$Comportement, mois == "Avril") :
object 'mois' not found
> chisq.test(data$Comportement,Mois=="Avril")
Error in chisq.test(data$Comportement, Mois == "Avril") :
object 'Mois' not found
> # tableau d'effectifs des données comportement
> tab<-table(data$Comportement,data$Mois,data$Sites)
> tab
, , = Anemone_garden
Avril Fevrier Mars
cache 0 0 0
mange 2 9 0
repos 2 2 1
, , = Turtle_cave
Avril Fevrier Mars
cache 0 4 0
mange 1 19 0
repos 0 1 0
, , = Turtle_point
Avril Fevrier Mars
cache 0 1 2
mange 3 2 1
repos 3 4 5
> # tableau des données comportement en pourcentage
> p<-prop.table(tab,margin=c(2,3))
> p
, , = Anemone_garden
Avril Fevrier Mars
cache 0.00000000 0.00000000 0.00000000
mange 0.50000000 0.81818182 0.00000000
repos 0.50000000 0.18181818 1.00000000
, , = Turtle_cave
Avril Fevrier Mars
cache 0.00000000 0.16666667
mange 1.00000000 0.79166667
repos 0.00000000 0.04166667
, , = Turtle_point
Avril Fevrier Mars
cache 0.00000000 0.14285714 0.25000000
mange 0.50000000 0.28571429 0.12500000
repos 0.50000000 0.57142857 0.62500000
> # Tableau en pourcentage
> pp<-p*100
> pp
, , = Anemone_garden
Avril Fevrier Mars
cache 0.000000 0.000000 0.000000
mange 50.000000 81.818182 0.000000
repos 50.000000 18.181818 100.000000
, , = Turtle_cave
Avril Fevrier Mars
cache 0.000000 16.666667
mange 100.000000 79.166667
repos 0.000000 4.166667
, , = Turtle_point
Avril Fevrier Mars
cache 0.000000 14.285714 25.000000
mange 50.000000 28.571429 12.500000
repos 50.000000 57.142857 62.500000
> ag<-subset(pp,Sites=="Anemone_garden")
Error in subset.default(pp, Sites == "Anemone_garden") :
object 'Sites' not found
> # ANEMONE GARDEN
> data<-read.table("compag.txt",header=T)
> data
Comportement Fevrier Mars Avril
1 cache 0.00 0 0
2 mange 81.81 0 50
3 repos 18.18 100 50
> chisq.test(data$Fevrier,data$Mars)
Pearson's Chi-squared test
data: data$Fevrier and data$Mars
X-squared = 3, df = 2, p-value = 0.2231
Warning message:
In chisq.test(data$Fevrier, data$Mars) :
l'approximation du Chi-2 est peut-être incorrecte
> ?prop.test
> install.packages("ttool")
Warning in install.packages :
unable to access index for repository
https://cran.rstudio.com/src/contrib:
cannot open URL 'https://cran.rstudio.com/src/contrib/PACKAGES'
Installing package into ‘D:/DOCUMENTS/R/win-library/3.5’
(as ‘lib’ is unspecified)
Warning in install.packages :
unable to access index for repository
https://cran.rstudio.com/src/contrib:
cannot open URL 'https://cran.rstudio.com/src/contrib/PACKAGES'
Warning in install.packages :
package ‘ttool’ is not available (for R version 3.5.0)
Warning in install.packages :
unable to access index for repository
https://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/3.5:
cannot open URL 'https://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/3.5/PACKAGES'
> library(ttool)
Error in library(ttool) : aucun package nommé ‘ttool’ n'est trouvé
> install.packages("ttool")
Warning in install.packages :
unable to access index for repository
https://cran.rstudio.com/src/contrib:
cannot open URL 'https://cran.rstudio.com/src/contrib/PACKAGES'
Installing package into ‘D:/DOCUMENTS/R/win-library/3.5’
(as ‘lib’ is unspecified)
Warning in install.packages :
unable to access index for repository
https://cran.rstudio.com/src/contrib:
cannot open URL 'https://cran.rstudio.com/src/contrib/PACKAGES'
Warning in install.packages :
package ‘ttool’ is not available (for R version 3.5.0)
Warning in install.packages :
unable to access index for repository
https://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/3.5:
cannot open URL 'https://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/3.5/PACKAGES'
> install.packages("ttool")
Installing package into ‘D:/DOCUMENTS/R/win-library/3.5’
(as ‘lib’ is unspecified)
Warning in install.packages :
package ‘ttool’ is not available (for R version 3.5.0)
> install.packages("RODBC")
Installing package into ‘D:/DOCUMENTS/R/win-library/3.5’
(as ‘lib’ is unspecified)
trying URL 'https://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/3.5/RODBC_1.3-15.zip'
Content type 'application/zip' length 879459 bytes (858 KB)
downloaded 0 bytes
Warning in install.packages :
downloaded length 0 != reported length 879459
Warning in install.packages :
error 1 in extracting from zip file
Warning in install.packages :
cannot open compressed file 'RODBC/DESCRIPTION', probable reason 'No such file or directory'
Error in install.packages : cannot open the connection
> # Tableau en pourcentage
> pp<-p*100
> pp
, , = Anemone_garden
Avril Fevrier Mars
cache 0.000000 0.000000 0.000000
mange 50.000000 81.818182 0.000000
repos 50.000000 18.181818 100.000000
, , = Turtle_cave
Avril Fevrier Mars
cache 0.000000 16.666667
mange 100.000000 79.166667
repos 0.000000 4.166667
, , = Turtle_point
Avril Fevrier Mars
cache 0.000000 14.285714 25.000000
mange 50.000000 28.571429 12.500000
repos 50.000000 57.142857 62.500000
J'aimerai donc savoir si statistiquement il existe une différence significative entre les pourcentages de comportement ( cache, mange, repos ) en fonction des mois et pouvoir ainsi le représenter graphiquement.
Je dois passer par un modèle ? ou je peux effectuer un test de chi 2 2 à 2 pour chaque site ?
Merci d'avance
Cdlt
Marine F.