Courbe de survie

[Tai PHAM]

Bonjour,
je trace une courbe de survie à partir du package "survival"mais je voudrais que celle-ci soit "croissante". Il y a-t-il une option spécifique?

Merci

[Renaud Lancelot]

Tracer une courbe de mortalité (1 - proba(survie)) :-)

[Tai PHAM]

Oui mais je ne sais pas à quel endroit écrire cette instruction, j'ai un code du type:

Code : Tout sélectionner

plot(survfit(Surv(donnees$temps.avant.succes, donnees$succes)~donnees$sexe))

merci!

[Renaud Lancelot]

si la variable succes est codée 0/1, faire

Code : Tout sélectionner

plot(survfit(Surv(donnees$temps.avant.succes, 1 - donnees$succes) ~ donnees$sexe))

[Matthieu Lesnoff]

Oui mais je ne sais pas à quel endroit écrire cette instruction, j'ai un code du type:

Code : Tout sélectionner

plot(survfit(Surv(donnees$temps.avant.succes, donnees$succes)~donnees$sexe))

Une autre piste possible :

Code : Tout sélectionner

test1 <- list(time=c(4,3,1,1,2,2,3),
              status=c(1,1,1,0,1,1,0),
              x=c(0,2,1,1,1,0,0),
              sex=c(0,0,0,0,1,1,1))
res <- survfit(coxph(Surv(time, status) ~ x, test1))
attributes(res)
$names
 [1] "n"         "time"      "n.risk"    "n.event"   "n.censor"  "surv"      "type"      "std.err"   "upper"     "lower"     "conf.type" "conf.int"
[13] "call"     
$class
[1] "survfit.cox" "survfit"


(conseil : utiliser attributes pour voir la liste des sous-objets contenus dans les objets résultats de fonctions)

Les estimations p_survie sont dans le sous-objet surv et les limites de confiance dans lower et upper. Une solution est de les modifier puis d'utiliser l'option firsty dans plot (ou alors de reconstruire soit même son graphique à partir des objets surv, lower et upper) :

Code : Tout sélectionner

res$surv <- 1 - res$surv
res$lower <- 1 - res$lower
res$upper <- 1 - res$upper
plot(res, firsty = 0)


(cf l'aide de plot.survfit)

M.

[Tai PHAM]

Génial, ça fonctionne!

Merci.

Tài

[Eric Wajnberg]

Bonjour,
je trace une courbe de survie à partir du package "survival"mais je voudrais que celle-ci soit "croissante". Il y a-t-il une option spécifique?
Merci

Je me permet d'intervenir ici sur un point: Une courbe de survie est par définition décroissante, monotone (par exemple la loi est exponentielle). C'est pour ca, et comme ca, que les sorties de survfit() sont construites. Et c'est accessoirement sur cette propriété que les modèles de régression de l'analyse de survie (modèle de Cox par exemple) sont fondés.

Pourquoi chercher à la rendre croissante?

[Tai PHAM]

Je suis d'accord sur le principe mais dans ce cas précis, l'évènement est l'équivalent d'une guérison et je trouve plus judicieux de représenter le taux de guéris au cours du temps avec une courbe croissante.

[Eric Wajnberg]

Je suis d'accord sur le principe mais dans ce cas précis, l'évènement est l'équivalent d'une guérison et je trouve plus judicieux de représenter le taux de guéris au cours du temps avec une courbe croissante.

Ok, compris. Dans ce cas, les modèles de l'analyse de survie travaillent plutôt sur la durée de la maladie, par exemple, si vous voulez savoir si un traitement ou un geste chirurgical à une influence sur la guérison, ou si vous voulez comparer plusieurs cohortes d'individus, etc. et on retombe bien sur un fonction de survie décroissante.

[Matthieu Lesnoff]

personnellemet je ne vois pas trop le point de discussion. La "fonction de survie" définie pour une variable durée de vie "T" est bien-sûr décroissante. Mais la fonction de mortalité cumulée (= fonction de répartion de T) est le complément à 1 de cette fonction de survie. Je pensais que la question initiale portait sur la représentation de cette mortalité cumulée.

[Eric Wajnberg]

personnellemet je ne vois pas trop le point de discussion. La "fonction de survie" définie pour une variable durée de vie "T" est bien-sûr décroissante. Mais la fonction de mortalité cumulée (= fonction de répartion de T) est le complément à 1 de cette fonction de survie. Je pensais que la question initiale portait sur la représentation de cette mortalité cumulée.

Oui. Je voulais juste apporter une précision si la démarche qui suit l'estimation de la fonction de survie est de faire de l'inférence en comparaison plusieurs situations ou bien en testant l'influence de covariables. Dans ces cas, c'est bien la fonction de survie décroissante qu'il va falloir argumenter.

[gael yanick TEKENG ZEBAZE]

Mois je voudrais tracé une courbe de survie en fonction du temps suivant une distribution gamma en faisant varié lambda donc avoir plusieurs courbe sur la même figure
Merci

[Mickael Canouil]

Bonjour,

votre question n'ayant globalement aucun lien avec la question initiale (datant de 2011 ...), un nouveau message serait plus adapté.

En outre, suivre les recommendations du forum fera augmenter vos chances d'obtenir une réponse utile (en l'état, ces chances sont proche de 0).

• Qu'est-ce qu'un code reproductible ?
• Comment insérer des données dans un message ?
• FAQ: What's a reproducible example (`reprex`) and how do I do one?

Cordialement,